PDB-5ufm: Crystal structure of Burkholderia thailandensis 1,6-didemethyltox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ufm

タイトル

Crystal structure of Burkholderia thailandensis 1,6-didemethyltoxoflavin-N1-methyltransferase with bound 1,6-didemethyltoxoflavin and S-adenosylhomocysteine

要素

Methyltransferase domain protein

キーワード

TRANSFERASE / N-methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent

機能・相同性

Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / pyrimido[5,4-e][1,2,4]triazine-5,7(6H,8H)-dione / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Class I SAM-dependent methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Ealick, S.E. / Almabruk, K.H. / Begley, T.P. / Philmus, B.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103403	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103485	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
Oregon State University College of Pharmacy		米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Biochemical Characterization and Structural Basis of Reactivity and Regioselectivity Differences between Burkholderia thailandensis and Burkholderia glumae 1,6-Didesmethyltoxoflavin N-Methyltransferase.
著者: Fenwick, M.K. / Almabruk, K.H. / Ealick, S.E. / Begley, T.P. / Philmus, B.

履歴

登録	2017年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ufm.cif.gz	207.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ufm.ent.gz	166.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ufm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ufm_validation.pdf.gz	1015.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ufm_full_validation.pdf.gz	1021 KB	表示
XML形式データ	5ufm_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	5ufm_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/5ufm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/5ufm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ufnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ufn-1 2wag-d 3bqx-1 3bgi-1 7jmb-1 1lec-d 7jmb-2 5t5o-5 6y4s-1 4fva-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase domain protein

B: Methyltransferase domain protein

ヘテロ分子

55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyltransferase domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyltransferase domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.698, 112.698, 78.367
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Methyltransferase domain protein / Uncharacterized protein 分子量: 26340.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア) 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: BTH_II1283, DR63_4497 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T5S0

#1: タンパク質

Methyltransferase domain protein / Uncharacterized protein

分子量: 26340.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア)
株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: BTH_II1283, DR63_4497 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T5S0

-
非ポリマー , 5種, 479分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-AZ8 / pyrimido[5,4-e][1,2,4]triazine-5,7(6H,8H)-dione / 1,6-didemethyltoxoflavin 分子量: 165.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₃N₅O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM HEPES, pH 6.0 - 7.0, 1.0 - 2.0 M ammonium sulfate, and 1 mM S-adenosylhomocysteine. 1,6-didemethyltoxoflavin (25 mM), S-adenosylhomocysteine (6 mM), and dithiothreitol (5 mM) were ...詳細: 100 mM HEPES, pH 6.0 - 7.0, 1.0 - 2.0 M ammonium sulfate, and 1 mM S-adenosylhomocysteine. 1,6-didemethyltoxoflavin (25 mM), S-adenosylhomocysteine (6 mM), and dithiothreitol (5 mM) were added during crystal soak experiment. PH範囲: 6.0 - 7.0

結晶

マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM HEPES, pH 6.0 - 7.0, 1.0 - 2.0 M ammonium sulfate, and 1 mM S-adenosylhomocysteine. 1,6-didemethyltoxoflavin (25 mM), S-adenosylhomocysteine (6 mM), and dithiothreitol (5 mM) were ...
PH範囲: 6.0 - 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9759 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9759 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→23 Å / Num. obs: 54274 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/av σ(I): 17.3 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC_1/2: 0.83 / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	v714	data processing
PHENIX	(1.11.1_2575: 000)	精密化
Coot	0.8.7	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.77→23 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	2665	4.92 %
R_work	0.1521	-	-
obs	0.1537	54199	98.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3515	0	161	462	4138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3878
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	5309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.399	1407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	549
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	693

