PDB-5uml: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MDMX IN COMPLEX WITH 12-MER PEPTIDE IN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uml

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MDMX IN COMPLEX WITH 12-MER PEPTIDE INHIBITOR M3

要素

PEPTIDE INHIBITOR M3
Protein Mdm4

キーワード

Cell Cycle / Antitumor Protein/Inhibitor / Oncoprotein / Antitumor Protein-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Pazgier, M. / Gohain, N. / Tolbert, W.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of ultrahigh-affinity and dual-specificity peptide antagonists of MDM2 and MDMX for p53 activation
著者: Pazgier, M. / Gohain, N. / Tolbert, W.D.

履歴

登録	2017年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.2	2020年10月21日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uml.cif.gz	157.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uml.ent.gz	126.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5uml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5uml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ummC 4rxzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rxz-2 4rxz-1 4n5t-d 5vk1-5 3fea-1 6q9w-2 5vk1-3 2acy-d 5vk1-8 3jzq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (13) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Protein Mdm4

C: PEPTIDE INHIBITOR M3

B: Protein Mdm4

D: PEPTIDE INHIBITOR M3

E: Protein Mdm4

F: PEPTIDE INHIBITOR M3

G: Protein Mdm4

H: PEPTIDE INHIBITOR M3

44.5 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein Mdm4

C: PEPTIDE INHIBITOR M3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Protein Mdm4

D: PEPTIDE INHIBITOR M3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Protein Mdm4

F: PEPTIDE INHIBITOR M3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Protein Mdm4

H: PEPTIDE INHIBITOR M3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.413, 88.027, 46.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4 分子量: 9575.293 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 24-108 / 変異: Q68A,Q69A,E70A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15151
#2: タンパク質・ペプチド	PEPTIDE INHIBITOR M3 分子量: 1542.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 14% (v/v) 2-Propanol ,70 mM Sodium acetate/ Hydrochloric acid pH 4.6, 140 mM Calcium chloride, 30% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月27日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 3592 / % possible obs: 49.8 % / 冗長度: 1.4 % / B_iso Wilson estimate: 26 Å² / R_sym value: 0.153 / Net I/σ(I): 2.1
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.364 / % possible all: 52.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PHASER		位相決定
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RXZ

4rxz

解像度: 3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.886 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.788 / SU B: 96.288 / SU ML: 0.759 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.152 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31526	180	5 %	RANDOM
R_work	0.25791	-	-	-
obs	0.26079	3412	48.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.27 Å²	-0 Å²	-0.46 Å²
2-	-	0.45 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3028	0	0	0	3028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.988	4170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.005	3	6904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.47	5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.626	24.154	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.536	15	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.319	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.341	3.448	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.34	3.448	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.601	5.168	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.601	5.169	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.236	3.469	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.236	3.469	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.433	5.2	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.542	63.935	10930
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.542	63.933	10930
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.472	9	-
R_work	0.337	278	-
obs	-	-	51.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8542	-0.8668	0.0235	1.4115	1.0296	2.8743	-0.0655	0.2697	0.1359	0.0235	0.0144	0.0433	0.1906	-0.1015	0.0512	0.0946	-0.0118	-0.0001	0.1034	0.0478	0.0256	0.4448	-20.6624	3.0204
2	1.5866	1.5385	0.5621	6.2168	2.7046	1.1865	0.1431	-0.0752	-0.006	0.0492	-0.2003	0.095	0.016	-0.0858	0.0572	0.1225	0.0353	0.008	0.0806	0.0209	0.1117	-5.5831	-26.8734	12.4006
3	0.3707	-0.5444	0.5716	1.9467	-0.434	4.2117	-0.0972	0.1476	0.0751	0.0212	0.073	-0.1373	-0.0073	0.2261	0.0241	0.0744	-0.054	-0.013	0.1489	0.0307	0.0277	-23.2234	-3.9801	3.0274
4	3.0884	0.3955	3.046	2.8529	-1.6039	11.3012	-0.2147	-0.0799	0.3182	-0.0419	-0.1386	0.07	-0.3851	-0.1458	0.3533	0.0786	0.0261	0.0007	0.0743	-0.0386	0.131	-17.0853	2.0416	13.5188
5	2.0671	-0.3623	1.3955	0.7776	-0.6759	3.6018	-0.0509	0.0309	0.1547	-0.0281	0.0363	0.1197	0.0663	0.2616	0.0145	0.0893	-0.0081	-0.0319	0.051	-0.0099	0.0793	2.0073	-0.9624	26.2136
6	2.9582	-2.0403	2.8974	1.6302	-1.3146	5.1662	-0.1105	-0.1898	-0.062	0.0781	0.113	0.0799	0.0501	-0.3297	-0.0026	0.1284	-0.0006	-0.0372	0.1337	-0.0061	0.1962	-4.7352	4.8084	36.6648
7	2.515	0.7628	-0.6496	0.3118	-0.7099	3.7297	-0.1411	0.0791	-0.0729	-0.0167	0.0792	-0.0459	-0.0248	-0.2942	0.0619	0.0912	0.0591	0.0058	0.0781	-0.0141	0.1201	-25.2071	-23.628	26.2208
8	0.2507	-0.6576	0.3553	1.7513	-0.7455	5.5586	-0.0836	-0.0102	-0.0667	0.0349	-0.0496	0.1845	-0.1833	-0.2617	0.1332	0.128	0.0378	-0.0044	0.2049	0.0159	0.2003	-18.6474	-29.3639	36.4819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	2 - 11
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	25 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 11
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	26 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 11
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	26 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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