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- PDB-5uif: Crystal Structure of Native Ps01740 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uif
タイトルCrystal Structure of Native Ps01740
要素Ps01740
キーワードHYDROLASE / 4-oxalocrotonate-Tautomerase / MIF / cis-Caad / dehalogenase
機能・相同性: / Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / Tautomerase_3 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas sp. UW4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者LeVieux, J. / Baas, B.J. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-65324 米国
Robert A. Welch FoundationF-1334 米国
引用ジャーナル: Arch. Biochem. Biophys. / 年: 2017
タイトル: Kinetic and structural characterization of a cis-3-Chloroacrylic acid dehalogenase homologue in Pseudomonas sp. UW4: A potential step between subgroups in the tautomerase superfamily.
著者: LeVieux, J.A. / Baas, B.J. / Kaoud, T.S. / Davidson, R. / Babbitt, P.C. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ps01740
B: Ps01740
C: Ps01740


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6483
ポリマ－40,6483
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.722, 58.902, 84.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ps01740


分子量: 13549.295 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. UW4 (バクテリア)
遺伝子: PputUW4_01740
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: K9NIA5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 8000 0.1 M CHES pH 9.0 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→46.48 Å / Num. obs: 11402 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 7.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N4G

3n4g


解像度: 2.57→46.48 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2716 584 5.12 %
Rwork0.2192 --
obs0.2218 11402 95.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→46.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2520 0 0 57 2577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4643495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.052924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.018420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5739-2.83290.41131240.30252279X-RAY DIFFRACTION81
2.8329-3.24270.29841670.27382795X-RAY DIFFRACTION99
3.2427-4.08510.24391440.21732846X-RAY DIFFRACTION100
4.0851-46.48840.24461490.18072898X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.33790.0785-0.78455.2382-1.07483.11880.03830.08470.0234-0.1008-0.1798-0.30060.17420.41010.13660.39940.03840.06990.6103-0.02240.31447.648323.25268.652
27.38561.0096-2.0261.1541-1.16531.9112-0.58580.8584-1.3487-0.0960.1061-0.01350.3397-0.19220.40970.393-0.0767-0.01470.3556-0.10470.3605-4.145217.944919.2687
32.51431.0205-0.55757.69050.8986.0831-0.26040.12310.20490.112-0.0268-0.1876-0.1806-0.12620.53520.36390.03640.00490.45340.05810.27921.844631.79928.8916
45.02020.9612.36993.47461.81057.2831-0.3480.1180.96760.026-0.188-0.086-0.34070.07320.45920.38610.1109-0.00060.40340.13390.47754.230131.841515.9714
58.3411-4.82912.49015.6256-2.24722.7018-0.1506-0.1852-0.356-1.0260.3239-0.86080.9296-0.16820.01310.37020.0380.07660.40450.01290.5485-3.451919.800930.0588
66.6462-3.48371.40672.6403-2.315.62790.41080.2741-0.0712-0.4633-0.67120.70030.4483-0.54580.22880.3159-0.0160.08880.601-0.00790.4658-14.524524.015930.2404
73.4892-4.07184.13186.7695-2.64077.88620.31042.4163-1.2517-0.4084-0.42090.5562-0.06520.9639-0.05360.3502-0.0910.06590.51830.03930.4003-8.973824.298123.4243
88.33874.4102-3.55515.6823-1.99236.31911.274-2.2666-0.90350.3531-1.222-0.99580.62540.1664-0.29830.5490.1133-0.00030.44160.27920.48849.00316.886338.0359
91.88751.1356-2.10179.6734-2.59997.2325-0.09940.0560.5374-1.46750.0689-0.42390.24090.17150.01980.3406-0.07950.01530.49070.07260.5931-5.037933.808726.6998
101.9199-1.40051.12913.1273-4.86726.2964-0.3716-0.48580.21530.49350.1666-1.1826-0.195-0.05960.48120.28120.027-0.00860.49490.01770.5188-9.384730.871237.1139
112.68242.0653-2.76644.8187-1.11397.3926-0.4507-1.04450.5148-0.2539-1.1421-0.20080.91581.35251.33070.3680.04340.00640.49540.05990.5538-2.091129.189835.9729
122.61212.18342.55017.88254.06263.12810.92570.7478-0.1353-0.3601-0.55280.3123-1.0711-0.8465-0.45930.62490.1536-0.02310.7728-0.11440.744-3.771336.645614.0743
134.18030.31062.25091.8952-1.35615.6035-0.0745-0.6545-0.11110.31290.0207-0.04160.2881-0.16920.01850.2550.11910.01540.46540.02990.456914.696521.291829.4169
149.6-3.7742-2.45019.24962.23844.3775-0.4854-0.56140.30650.7638-0.39261.42180.0506-0.68080.7630.33280.0483-0.06830.58290.06610.73911.371733.933130.4898
154.40020.00031.8885.60140.45472.11360.076-0.0793-0.0095-0.1644-0.0763-0.4019-0.25520.28550.00890.31740.0168-0.00250.47390.07930.353316.720131.228628.4214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:40 )A2 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 41:61 )A41 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 62:92 )A62 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 93:112 )A93 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 2:14 )B2 - 14
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 15:33 )B15 - 33
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 34:47 )B34 - 47
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 48:61 )B48 - 61
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 62:73 )B62 - 73
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 74:92 )B74 - 92
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 93:106 )B93 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 107:112 )B107 - 112
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 2:61 )C2 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 62:73 )C62 - 73
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 74:112 )C74 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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