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- PDB-5umi: Clostridium difficile TcdA-CROPs bound to PA50 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5umi
タイトルClostridium difficile TcdA-CROPs bound to PA50 Fab
要素
  • PA50 Fab Heavy chain
  • PA50 Fab Light chain
  • Toxin A
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / toxin antibody / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily ...Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Kroh, H.K. / Chandrasekaran, R. / Rosenthal, K. / Woods, R. / Jin, X. / Ohi, M.D. / Nyborg, A.C. / Rainey, G.J. / Warrener, P. / Spiller, B.W. / Lacy, D.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095755 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Use of a neutralizing antibody helps identify structural features critical for binding of Clostridium difficile toxin TcdA to the host cell surface.
著者: Kroh, H.K. / Chandrasekaran, R. / Rosenthal, K. / Woods, R. / Jin, X. / Ohi, M.D. / Nyborg, A.C. / Rainey, G.J. / Warrener, P. / Spiller, B.W. / Lacy, D.B.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Toxin A
L: PA50 Fab Light chain
H: PA50 Fab Heavy chain
B: PA50 Fab Light chain
A: PA50 Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,9715
ポリマ－123,9715
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.685, 77.330, 97.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.91, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Toxin A


分子量: 30318.670 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2461-2710 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: toxA, tcdA / プラスミド: pHIS1622 / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア)
参照: UniProt: P16154, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 抗体 PA50 Fab Light chain


分子量: 22999.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 PA50 Fab Heavy chain


分子量: 23826.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris pH 7.5 0.6 M calcium chloride 19% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.884 Å / Num. obs: 21838 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.23 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G7C, 3L5X

