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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uiv | ||||||
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タイトル | Structure of Thymidylate Kinase from Candida albicans Reveals Origin of Broad Substrate Specificity and a Novel Structural Element. | ||||||
![]() | Bifunctional thymidylate/uridylate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Thymidylate kinase / Candida albicans | ||||||
機能・相同性 | ![]() UMP/dUMP kinase activity / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sinha, K. / Rule, G.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Structure of Thymidylate Kinase from Candida albicans Reveals a Unique Structural Element. 著者: Sinha, K. / Rule, G.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3tmkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25890.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-TMP / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 1.1 N Sodium Citrate, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→60.59 Å / Num. obs: 11717 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 1.89 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.278 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3tmk 解像度: 2.45→60.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.425 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.429 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.45→60.59 Å
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拘束条件 |
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