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- PDB-5ukr: Structure of unliganded anti-gp120 CD4bs antibody DH522.2 Fab in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ukr
タイトルStructure of unliganded anti-gp120 CD4bs antibody DH522.2 Fab in complex with a gp120 core
要素
  • Chimeric B.YU2 gp120 core derived from HIV-1 Env
  • DH522.2 Fab fragment heavy chain
  • DH522.2 Fab fragment light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV gp120 immune system
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.712 Å
データ登録者Nicely, N.I.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1-AI100645 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI087202 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI118571 米国
Duke University Center for AIDS ResearchP30-AI-64518 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Initiation of HIV neutralizing B cell lineages with sequential envelope immunizations.
著者: Wilton B Williams / Jinsong Zhang / Chuancang Jiang / Nathan I Nicely / Daniela Fera / Kan Luo / M Anthony Moody / Hua-Xin Liao / S Munir Alam / Thomas B Kepler / Akshaya Ramesh / Kevin Wiehe ...著者: Wilton B Williams / Jinsong Zhang / Chuancang Jiang / Nathan I Nicely / Daniela Fera / Kan Luo / M Anthony Moody / Hua-Xin Liao / S Munir Alam / Thomas B Kepler / Akshaya Ramesh / Kevin Wiehe / James A Holland / Todd Bradley / Nathan Vandergrift / Kevin O Saunders / Robert Parks / Andrew Foulger / Shi-Mao Xia / Mattia Bonsignori / David C Montefiori / Mark Louder / Amanda Eaton / Sampa Santra / Richard Scearce / Laura Sutherland / Amanda Newman / Hilary Bouton-Verville / Cindy Bowman / Howard Bomze / Feng Gao / Dawn J Marshall / John F Whitesides / Xiaoyan Nie / Garnett Kelsoe / Steven G Reed / Christopher B Fox / Kim Clary / Marguerite Koutsoukos / David Franco / John R Mascola / Stephen C Harrison / Barton F Haynes / Laurent Verkoczy /
要旨: A strategy for HIV-1 vaccine development is to define envelope (Env) evolution of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in infection and to recreate those events by vaccination. Here, we report ...A strategy for HIV-1 vaccine development is to define envelope (Env) evolution of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in infection and to recreate those events by vaccination. Here, we report host tolerance mechanisms that limit the development of CD4-binding site (CD4bs), HCDR3-binder bnAbs via sequential HIV-1 Env vaccination. Vaccine-induced macaque CD4bs antibodies neutralize 7% of HIV-1 strains, recognize open Env trimers, and accumulate relatively modest somatic mutations. In naive CD4bs, unmutated common ancestor knock-in mice EnvB cell clones develop anergy and partial deletion at the transitional to mature B cell stage, but become Env upon receptor editing. In comparison with repetitive Env immunizations, sequential Env administration rescue anergic Env (non-edited) precursor B cells. Thus, stepwise immunization initiates CD4bs-bnAb responses, but immune tolerance mechanisms restrict their development, suggesting that sequential immunogen-based vaccine regimens will likely need to incorporate strategies to expand bnAb precursor pools.
履歴
登録2017年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH522.2 Fab fragment heavy chain
L: DH522.2 Fab fragment light chain
G: Chimeric B.YU2 gp120 core derived from HIV-1 Env
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4519
ポリマ－82,1243
非ポリマー1,3276
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area29930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.851, 71.973, 252.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 DH522.2 Fab fragment heavy chain


分子量: 24412.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH522.2 Fab fragment light chain


分子量: 22873.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Chimeric B.YU2 gp120 core derived from HIV-1 Env


分子量: 34838.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK 293S GnTI-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 25631 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 13.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The starting model for the Fab component was 5UKP. The starting model for the gp120 component was PDB 4R4H.

5ukp

4r4h


解像度: 2.712→49.848 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 2000 7.82 %
Rwork0.2011 --
obs0.2061 25574 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.712→49.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4937 0 0 17 4954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2676856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9061778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7122-2.780.33851340.25841576X-RAY DIFFRACTION93
2.78-2.85510.32751420.25141667X-RAY DIFFRACTION100
2.8551-2.93920.34971410.24351674X-RAY DIFFRACTION100
2.9392-3.0340.3051430.25221692X-RAY DIFFRACTION100
3.034-3.14240.34451450.24431697X-RAY DIFFRACTION100
3.1424-3.26820.34231430.2231693X-RAY DIFFRACTION100
3.2682-3.41690.28041430.20951686X-RAY DIFFRACTION100
3.4169-3.5970.24211440.19641691X-RAY DIFFRACTION100
3.597-3.82230.21911450.19321703X-RAY DIFFRACTION100
3.8223-4.11730.25281420.18011677X-RAY DIFFRACTION99
4.1173-4.53140.2261420.15551681X-RAY DIFFRACTION97
4.5314-5.18650.1971440.15021692X-RAY DIFFRACTION97
5.1865-6.53220.25181430.19581696X-RAY DIFFRACTION96
6.5322-49.85640.28331490.23011749X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7233-0.60320.270.7751-0.69861.82220.27540.5698-0.2684-0.5824-0.13170.0138-0.00920.0733-0.15171.0058-0.06520.12230.8006-0.00090.39374.679985.01879.6151
22.09980.0664-0.06631.60050.81672.1819-0.03580.546-0.1107-0.6905-0.05190.1165-0.4493-0.35180.07970.9381-0.0407-0.11910.6583-0.01260.3369-12.542288.957919.2473
31.0955-0.11110.24043.2173-1.15663.07550.1191-0.066-0.1059-0.429-0.0230.0388-0.0118-0.0694-0.070.1712-0.03920.02770.1937-0.01770.2211-3.146586.296348.4767
42.44450.3709-0.13464.5312-0.61752.05170.0406-0.29170.3470.3231-0.03690.1063-0.4187-0.19120.00020.24480.04940.01320.2598-0.0060.329810.306488.180576.5686
53.0893-0.36060.17521.1275-0.32160.78040.08640.11160.0187-0.55290.2341-0.4771-0.62970.4427-0.18630.442-0.22650.24940.4261-0.14580.404816.026787.693439.746
62.00960.6125-1.16752.63240.85882.9789-0.1795-0.1652-0.14740.33850.0268-0.80780.33140.28690.15540.23490.0947-0.02550.29580.00890.553624.203479.262976.4528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain G and resid 90:253)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain G and resid 254:388)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 1:115)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain H and resid 116:215)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain L and resid 3:107)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain L and resid 108:208)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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