2g7c

3l5x


解像度: 3.23→48.884 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 1116 5.18 %
Rwork0.27 --
obs0.271 21558 95.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.23→48.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6855 0 0 0 6855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6069562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8754120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.23-3.3770.41341070.34782086X-RAY DIFFRACTION78
3.377-3.5550.33641420.32382199X-RAY DIFFRACTION84
3.555-3.77760.28741680.3032645X-RAY DIFFRACTION100
3.7776-4.06920.26151340.27322694X-RAY DIFFRACTION100
4.0692-4.47840.27161510.23932661X-RAY DIFFRACTION100
4.4784-5.12590.25331390.23312673X-RAY DIFFRACTION100
5.1259-6.45570.32011500.26332706X-RAY DIFFRACTION100
6.4557-48.88970.27691250.26812778X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.20120.7357-3.3150.9642.00117.6532-0.1637-0.5572-0.8296-0.0834-0.3632-0.0690.460.72740.71790.60030.0898-0.05020.7863-0.01141.680352.6404-122.221384.6152
21.669-1.9786-1.96769.00840.82562.4569-0.01190.2797-0.7112-0.0337-0.12-0.63930.21120.1230.09680.59780.0716-0.22840.5359-0.15041.069835.9238-107.504182.7566
33.68383.08280.45489.123-3.31561.636-0.11170.8072-0.3472-0.37570.6026-0.73460.2324-0.1627-0.33390.53240.09890.14570.9936-0.2360.485139.8784-75.769967.3409
49.31164.31110.10396.7217-4.56354.4969-0.36120.9169-0.2128-0.2703-0.3406-0.081-1.10911.70890.47981.0352-0.076-0.21621.015-0.26930.845357.2163-57.952571.957
53.52620.6271-0.3542.93042.03797.02990.3092-0.3908-1.10970.171-0.0810.19540.7918-0.9017-0.10450.522-0.0831-0.1240.57320.15571.013510.9761-105.316102.1395
61.7852.26680.89163.42460.34644.67880.0247-0.1056-0.3745-0.21410.16220.0573-0.4458-0.41680.07880.4963-0.1428-0.13780.63570.03161.0613.7206-99.302698.6564
74.19553.0954-1.04242.3707-1.27252.0810.2447-0.41771.63731.0301-0.36822.0117-0.5678-0.61530.16110.66130.08770.0091.1831-0.19261.122-3.6745-73.3401115.6545
83.91591.1044-2.19785.231-0.80691.193-0.79440.6467-0.0033-0.45630.8114-0.1121-0.5944-0.59490.04160.794-0.038-0.31531.0072-0.24040.9883-7.7117-81.1926107.7578
92.0789-1.4577-1.61117.11916.11047.8915-0.0412-1.11130.8144-0.49710.17560.5099-2.2931-2.3378-0.21170.78450.13930.00191.80350.07511.021-5.8026-71.0347103.6203
105.0196-1.5905-2.09888.8682.5288.7627-0.0701-4.2792-0.11171.36410.6337-0.12421.3952-0.2327-0.84610.6248-0.231-0.13892.12660.04280.93460.4306-90.46116.0365
110.3602-0.41050.55171.11310.74723.4640.4672-0.38261.2898-0.5174-0.65970.6412-0.6287-0.34370.01830.68010.15690.05170.9723-0.221.5917-9.9168-68.6506110.5366
126.6981-1.48261.0965.704-2.29694.11310.404-0.4959-0.237-0.0784-0.23060.20860.0957-0.0008-0.21710.427-0.1146-0.03680.3718-0.05110.580330.4364-90.407298.9716
134.2539-0.051.46573.30962.91482.86170.3465-0.0626-0.3943-0.16180.1003-0.17870.46870.2569-0.20440.4371-0.1216-0.05080.41530.02680.765727.9937-91.6963100.9916
148.1133-1.067-5.30213.71761.71583.83120.772-0.93730.07460.4305-0.37050.1085-0.3417-0.1785-0.42320.79250.03120.08191.2018-0.33390.75636.1148-72.4587115.9431
158.01550.5015-7.35216.0537-1.99517.51770.0195-1.66150.59871.0641-0.7206-0.0276-0.7246-0.1606-0.16790.4401-0.00240.03651.1842-0.37160.8918.0312-75.7759116.9154
168.99312.0442-4.08941.7552-2.8224.4040.2262-2.528-0.43370.5772-0.8455-0.4131-0.33012.9483-0.42451.0821-0.2852-0.34712.0398-0.35491.16449.6003-72.3049126.4903
177.4153-1.62124.9150.2811-1.06763.1805-2.22161.87540.7125-0.08420.38040.2791-1.5796-0.06671.37431.4129-0.4588-0.14021.95930.15581.122823.4122-58.979936.9676
183.5469-0.169-1.89616.989-1.35835.04780.0678-0.40670.7126-2.27160.6825-0.27270.81650.2697-0.14631.2345-0.6353-0.04112.3280.12860.970829.947-68.697443.6176
192.64924.21753.54727.42325.33595.4517-0.68180.180.1184-1.8180.95851.962-0.1249-1.0558-0.15121.0154-0.401-0.04521.83630.29651.004419.093-61.542750.2191
201.76620.2825-1.30344.9146-0.470.9454-0.56871.83110.3431-0.4053-0.21861.04560.78080.37250.55891.3435-0.4229-0.25312.12090.05170.868118.9611-68.481543.5515
211.96342.11940.08693.22732.13394.4182-1.00351.52220.6511.21571.53491.1431.3390.259-1.39131.7534-0.6144-0.73362.24940.89391.543710.5435-57.047640.2939
220.65310.0122-0.87740.07750.12691.3727-0.34861.8810.1004-0.1663-0.03280.23441.2795-0.5536-1.00781.4963-0.7445-0.4242.16830.29790.324926.5948-59.797248.1045
239.49964.25240.98527.5463-2.41333.3852-1.28280.53311.2119-0.33261.40420.8733-0.3405-0.15340.27781.04460.3077-0.13161.31550.06820.69623.2409-52.963367.6757
248.75983.5926-0.18258.0973-1.55954.8903-10.8716-0.1074-0.56171.31670.10860.1045-0.9823-0.2520.82760.1444-0.11470.9470.05950.657333.6571-56.516461.5715
251.5572.38230.18657.112-0.4624.2924-0.7240.28180.920.04290.55621.1467-0.7201-0.5144-0.14430.84020.3233-0.01041.25150.37191.064927.0341-53.254763.942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 2461 through 2493 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 2494 through 2573 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 2574 through 2687 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 2688 through 2705 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 1 through 84 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 85 through 103 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 104 through 134 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 135 through 147 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 148 through 160 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 161 through 171 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 172 through 210 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 2 through 73 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 74 through 111 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 112 through 140 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 141 through 189 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 190 through 214 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 2 through 18 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 19 through 32 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 33 through 52 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 53 through 74 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 75 through 83 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 84 through 102 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 2 through 36 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 37 through 67 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 68 through 118 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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