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万見
- PDB-5ufi: DCN1 bound to DI-591 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ufi
タイトルDCN1 bound to DI-591
要素DCN1-like protein 1
キーワードLigase/Inhibitor / E3 ligase / complex / Ligase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / Neddylation / nucleoplasm ...positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / Neddylation / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(1S)-1-cyclohexyl-2-{[3-(morpholin-4-yl)propanoyl]amino}ethyl]-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide / Chem-8B1 / DCN1-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Stuckey, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A potent small-molecule inhibitor of the DCN1-UBC12 interaction that selectively blocks cullin 3 neddylation.
著者: Zhou, H. / Lu, J. / Liu, L. / Bernard, D. / Yang, C.Y. / Fernandez-Salas, E. / Chinnaswamy, K. / Layton, S. / Stuckey, J. / Yu, Q. / Zhou, W. / Pan, Z. / Sun, Y. / Wang, S.
履歴
登録2017年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DCN1-like protein 1
B: DCN1-like protein 1
C: DCN1-like protein 1
D: DCN1-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3518
ポリマ－105,0074
非ポリマー2,3434
水72140
1
A: DCN1-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8382
ポリマ－26,2521
非ポリマー5861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DCN1-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8382
ポリマ－26,2521
非ポリマー5861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DCN1-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8382
ポリマ－26,2521
非ポリマー5861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DCN1-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8382
ポリマ－26,2521
非ポリマー5861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.142, 101.647, 173.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
DCN1-like protein 1 / DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / ...DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / Squamous cell carcinoma-related oncogene


分子量: 26251.865 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 58-259 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCUN1D1, DCUN1L1, RP42, SCCRO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96GG9
#2: 化合物
ChemComp-8B1 / N-[(1S)-1-cyclohexyl-2-{[3-(morpholin-4-yl)propanoyl]amino}ethyl]-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 585.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H47N5O4S
参照: N-[(1S)-1-cyclohexyl-2-{[3-(morpholin-4-yl)propanoyl]amino}ethyl]-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 4000 and 100 mM potassium phosphate (monobasic)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→45.24 Å / Num. obs: 35513 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 188478
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.58-2.625.20.6160.836199.7
2.62-2.675.40.5630.908199.9
2.67-2.725.40.5020.9091100
2.72-2.785.40.450.9291100
2.78-2.845.40.3450.9531100
2.84-2.915.40.3030.9681100
2.91-2.985.40.2650.9691100
2.98-3.065.40.2150.9791100
3.06-3.155.40.1730.9861100
3.15-3.255.40.1540.9891100
3.25-3.375.40.1150.9931100
3.37-3.55.40.0920.9961100
3.5-3.665.40.0690.9971100
3.66-3.855.40.0560.9981100
3.85-4.095.30.0470.9981100
4.09-4.415.30.0450.9981100
4.41-4.855.30.0470.9971100
4.85-5.565.20.050.997199.8
5.56-75.20.0450.997199.9
7-504.80.0190.999198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 2.58→45.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.443 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.431 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.264
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1758 4.98 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.211 35332 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 128.72 Å2 / Biso mean: 43.79 Å2 / Biso min: 12.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.386 Å20 Å20 Å2
2---0.0528 Å20 Å2
3---1.4387 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→45.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6212 0 165 40 6417
Biso mean--33.42 30.31 -
残基数----769
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3092SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes202HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes971HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6565HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion815SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7479SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6565HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8880HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.13
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 128 4.59 %
Rwork0.239 2661 -
all0.242 2789 -
obs--98.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6120.43411.2321.06090.49983.6302-0.15610.00290.2429-0.01630.04690.0491-0.18170.0090.1093-0.0809-0.0111-0.0131-0.12410.0757-0.08390.51228.59943.6818
21.1189-0.25191.02281.1993-0.4543.46380.04750.00850.0440.0518-0.04560.0028-0.18460.0192-0.0018-0.071-0.01360.0273-0.0833-0.0444-0.1285-0.251415.5768-2.6923
33.7953-0.3472-0.24611.76960.23091.52220.00210.0026-0.1164-0.01930.1103-0.21830.11770.0632-0.1125-0.1054-0.0435-0.0267-0.15210.0355-0.11310.183-13.604847.437
43.103-0.4041-0.56731.93470.30031.8896-0.05140.03-0.42870.1786-0.01590.23350.3130.00060.0673-0.12750.00250.033-0.1363-0.0293-0.1365-0.1563-6.7429-6.2465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|60 - 251}A60 - 251
2X-RAY DIFFRACTION2{B|60 - 251}B60 - 251
3X-RAY DIFFRACTION3{C|60 - 251}C60 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4{D|60 - 251}D60 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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