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- PDB-5ulb: Crystal structure of sugar ABC transporter from Yersinia enteroco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ulb
タイトルCrystal structure of sugar ABC transporter from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
要素Putative sugar ABC transporter
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ABC transporter / Methylthioribose-binding protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性: / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein-like I / outer membrane-bounded periplasmic space / 5-Se-methyl-5-seleno-alpha-D-ribofuranose / 5-Se-methyl-5-seleno-beta-D-ribofuranose / Putative sugar ABC transporter / Sugar ABC transporter
機能・相同性情報
生物種Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Nocek, B. / Bigelow, L. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of sugar ABC transporter from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
著者: Nocek, B. / Bigelow, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2017年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sugar ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8333
ポリマ－36,3791
非ポリマー4542
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.993, 55.856, 119.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative sugar ABC transporter


分子量: 36378.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 (腸炎エルシニア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0T9SS21, UniProt: A1JTX8*PLUS
#2: 糖 ChemComp-8GA / 5-Se-methyl-5-seleno-alpha-D-ribofuranose / 5-Se-methyl-5-seleno-alpha-D-ribose / 5-Se-methyl-5-seleno-D-ribose / 5-Se-methyl-5-seleno-ribose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 227.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O4Se
#3: 糖 ChemComp-8GG / 5-Se-methyl-5-seleno-beta-D-ribofuranose / 5-Se-methyl-5-seleno-beta-D-ribose / 5-Se-methyl-5-seleno-D-ribose / 5-Se-methyl-5-seleno-ribose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 227.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O4Se
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 28% w/v PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日 / 詳細: double crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→40 Å / Num. obs: 78779 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.8 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化解像度: 1.28→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.625 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.153 3342 5 %RANDOM
Rwork0.11 ---
obs0.112 63186 93.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2531 0 22 389 2942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.022710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2211.9643706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1912.9975983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7635367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.53425.678118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88915458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6381512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1181.4661370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0511.4651369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4632.2091721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4642.2131722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0961.8481340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0941.8471341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6232.6071970
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.26530.74612302
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.82229.60211913
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.09535269
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.859553
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.00855542
LS精密化 シェル解像度: 1.28→1.32 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 18 -
Rwork0.234 388 -
obs--6.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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