PDB-5uiz: Structure of T.fusca AA10A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uiz

タイトル

Structure of T.fusca AA10A

要素

AA10A

キーワード

LYASE / AA10A / POLYSACCHARIDE MONOOXYGENASE / OXIDOREDUCTASE / E7 / LPMO

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca (バクテリア)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2017
タイトル: Structure of a Thermobifida fusca lytic polysaccharide monooxygenase and mutagenesis of key residues.
著者: Kruer-Zerhusen, N. / Alahuhta, M. / Lunin, V.V. / Himmel, M.E. / Bomble, Y.J. / Wilson, D.B.

履歴

登録	2017年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2017年12月20日	ID: 4GBO
改定 1.1	2017年12月20日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_PDB_obs_spr Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uiz.cif.gz	97.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uiz.ent.gz	78.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uiz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uiz_validation.pdf.gz	451 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uiz_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	5uiz_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	5uiz_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5uiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5uiz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6stf-4 4oy8-d 7kqw-d 4pmo-2 6cwc-2 3aig-d 4aig-d 4gbo-2 276 1x8i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AA10A

B: AA10A

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AA10A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AA10A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.228, 77.228, 122.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-307- IOD
2	1	A-569- HOH

#1: タンパク質	AA10A 分子量: 25400.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47QG3
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M Sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→40.78 Å / Num. obs: 28968 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 11.9 % / R_sym value: 0.1548 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.99→2.09 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3560 / R_sym value: 0.6216 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
Coot		モデル構築
SHELXS		位相決定
PROTEUM PLUS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→40.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 4.875 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22886	1462	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16408	-	-	-
obs	0.16732	27187	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.569 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→40.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3015	0	36	364	3415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.648	1.864	4500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.05	3	6172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.393	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.699	24.045	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.66	15	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.333	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3814
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.465	2.018	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.455	2.016	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.149	3.015	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.153	3.017	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.21	2.279	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.21	2.279	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.365	3.338	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.875	24.612	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.713	24.302	3967
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	105	-
R_work	0.302	1777	-
obs	-	-	89.15 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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