PDB-5ugr: Malyl-CoA lyase from Methylobacterium extorquens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ugr

タイトル

Malyl-CoA lyase from Methylobacterium extorquens

要素

Malyl-CoA lyase/beta-methylmalyl-CoA lyase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

malyl-CoA lyase / L-erythro-3-methylmalyl-CoA lyase activity / malyl-CoA lyase activity / oxaloacetate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylobacterium extorquens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Gonzalez, J.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of Methylobacterium extorquens malyl-CoA lyase: CoA-substrate binding correlates with domain shift.
著者: Gonzalez, J.M. / Marti-Arbona, R. / Chen, J.C. / Unkefer, C.J.

履歴

登録	2017年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
置き換え	2017年8月23日	ID: 4ROQ
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_PDB_obs_spr / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ugr.cif.gz	160.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ugr.ent.gz	125.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ugr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l9zS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4roq-2 2o78-2 2o7d-2 2o7e-1 5wpw-1 3fz3-d 6qlg-1 3kdz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Malyl-CoA lyase/beta-methylmalyl-CoA lyase

ヘテロ分子

37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Malyl-CoA lyase/beta-methylmalyl-CoA lyase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-y+1,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_565	-x+y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_668	-y+1,-x+1,-z+3	1
crystal symmetry operation	11_558	-x+y,y,-z+3	1
crystal symmetry operation	12_568	x,x-y+1,-z+3	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.524, 126.524, 103.207
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-697- HOH
2	1	A-701- HOH
3	1	A-742- HOH
4	1	A-769- HOH

#1: タンパク質	Malyl-CoA lyase/beta-methylmalyl-CoA lyase 分子量: 36727.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア) 株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: mcl, MexAM1_META1p1733 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5B113, malyl-CoA lyase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 30 % w/v PEG 400, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127092 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.127092 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.56→38.44 Å / Num. obs: 62486 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	% possible all
1.56-1.59	5.9	0.522	2.7	2642	0.845	79.3
8.55-38.44	11.4	0.031	62	398	0.998	80.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4L9Z

4l9z

解像度: 1.56→38.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 1.75 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.13422	3059	4.9 %	RANDOM
R_work	0.10219	-	-	-
obs	0.10375	59427	90.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.422 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0.23 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.56→38.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2473	0	18	390	2881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.84	1.969	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.22	3	5906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.139	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.323	23.644	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.045	15	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.016	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	583
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.34	1.804	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.232	1.799	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.664	2.713	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.704	2.717	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.726	2.163	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.725	2.163	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.11	89.412	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.283	16.522	3299
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.809	15.521	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.176	3	5195
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	31.261	5	93
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.736	5	5437

LS精密化シェル

解像度: 1.562→1.602 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	207	-
R_work	0.162	3979	-
obs	-	-	83.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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