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万見
- PDB-5ug6: Perforin C2 Domain - T431D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ug6
タイトルPerforin C2 Domain - T431D
要素Perforin-1
キーワードAPOPTOSIS / C2 / perforin / calcium / proteostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of killing of cells of another organism / immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / wide pore channel activity / protein transmembrane transport / protein import / defense response to tumor cell ...positive regulation of killing of cells of another organism / immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / wide pore channel activity / protein transmembrane transport / protein import / defense response to tumor cell / protein secretion / immunological synapse / endosome lumen / T cell mediated cytotoxicity / protein homooligomerization / cytoplasmic vesicle / killing of cells of another organism / defense response to virus / calcium ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Perforin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Law, R.H.P. / Conroy, P.J. / Voskoboinik, I. / Whisstock, J.C.
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2018
タイトル: Perforin proteostasis is regulated through its C2 domain: supra-physiological cell death mediated by T431D-perforin.
著者: Brennan, A.J. / Law, R.H.P. / Conroy, P.J. / Noori, T. / Lukoyanova, N. / Saibil, H. / Yagita, H. / Ciccone, A. / Verschoor, S. / Whisstock, J.C. / Trapani, J.A. / Voskoboinik, I.
履歴
登録2017年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Perforin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6162
ポリマ－16,4891
非ポリマー1271
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.774, 66.027, 74.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Perforin-1 / P1 / Cytolysin / Lymphocyte pore-forming protein


分子量: 16489.074 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain (UNP residues 410-535) / 変異: T431D, W427A, Y430A, Y886A, W488A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prf1, Pfp / プラスミド: pComb3x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10F' / 参照: UniProt: P10820
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium iodide, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.52 Å / Num. obs: 9857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.98 Å2 / Rsym value: 0.325 / Net I/av σ(I): 1.8 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.117.31.5140.41100
2.11-2.247.21.1220.51100
2.24-2.397.20.8280.71100
2.39-2.587.20.5781.11100
2.58-2.837.10.4131.61100
2.83-3.167.10.2263.11100
3.16-3.6570.1434.81100
3.65-4.476.80.11161100
4.47-6.326.50.0817.11100
6.32-33.0146.10.0984.8199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å33.01 Å
Translation2 Å33.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3nsj

3nsj


解像度: 2→33.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.143
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 469 4.78 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.192 9810 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 107.95 Å2 / Biso mean: 24.76 Å2 / Biso min: 9.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.7901 Å20 Å20 Å2
2--6.8878 Å20 Å2
3---0.9023 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→33.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数956 0 1 70 1027
Biso mean--19.28 32.95 -
残基数----123
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d324SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes24HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes147HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it982HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion119SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1154SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d982HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1333HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.79
LS精密化 シェル解像度: 2→2.24 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 115 4.26 %
Rwork0.19 2587 -
all0.191 2702 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4925-4.3812.52975.3489-0.79560-0.1963-0.11140.2663-0.06480.1555-0.464-0.08410.22370.04070.04560.0366-0.01780.0786-0.05950.055210.6092-29.1146-9.436
23.0980.81670.9830.6203-0.63732.91560.07470.3139-0.1320.0643-0.11390.202-0.2996-0.10830.03920.02160.00350.0133-0.06950.0315-0.0371-2.7468-10.6473-14.1672
310.0841-7.35422.31065.8572-3.319313.15050.0191.00170.55970.0019-0.511-0.9391-0.46060.72830.49190.0737-0.011-0.04170.06330.04640.156210.0261-16.3372-17.5807
46.1884-2.4642-0.17414.1981-0.3416.01420.08890.3186-0.1956-0.2473-0.07660.301-0.06280.1927-0.01220.1082-0.0143-0.01020.04680.00880.0439-6.6694-11.3153-19.7414
52.9119-1.76970.34492.7029-2.21914.29620.17490.0267-0.2141-0.16880.0347-0.00440.07970.0092-0.20960.136-0.0145-0.01740.0482-0.02110.06229.0783-25.3668-14.2855
62.12792.08712.02741.0415-0.228200.1711-0.13270.09190.2045-0.0039-0.3191-0.47470.2304-0.16720.3205-0.0341-0.15870.14720.00270.199113.9208-22.0329-4.501
72.5884-0.75373.71422.5213-4.07726.3353-0.24860.11980.29450.2973-0.1384-0.2595-0.4131-0.00210.3870.18760.0147-0.02460.08210.02150.10962.8515-6.2083-13.0952
84.4718-4.2025-0.09461.33860.59950-0.1749-0.296-0.09290.35640.25990.0944-0.14460.0378-0.0850.13290.0077-0.02030.0014-0.00220.00870.1379-21.6059-3.5405
92.7552-1.85060.45034.40520.7532.10110.17210.0697-0.18760.1001-0.00180.12350.11230.1154-0.17020.0736-0.02330.0189-0.0150.0006-0.01013.9819-24.7503-5.4289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|410 - A|419 }A410 - 419
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|420 - A|442 }A420 - 442
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|443 - A|448 }A443 - 448
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|449 - A|462 }A449 - 462
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|463 - A|470 }A463 - 470
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|471 - A|476 }A471 - 476
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|477 - A|498 }A477 - 498
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|499 - A|510 }A499 - 510
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|511 - A|535 }A511 - 535

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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