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- PDB-2rkl: Crystal Structure of S.cerevisiae Vta1 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rkl
タイトルCrystal Structure of S.cerevisiae Vta1 C-terminal domain
要素Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
キーワードLIPID TRANSPORT / dimerization motif / Cytoplasm / Endosome / Membrane / Protein transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


ESCRT IV complex / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport / lipid transport / ATPase activator activity / multivesicular body / protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / endosome
類似検索 - 分子機能
Vta1/Callose synthase, N-terminal domain superfamily / Vta1/callose synthase, N-terminal / Vta1, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein Vta1-like / Vta1 like / Vta1 C-terminal domain / Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Xiao, J. / Xia, H. / Zhou, J. / Xu, Z.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2008
タイトル: Structural basis of vta1 function in the multivesicular body sorting pathway.
著者: Xiao, J. / Xia, H. / Zhou, J. / Azmi, I.F. / Davies, B.A. / Katzmann, D.J. / Xu, Z.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
B: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
C: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
D: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
E: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
F: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6257
ポリマ－35,5076
非ポリマー1181
水5,188288
1
E: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
F: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8362
ポリマ－11,8362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
手法PISA
2
C: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
D: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8362
ポリマ－11,8362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
手法PISA
3
A: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
B: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9543
ポリマ－11,8362
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.420, 50.707, 74.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 / VPS20-associated protein 1


分子量: 5917.778 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VTA1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06263
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: MPD, vapor diffusion, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793, 0.9794, 0.9566
検出器検出器: CCD / 日付: 2006年7月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97941
30.95661
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 59057 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.443 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.553.10.20256050.97191.1
1.55-1.623.70.16760301.01497.8
1.62-1.694.10.14461311.07698.4
1.69-1.784.20.13160561.18698
1.78-1.894.20.160441.40397.3
1.89-2.044.20.0860411.53396.5
2.04-2.244.20.06859451.66795.1
2.24-2.564.10.06659041.9893.7
2.56-3.234.10.05958291.79491.8
3.23-503.80.05454721.65382.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.821 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2928 5.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 57918 92.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.774 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2474 0 0 296 2770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.242.0313354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5415309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.53427.55198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5915539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.614156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21626
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7711.51626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23422537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3083957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6184.5817
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 184 -
Rwork0.243 3598 -
all-3782 -
obs--83.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8984-0.16840.65871.20420.93033.8434-0.02320.12360.03120.10020.0376-0.06810.08340.5483-0.0144-0.06520.0175-0.01890.00540.0119-0.055879.9125.78343.141
22.251-0.55151.10131.2469-0.1941.7092-0.01440.0307-0.0308-0.06560.03530.06370.09850.0992-0.0209-0.05650.0006-0.0272-0.0755-0.0143-0.047373.83210.03167.212
31.67890.6063-2.08891.0844-0.66163.18580.254-0.2405-0.05590.1168-0.2147-0.0091-0.29620.3904-0.0393-0.0551-0.0896-0.0228-0.00270.0176-0.063873.233.2456.493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA278 - 3301 - 53
2X-RAY DIFFRACTION1BB - I281 - 3394 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2CC278 - 3301 - 53
4X-RAY DIFFRACTION2DD289 - 33012 - 53
5X-RAY DIFFRACTION3EE286 - 3299 - 52
6X-RAY DIFFRACTION3FF279 - 3302 - 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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