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- PDB-1y0v: Crystal structure of anthrax edema factor (EF) in complex with ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y0v
タイトルCrystal structure of anthrax edema factor (EF) in complex with calmodulin and pyrophosphate
要素
  • Calmodulin
  • Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
キーワードLYASE / Calcium-Independent / Calmodulin / Anthrax edema factor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host signal transduction pathway / symbiont-mediated cAMP intoxication of host cell / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / myosin II complex / host cell cytosol / small molecule binding / Uptake and function of anthrax toxins ...symbiont-mediated perturbation of host signal transduction pathway / symbiont-mediated cAMP intoxication of host cell / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / myosin II complex / host cell cytosol / small molecule binding / Uptake and function of anthrax toxins / catalytic complex / adenylate cyclase activator activity / metallopeptidase activity / toxin activity / calmodulin binding / signaling receptor binding / calcium ion binding / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #60 / Adenylylcyclase toxin fold / Anthrax toxin, edema factor, central domain / : / Oedema factor (EF), alpha-helical domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Anthrax toxin, lethal/endema factor ...Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #60 / Adenylylcyclase toxin fold / Anthrax toxin, edema factor, central domain / : / Oedema factor (EF), alpha-helical domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / Calmodulin-1 / Calmodulin-sensitive adenylate cyclase / Calmodulin-2 B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Shen, Y. / Zhukovskaya, N.L. / Guo, Q. / Florian, J. / Tang, W.-J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Calcium-independent calmodulin binding and two-metal-ion catalytic mechanism of anthrax edema factor
著者: Shen, Y. / Zhukovskaya, N.L. / Guo, Q. / Tang, W.-J.
履歴
登録2004年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
B: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
C: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
D: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
E: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
F: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
H: Calmodulin
I: Calmodulin
J: Calmodulin
K: Calmodulin
L: Calmodulin
M: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)641,31342
ポリマ－639,39012
非ポリマー1,92330
水00
1
A: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
H: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8857
ポリマ－106,5652
非ポリマー3205
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area44350 Å2
手法PISA
2
B: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
I: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8857
ポリマ－106,5652
非ポリマー3205
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area44360 Å2
手法PISA
3
C: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
J: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8857
ポリマ－106,5652
非ポリマー3205
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area44390 Å2
手法PISA
4
D: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
K: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8857
ポリマ－106,5652
非ポリマー3205
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area44360 Å2
手法PISA
5
E: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
L: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8857
ポリマ－106,5652
非ポリマー3205
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area44330 Å2
手法PISA
6
F: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
M: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8857
ポリマ－106,5652
非ポリマー3205
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area44350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)317.509, 183.348, 141.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Calmodulin-sensitive adenylate cyclase / ATP pyrophosphate-lyase / Adenylyl cyclase / Edema factor / EF / Anthrax edema toxin adenylate ...ATP pyrophosphate-lyase / Adenylyl cyclase / Edema factor / EF / Anthrax edema toxin adenylate cyclase component


分子量: 90128.898 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: cya / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P40136, adenylate cyclase
#2: タンパク質
Calmodulin / CaM


分子量: 16436.053 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: CALM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62155, UniProt: P0DP33*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG400, MgCl2, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月11日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 375550 / Num. obs: 375293 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 77.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 3.02 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 9746 / Rsym value: 0.667 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.6→29.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 227881.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 4061 5 %RANDOM
Rwork0.286 ---
obs0.286 80945 86.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.206868 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 85.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.32 Å20 Å20 Å2
2---3.14 Å20 Å2
3---6.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.38 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数42828 0 78 0 42906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.482.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 499 5 %
Rwork0.331 9480 -
obs--63.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PPI.PARAMPPI.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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