PDB-2rkk: Crystal Structure of S.cerevisiae Vta1 N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rkk

タイトル

Crystal Structure of S.cerevisiae Vta1 N-terminal domain

要素

Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1

キーワード

LIPID TRANSPORT / MIT motif / Cytoplasm / Endosome / Membrane / Protein transport / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

ESCRT IV complex / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport / lipid transport / ATPase activator activity / multivesicular body / protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / endosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Xiao, J. / Xia, H. / Zhou, J. / Xu, Z.

引用

ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2008
タイトル: Structural basis of vta1 function in the multivesicular body sorting pathway.
著者: Xiao, J. / Xia, H. / Zhou, J. / Azmi, I.F. / Davies, B.A. / Katzmann, D.J. / Xu, Z.

履歴

登録	2007年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rkk.cif.gz	72.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rkk.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rkk_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rkk_full_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示
XML形式データ	2rkk_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	2rkk_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/2rkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/2rkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rklC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l6a-1 5zzw-2 3gse-d 3eoj-d 2k5b-d 6fm9-d 1b0r-d 4uyp-d 3ivd-2 2bih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1

B: Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1

38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.169, 126.169, 70.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 / VPS20-associated protein 1 分子量: 19149.123 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: VTA1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06263
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 / VPS20-associated protein 1

分子量: 19149.123 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VTA1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06263

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: Sodium Formate, vapor diffusion, temperature 293K, pH 7, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2007年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 9.7 % / Av σ(I) over netI: 11 / 数: 101963 / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 2.13 / D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 10527 / % possible obs: 95.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.46	50	99.6	1	0.055	7.675	9.8
5.13	6.46	100	1	0.079	3.109	10.1
4.48	5.13	100	1	0.062	2.112	10.2
4.07	4.48	100	1	0.079	1.664	10.2
3.78	4.07	100	1	0.103	1.3	10.2
3.56	3.78	100	1	0.145	0.959	10.1
3.38	3.56	97.8	1	0.205	0.85	9.8
3.23	3.38	94.9	1	0.332	0.82	9.4
3.11	3.23	85.7	1	0.414	0.76	8.8
3	3.11	73	1	0.487	0.739	7.4

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 12169 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.325 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.9-3	7	0.418	1164	0.616	96.7
3-3.12	7.5	0.301	1196	0.674	99.3
3.12-3.27	7.7	0.217	1228	0.801	100
3.27-3.44	7.6	0.149	1208	0.908	100
3.44-3.65	7.6	0.107	1211	1.212	100
3.65-3.94	7.5	0.082	1220	1.546	100
3.94-4.33	7.3	0.067	1230	1.992	100
4.33-4.96	7.2	0.056	1217	2.132	99.9
4.96-6.24	7.5	0.049	1236	1.61	100
6.24-50	7.1	0.033	1259	1.746	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9→50 Å / FOM work R set: 0.79 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	602	4.9 %
R_work	0.215	-	-
obs	-	11746	94.8 %

溶媒の処理

B_sol: 64.107 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.482 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.795 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.795 Å²	0 Å²
3-	-	-	23.591 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2518	0	0	11	2529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.108
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.494	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.857	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.691	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.082	2.5

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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