[日本語] English
万見
- PDB-5ufd: Crystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) RBC36 (Apo) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ufd
タイトルCrystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) RBC36 (Apo)
要素RBC36
キーワードIMMUNE SYSTEM / variable lymphocyte receptors / VLR / leucine-rich repeat / LRR / adaptive immunity / sea lamprey / jawless fish / receptor / glycan binding / glycan receptor
生物種Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.696 Å
データ登録者Collins, B.C. / Gunn, R.J. / McKitrick, T.R. / Herrin, B.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into VLR Fine Specificity for Blood Group Carbohydrates.
著者: Collins, B.C. / Gunn, R.J. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2017年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RBC36
B: RBC36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3364
ポリマ－50,2872
非ポリマー492
水6,720373
1
A: RBC36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1682
ポリマ－25,1441
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RBC36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1682
ポリマ－25,1441
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.339, 78.895, 158.804
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 RBC36


分子量: 25143.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 17.3 mg/mL RBC36, 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM magnesium chloride, 20% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03316 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03316 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.696→43.957 Å / Num. obs: 60711 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.3 % / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.696→1.76 Å / Num. measured obs: 29524 / Num. unique all: 5444 / Rpim(I) all: 0.16

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3E6J

3e6j


解像度: 1.696→43.957 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 3002 4.95 %
Rwork0.1846 --
obs0.1862 60687 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.72 Å2 / Biso mean: 22.5177 Å2 / Biso min: 12.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.696→43.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3495 0 2 373 3870
Biso mean--24.69 27.49 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0624937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9771309
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6961-1.72390.30041030.25492326242984
1.7239-1.75360.26381250.22572605273095
1.7536-1.78550.26491560.20352672282899
1.7855-1.81990.23341570.19162706286399
1.8199-1.8570.20791150.187127492864100
1.857-1.89740.2371560.194927622918100
1.8974-1.94150.24031440.195527212865100
1.9415-1.99010.2251350.179627642899100
1.9901-2.04390.21461340.177527522886100
2.0439-2.1040.22211500.185127372887100
2.104-2.1720.21441330.187427952928100
2.172-2.24960.20581370.185327502887100
2.2496-2.33960.2231510.190327502901100
2.3396-2.44610.24391610.196227542915100
2.4461-2.57510.25411650.207927582923100
2.5751-2.73640.22281550.209927752930100
2.7364-2.94760.21241400.205427862926100
2.9476-3.24420.22761490.208328072956100
3.2442-3.71340.22051490.182228222971100
3.7134-4.67760.19791380.147628813019100
4.6776-43.97190.16691490.150830133162100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る