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- PDB-5ujd: SbnI from Staphylococcus pseudintermedius -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ujd
タイトルSbnI from Staphylococcus pseudintermedius
要素Siderophore biosynthesis protein SbnI
キーワードGENE REGULATION / staphyloferrin B / heme / regulator / siderophore
機能・相同性L-serine kinase SbnI-like / SbnI-like, N-terminal / L-serine kinase SerK/SbnI, C-terminal / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / FORMIC ACID / Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Murphy, M.E.P. / Verstraete, M.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-49597 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: The heme-sensitive regulator SbnI has a bifunctional role in staphyloferrin B production by Staphylococcus aureus .
著者: Verstraete, M.M. / Morales, L.D. / Kobylarz, M.J. / Loutet, S.A. / Laakso, H.A. / Pinter, T.B. / Stillman, M.J. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.P.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Siderophore biosynthesis protein SbnI
B: Siderophore biosynthesis protein SbnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1145
ポリマ－58,9762
非ポリマー1383
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.760, 111.390, 67.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-422-

HOH

21A-457-

HOH

31B-441-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Siderophore biosynthesis protein SbnI / Siderophore staphylobactin biosynthesis protein SbnI


分子量: 29487.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
遺伝子: A6M57_10935, NO89_04550 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A166Q2C7
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.623 Å / Num. obs: 35480 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.987 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 16.91 / Num. measured all: 318845 / Scaling rejects: 144
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.158.4240.9962.1121381257025380.8041.06198.8
2.15-2.219.2680.922.4223588254525450.8460.974100
2.21-2.289.2590.7293.0122610244424420.9130.77299.9
2.28-2.359.2920.593.7222180239023870.9410.62599.9
2.35-2.429.2630.5513.9921406231123110.940.583100
2.42-2.519.2740.4264.9320728223622350.9860.451100
2.51-2.69.2310.3486.1819995216621660.9820.368100
2.6-2.719.2230.2598.0819405210521040.990.274100
2.71-2.839.1310.20310.418344201020090.9910.215100
2.83-2.979.1320.16513.0817533192119200.9930.17499.9
2.97-3.139.1430.12416.9916622182018180.9960.13199.9
3.13-3.328.9180.0824.4215455173517330.9980.08599.9
3.32-3.558.8410.06131.1114481163916380.9990.06599.9
3.55-3.838.5310.04638.2713172154515440.9990.04999.9
3.83-4.28.5820.03844.412083141014080.9990.04199.9
4.2-4.78.5380.03448.82109801290128610.03699.7
4.7-5.428.6920.03350.6499701147114710.034100
5.42-6.648.7320.03344.87869799699610.035100
6.64-9.398.5170.02749.65668678578510.029100
9.39-46.6237.5410.0353.6735294774680.9990.03298.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UJE

5uje


解像度: 2.1→46.623 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 1761 4.98 %
Rwork0.2176 33624 -
obs0.2197 35385 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 221.63 Å2 / Biso mean: 67.5098 Å2 / Biso min: 21.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.623 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4114 0 12 114 4240
Biso mean--53.09 46.67 -
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6825765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046651
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004733
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5172578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0999-2.15670.29521280.27862503263199
2.1567-2.22020.32211350.26625482683100
2.2202-2.29180.28751320.253425442676100
2.2918-2.37370.33061360.2525752711100
2.3737-2.46880.31881340.267425452679100
2.4688-2.58110.3161350.256725562691100
2.5811-2.71720.34841330.252325902723100
2.7172-2.88740.31941340.238325512685100
2.8874-3.11030.34771360.267425932729100
3.1103-3.42320.27451370.232225962733100
3.4232-3.91830.23641360.197426052741100
3.9183-4.93580.18681390.163326522791100
4.9358-46.63410.22871460.20627662912100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1709-0.39570.24381.0503-0.80650.53360.16130.07860.1065-0.0041-0.1037-0.15690.17610.12220.0350.2324-0.04830.03280.24520.00740.301498.71437.049958.0679
22.3474-0.0472-0.31641.37950.25030.7149-0.0696-0.19020.28490.46560.11930.4821-0.3609-0.0115-0.00790.51140.0750.10870.36120.00130.491983.664924.818259.1195
31.2373-0.3286-0.16441.4941-0.14661.39040.1467-0.096-0.157-0.0997-0.03610.00180.2091-0.01600.2824-0.00980.0070.257-0.01810.298797.94640.835462.0279
41.10490.68920.52070.51320.12610.57870.0926-0.1203-0.00740.10110.1842-0.09980.00210.24260.00980.38010.1032-0.0270.355-0.0340.3234101.7788-2.563992.673
50.804-0.1935-0.65270.5094-0.31920.98080.1476-0.02630.06320.12870.00180.00970.05630.2005-00.35780.0839-0.04250.3315-0.01420.293495.9541-5.46492.573
60.75240.4593-0.01750.27310.0610.1676-0.74920.06760.05090.9220.5212-0.6369-0.07010.0692-0.06170.64540.2511-0.08170.5338-0.08190.570687.6492-35.748791.864
70.8949-0.2204-0.07370.5873-0.34961.17890.12910.3217-0.32990.4122-0.03120.66980.530.11520.00350.62020.03230.03720.44480.0040.656479.0092-25.869896.7784
81.62531.0965-0.21611.3029-0.87020.704-0.01410.1326-0.1263-0.4096-0.07650.3777-0.15110.031400.44580.1117-0.12510.4358-0.080.403585.2721-18.604889.932
90.4405-0.3019-0.43450.29570.13760.1615-0.0215-0.0481-0.28990.26260.1361-0.24230.28270.2703-00.41580.0793-0.04950.484-0.05480.3742100.7876-2.587591.1205
100.07240.02360.00340.0283-0.04750.0498-0.14330.3060.622-0.0131-0.0980.0877-0.67690.6019-0.00030.4432-0.1034-0.020.4519-0.06020.5509107.913112.273888.0185
11-0.00720.0924-0.0160.14570.0720.1791-0.2320.01540.33220.34920.3943-0.0263-0.22670.024600.40930.0439-0.00060.42620.06560.357297.0833-0.331673.5918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 108 )A1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 109 through 173 )A109 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 254 )A174 - 254
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 53 )B1 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 54 through 93 )B54 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 94 through 108 )B94 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 109 through 152 )B109 - 152
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 153 through 192 )B153 - 192
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 193 through 223 )B193 - 223
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 224 through 240 )B224 - 240
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 241 through 254 )B241 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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