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.8012	0.3257	101	0.2529	2220	X-RAY DIFFRACTION	79
1.8012-1.8359	0.2724	122	0.2446	2559	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8359-1.8733	0.2803	140	0.2234	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8733-1.914	0.2327	145	0.2052	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
1.914-1.9585	0.2102	147	0.1844	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9585-2.0075	0.2087	113	0.1655	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0075-2.0617	0.2073	166	0.1662	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0617-2.1223	0.173	138	0.1582	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1223-2.1908	0.1752	160	0.1465	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1908-2.269	0.176	148	0.1424	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.269-2.3598	0.1917	165	0.1544	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3598-2.4671	0.1767	129	0.1588	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4671-2.597	0.2022	146	0.1563	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.597-2.7594	0.2337	148	0.1639	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7594-2.9721	0.1996	145	0.1522	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9721-3.2704	0.1501	143	0.1412	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2704-3.7419	0.1548	126	0.1289	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7419-4.7078	0.1479	140	0.1196	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7078-23.0322	0.1706	143	0.1488	2690	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2154	-4.5764	-1.7298	7.0738	1.1377	4.4679	-0.2684	-0.4278	-0.8258	0.5159	0.3267	0.5338	0.6703	-0.3977	-0.0876	0.2101	-0.0238	-0.0232	0.2448	0.02	0.2182	7.7842	31.2411	26.4879
2	1.0874	0.6665	0.0689	1.7927	0.6329	1.8049	0.0016	0.1616	-0.1086	-0.0445	0.0802	-0.0195	0.0891	-0.023	-0.0353	0.1366	0.0868	-0.0101	0.2235	-0.0197	0.1429	21.5406	41.0283	19.5998
3	1.0169	0.5635	0.0498	0.9888	0.3891	1.6708	0.0592	0.064	-0.1235	-0.0776	0.0959	-0.1556	0.0448	0.2054	-0.0856	0.1295	0.1068	-0.0054	0.2448	-0.0343	0.1807	31.6953	44.5407	16.0468
4	1.5901	0.4236	0.055	0.9899	0.3819	1.3867	0.044	-0.1189	-0.085	0.2088	0.0283	-0.0841	0.1571	-0.0138	-0.0568	0.1662	0.0895	-0.0266	0.2175	0.0169	0.1604	22.2324	38.9837	32.2333
5	0.8085	-1.0952	-0.4646	6.2045	2.5418	1.0488	-0.0263	0.2119	-0.0061	-0.8762	0.2644	0.4628	-0.8547	-0.2395	-0.1405	0.727	0.0916	-0.0202	0.3181	0.0568	0.2513	15.2562	78.4766	14.925
6	0.5278	-0.1113	0.1115	1.6546	-0.3391	0.926	-0.0668	-0.0492	0.0165	0.0086	0.1077	0.1749	-0.1524	-0.0851	-0.0433	0.1917	0.0907	0.0058	0.1992	-0.0041	0.1552	11.9632	66.5609	32.0087
7	4.6729	-0.0212	1.7953	7.6494	-2.2354	6.9308	-0.079	-0.1399	-0.0727	0.2336	0.0196	0.38	-0.0342	-0.4739	0.0603	0.1684	0.0865	0.0788	0.2398	0.0012	0.2	4.758	63.5739	41.624
8	0.8463	-0.3625	0.8838	2.7647	-0.8304	1.0534	-0.0459	-0.0076	0.0834	0.105	0.0451	-0.0254	-0.1597	0.0293	-0.0109	0.2427	0.0834	0.0007	0.1623	-0.021	0.143	19.6732	75.2926	36.7787
9	3.1018	-0.6244	1.3322	2.4928	0.2154	3.4163	0.0413	0.239	0.1722	-0.3845	-0.0523	-0.1109	-0.0535	-0.0137	0.0183	0.1994	0.0497	0.0281	0.1479	-0.0119	0.147	21.7793	73.6375	24.3693
10	4.1255	0.0733	1.2087	3.2925	2.3789	2.049	0.0236	0.2578	0.2677	-0.0504	0.0586	-0.4165	-0.1566	0.6751	-0.0981	0.2366	0.0169	0.0141	0.2447	0.0136	0.2507	32.8068	74.1776	29.3492
11	2.6357	0.0494	1.071	3.0884	1.2393	3.81	0.0911	0.0975	-0.0995	-0.0028	0.0319	-0.2514	0.1213	0.2836	-0.1582	0.1831	0.0681	0.027	0.1676	0.0055	0.1502	26.861	64.8129	26.563

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 130 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 228 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 24 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 25 through 99 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 100 through 117 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 118 through 156 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 157 through 189 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 190 through 201 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 202 through 228 )

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