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- PDB-5uiy: Structure of Bromodomain from human BAZ1A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uiy
タイトルStructure of Bromodomain from human BAZ1A
要素Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A
キーワードTRANSCRIPTION / BAZ1A / Bromodomain / DNA-damage / ACF
機能・相同性
機能・相同性情報


ACF complex / CHRAC / : / DNA-templated DNA replication / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A, bromodomain / WSTF/Acf1/Cbp146 / ATP-utilising chromatin assembly and remodelling N-terminal / WAC domain profile. / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif ...Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A, bromodomain / WSTF/Acf1/Cbp146 / ATP-utilising chromatin assembly and remodelling N-terminal / WAC domain profile. / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Bromodomain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.687 Å
データ登録者Oppikofer, M. / Sudhamsu, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Non-canonical reader modules of BAZ1A promote recovery from DNA damage.
著者: Oppikofer, M. / Sagolla, M. / Haley, B. / Zhang, H.M. / Kummerfeld, S.K. / Sudhamsu, J. / Flynn, E.M. / Bai, T. / Zhang, J. / Ciferri, C. / Cochran, A.G.
履歴
登録2017年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A
C: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A
D: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6336
ポリマ－53,1574
非ポリマー4772
水4,324240
1
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2891
ポリマ－13,2891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5272
ポリマ－13,2891
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2891
ポリマ－13,2891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5272
ポリマ－13,2891
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.432, 44.920, 72.077
Angle α, β, γ (deg.)105.11, 89.95, 102.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1A / ATP-dependent chromatin-remodeling protein / ATP-utilizing chromatin assembly and remodeling factor ...ATP-dependent chromatin-remodeling protein / ATP-utilizing chromatin assembly and remodeling factor 1 / hACF1 / CHRAC subunit ACF1 / Williams syndrome transcription factor-related chromatin-remodeling factor 180 / WCRF180 / hWALp1


分子量: 13289.157 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1425-1538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ1A, ACF1, WCRF180, HSPC317 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NRL2
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % / 解説: Plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.2 and 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.687→41.286 Å / Num. obs: 52361 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.687→41.286 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 2665 5.09 %
Rwork0.1964 --
obs0.1983 52361 95.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.687→41.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3480 0 30 240 3750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9675005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0861413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004638
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6872-1.71790.32251130.26921884X-RAY DIFFRACTION69
1.7179-1.75090.32781280.25942446X-RAY DIFFRACTION91
1.7509-1.78660.24781320.2492608X-RAY DIFFRACTION93
1.7866-1.82550.33651240.24512611X-RAY DIFFRACTION95
1.8255-1.8680.29431510.24242663X-RAY DIFFRACTION96
1.868-1.91470.32681360.22852623X-RAY DIFFRACTION96
1.9147-1.96640.26551490.20912659X-RAY DIFFRACTION96
1.9664-2.02430.261390.20752637X-RAY DIFFRACTION97
2.0243-2.08960.25731630.19822625X-RAY DIFFRACTION97
2.0896-2.16430.22481420.18652673X-RAY DIFFRACTION97
2.1643-2.2510.22081320.18962716X-RAY DIFFRACTION97
2.251-2.35340.23891420.1832646X-RAY DIFFRACTION98
2.3534-2.47750.22211540.1932670X-RAY DIFFRACTION98
2.4775-2.63270.24511370.19722687X-RAY DIFFRACTION98
2.6327-2.83590.23521290.20722714X-RAY DIFFRACTION98
2.8359-3.12120.24521620.21082671X-RAY DIFFRACTION98
3.1212-3.57260.26351480.19942716X-RAY DIFFRACTION99
3.5726-4.50020.17211530.16822729X-RAY DIFFRACTION99
4.5002-41.29790.21051310.17742718X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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