[日本語] English
万見
- PDB-5uk7: Escherichia coli Hfq bound to dsDNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uk7
タイトルEscherichia coli Hfq bound to dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*G)-3')
  • RNA-binding protein Hfq
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / RNA-binding protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / RNA folding chaperone / regulation of translation, ncRNA-mediated / bacterial nucleoid / bent DNA binding / regulation of RNA stability / tRNA processing / tRNA binding / regulation of DNA-templated transcription ...sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / RNA folding chaperone / regulation of translation, ncRNA-mediated / bacterial nucleoid / bent DNA binding / regulation of RNA stability / tRNA processing / tRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA-binding protein Hfq / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Orans, J. / Kovach, A.R. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli Hfq DNA complex reveals multifunctional nucleic acid binding site
著者: Orans, J. / Kovach, A.R. / Hoff, K.E. / Brennan, R.G.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein Hfq
B: RNA-binding protein Hfq
C: RNA-binding protein Hfq
D: RNA-binding protein Hfq
E: RNA-binding protein Hfq
F: RNA-binding protein Hfq
G: RNA-binding protein Hfq
H: RNA-binding protein Hfq
I: RNA-binding protein Hfq
J: RNA-binding protein Hfq
K: RNA-binding protein Hfq
L: RNA-binding protein Hfq
N: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
M: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*G)-3')
Y: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*G)-3')
Z: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,93528
ポリマ－116,15016
非ポリマー78512
水2,108117
1
A: RNA-binding protein Hfq
B: RNA-binding protein Hfq
C: RNA-binding protein Hfq
G: RNA-binding protein Hfq
H: RNA-binding protein Hfq
I: RNA-binding protein Hfq
N: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
M: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,46814
ポリマ－58,0758
非ポリマー3926
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: RNA-binding protein Hfq
E: RNA-binding protein Hfq
F: RNA-binding protein Hfq
J: RNA-binding protein Hfq
K: RNA-binding protein Hfq
L: RNA-binding protein Hfq
ヘテロ分子

Y: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*G)-3')
Z: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,46814
ポリマ－58,0758
非ポリマー3926
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)65.749, 65.795, 81.996
Angle α, β, γ (deg.)105.930, 92.280, 119.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein Hfq


分子量: 7634.875 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 2-69 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hfq, A6I92_23385, AWG90_11910, HMPREF3040_03060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A148HSM9, UniProt: P0A6X3*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 6187.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 6078.907 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28-38% MPD, 0.1 M Tris pH 7.5-8.5 / PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 18997 / % possible obs: 83.8 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 43.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.794 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.051.50.351.36153.1
3.05-3.111.60.2981.185160.1
3.11-3.171.60.3231.647159.6
3.17-3.231.60.2111.678167.6
3.23-3.31.70.1871.446172.4
3.3-3.381.70.3011.502175.5
3.38-3.461.80.3051.509180.3
3.46-3.561.80.2461.51183.6
3.56-3.661.90.2722.51188.7
3.66-3.781.90.2142.591188.1
3.78-3.911.90.191.74191.3
3.91-4.071.90.1771.6192.3
4.07-4.261.90.1441.661194
4.26-4.481.90.0982.11193.2
4.48-4.761.90.0821.918193.8
4.76-5.1320.0841.806195.3
5.13-5.6420.1031.629196.8
5.64-6.4620.0921.778197.3
6.46-8.1320.0711.757197.8
8.13-501.90.0291.925195.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GIB

3gib


解像度: 3→25.685 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 1060 5.02 %
Rwork0.2105 --
obs0.2129 18997 94.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.32 Å2 / Biso mean: 55.29 Å2 / Biso min: 19.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→25.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6275 1640 12 117 8044
Biso mean--35.05 40.11 -
残基数----872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13111477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5563214
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0001-3.13650.2791080.23422009211776
3.1365-3.30150.28911230.2482271239486
3.3015-3.50790.29691200.23792547266796
3.5079-3.77790.26831260.21622658278499
3.7779-4.15670.29811560.225926442800100
4.1567-4.75490.22861460.176526412787100
4.7549-5.97820.26991370.206726802817100
5.9782-25.68590.21611440.19812591273599

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る