PDB-5ui4: Structure of NME1 covalently conjugated to imidazole fluorosulfate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ui4

タイトル

Structure of NME1 covalently conjugated to imidazole fluorosulfate

要素

Nucleoside diphosphate kinase A

キーワード

TRANSFERASE / arylfluorosulfate / covalent / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA nuclease activity / Ribavirin ADME / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / Azathioprine ADME / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / positive regulation of DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Mortenson, D.E. / Brighty, G.J. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: "Inverse Drug Discovery" Strategy To Identify Proteins That Are Targeted by Latent Electrophiles As Exemplified by Aryl Fluorosulfates.
著者: Mortenson, D.E. / Brighty, G.J. / Plate, L. / Bare, G. / Chen, W. / Li, S. / Wang, H. / Cravatt, B.F. / Forli, S. / Powers, E.T. / Sharpless, K.B. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.

履歴

登録	2017年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ui4.cif.gz	193.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ui4.ent.gz	155.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ui4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ui4_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ui4_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	5ui4_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	5ui4_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5ui4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5ui4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uehC 2hveS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nue-d 4fkx-1 4fky-1 1zs6-1 2hvd-1 3ngu-1 1kdn-1 3ngt-2 1ucn-1 2bef-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase A

B: Nucleoside diphosphate kinase A

C: Nucleoside diphosphate kinase A

D: Nucleoside diphosphate kinase A

E: Nucleoside diphosphate kinase A

F: Nucleoside diphosphate kinase A

ヘテロ分子

111 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.462, 68.058, 69.682
Angle α, β, γ (deg.)	113.65, 98.20, 112.46
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	A	A	13 - 150	20 - 157
2	1	ILE	ILE	B	B	13 - 150	20 - 157
1	2	TYR	TYR	A	A	13 - 151	20 - 158
2	2	TYR	TYR	C	C	13 - 151	20 - 158
1	3	ILE	ILE	A	A	13 - 150	20 - 157
2	3	ILE	ILE	D	D	13 - 150	20 - 157
1	4	TYR	TYR	A	A	13 - 151	20 - 158
2	4	TYR	TYR	E	E	13 - 151	20 - 158
1	5	TYR	TYR	A	A	13 - 151	20 - 158
2	5	TYR	TYR	F	F	13 - 151	20 - 158
1	6	ILE	ILE	B	B	13 - 150	20 - 157
2	6	ILE	ILE	C	C	13 - 150	20 - 157
1	7	GLU	GLU	B	B	13 - 152	20 - 159
2	7	GLU	GLU	D	D	13 - 152	20 - 159
1	8	ILE	ILE	B	B	13 - 150	20 - 157
2	8	ILE	ILE	E	E	13 - 150	20 - 157
1	9	ILE	ILE	B	B	13 - 150	20 - 157
2	9	ILE	ILE	F	F	13 - 150	20 - 157
1	10	ILE	ILE	C	C	13 - 150	20 - 157
2	10	ILE	ILE	D	D	13 - 150	20 - 157
1	11	TYR	TYR	C	C	13 - 151	20 - 158
2	11	TYR	TYR	E	E	13 - 151	20 - 158
1	12	TYR	TYR	C	C	13 - 151	20 - 158
2	12	TYR	TYR	F	F	13 - 151	20 - 158
1	13	ILE	ILE	D	D	13 - 150	20 - 157
2	13	ILE	ILE	E	E	13 - 150	20 - 157
1	14	ILE	ILE	D	D	13 - 150	20 - 157
2	14	ILE	ILE	F	F	13 - 150	20 - 157
1	15	TYR	TYR	E	E	13 - 151	20 - 158
2	15	TYR	TYR	F	F	13 - 151	20 - 158

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase A / NDP kinase A / Granzyme A-activated DNase / GAAD / Metastasis inhibition factor nm23 / NM23-H1 / ...NDP kinase A / Granzyme A-activated DNase / GAAD / Metastasis inhibition factor nm23 / NM23-H1 / Tumor metastatic process-associated protein 分子量: 18130.799 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NME1, NDPKA, NM23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15531, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-A7Z / 4-[4-(3-methoxyphenyl)-1-(prop-2-yn-1-yl)-1H-imidazol-5-yl]phenyl sulfurofluoridate 分子量: 386.397 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₅FN₂O₄S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4.7 mg/mL solution protein-fluorosulfate conjugate combined with solution containing 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 30% (v/v) PEG400 in sitting drops. Crystals frozen in LN2 stream ...詳細: 4.7 mg/mL solution protein-fluorosulfate conjugate combined with solution containing 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 30% (v/v) PEG400 in sitting drops. Crystals frozen in LN2 stream without additional cryoprotectant

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.72 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4.7 mg/mL solution protein-fluorosulfate conjugate combined with solution containing 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 30% (v/v) PEG400 in sitting drops. Crystals frozen in LN2 stream ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→59.81 Å / Num. obs: 22132 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 34.1 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.101 / R_sym value: 0.128 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC_1/2: 0.63 / R_pim(I) all: 0.606 / R_sym value: 0.763 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HVE

2hve

解像度: 2.75→59.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 19.323 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22314	1134	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19338	-	-	-
obs	0.19493	20995	96.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.126 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.02 Å²	1.15 Å²	0.17 Å²
2-	-	-0.18 Å²	1.63 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.75→59.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7118	0	156	99	7373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	7461
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	7067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.202	1.935	10077
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.183	3	16238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.792	5	880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.732	23.913	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.804	15	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.683	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.985	5.932	3580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.985	5.932	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.284	8.895	4465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.284	8.895	4466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.126	6.199	3881
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.125	6.199	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.644	9.219	5612
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.501	46.658	8016
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.496	46.67	8003
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16108	0.05
1	2	B	16108	0.05
2	1	A	16150	0.05
2	2	C	16150	0.05
3	1	A	15988	0.06
3	2	D	15988	0.06
4	1	A	16292	0.05
4	2	E	16292	0.05
5	1	A	16142	0.06
5	2	F	16142	0.06
6	1	B	16012	0.05
6	2	C	16012	0.05
7	1	B	16172	0.06
7	2	D	16172	0.06
8	1	B	16090	0.05
8	2	E	16090	0.05
9	1	B	16030	0.06
9	2	F	16030	0.06
10	1	C	15858	0.05
10	2	D	15858	0.05
11	1	C	16118	0.05
11	2	E	16118	0.05
12	1	C	16244	0.05
12	2	F	16244	0.05
13	1	D	15986	0.05
13	2	E	15986	0.05
14	1	D	15892	0.05
14	2	F	15892	0.05
15	1	E	16124	0.06
15	2	F	16124	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	91	-
R_work	0.341	1511	-
obs	-	-	96.56 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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