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- PDB-5uf1: Crystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) O13 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uf1
タイトルCrystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) O13 in complex with H-trisaccharide
要素O13
キーワードIMMUNE SYSTEM / variable lymphocyte receptors / VLR / leucine-rich repeat / LRR / adaptive immunity / sea lamprey / jawless fish / receptor / glycan binding / glycan receptor
機能・相同性H type 2 antigen, beta anomer
機能・相同性情報
生物種Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Gunn, R.J. / Collins, B.C. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into VLR Fine Specificity for Blood Group Carbohydrates.
著者: Collins, B.C. / Gunn, R.J. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2017年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: O13
A: O13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7575
ポリマ－54,6622
非ポリマー1,0943
水6,503361
1
B: O13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8963
ポリマ－27,3311
非ポリマー5652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: O13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8612
ポリマ－27,3311
非ポリマー5291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.124, 78.968, 83.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...
21(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSLEULEU(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...AB22 - 547 - 39
12TYRTYRTYRTYR(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...AB5540
13CYSCYSPROPRO(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...AB22 - 2627 - 247
14CYSCYSPROPRO(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...AB22 - 2627 - 247
15CYSCYSPROPRO(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...AB22 - 2627 - 247
16CYSCYSPROPRO(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...AB22 - 2627 - 247
17CYSCYSPROPRO(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...AB22 - 2627 - 247
18CYSCYSPROPRO(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...AB22 - 2627 - 247
19CYSCYSPROPRO(chain A and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...AB22 - 2627 - 247
21CYSCYSLEULEU(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...BA22 - 547 - 39
22TYRTYRTYRTYR(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...BA5540
23CYSCYSPROPRO(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...BA22 - 2627 - 247
24CYSCYSPROPRO(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...BA22 - 2627 - 247
25CYSCYSPROPRO(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...BA22 - 2627 - 247
26CYSCYSPROPRO(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...BA22 - 2627 - 247
27CYSCYSPROPRO(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...BA22 - 2627 - 247
28CYSCYSPROPRO(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...BA22 - 2627 - 247
29CYSCYSPROPRO(chain B and (resseq 22:54 or (resid 55 and (name...BA22 - 2627 - 247

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要素

#1: タンパク質 O13


分子量: 27331.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / H type 2 antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: H type 2 antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 10 mg/mL O13, 14% PEG6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M citrate, pH 5.2, 1.9 mM H-trisaccharide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月25日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→47.902 Å / Num. obs: 32373 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 21.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.03-2.12.40.61314660.619139.8
2.1-2.192.80.4640.729157.1
2.19-2.293.20.4170.785173.9
2.29-2.4140.350.877185.2
2.41-2.565.30.2880.944196
2.56-2.767.40.2440.9751100
2.76-3.037.40.1620.991100
3.03-3.477.40.1130.9941100
3.47-4.377.30.0770.9961100
4.37-47.970.0660.9971100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UEI

5uei


解像度: 2.03→47.902 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2113 1813 5.61 %
Rwork0.1869 --
obs0.1883 32335 85.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.13 Å2 / Biso mean: 25.4388 Å2 / Biso min: 1.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→47.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3673 0 73 361 4107
Biso mean--21.97 30.05 -
残基数----482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6195239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5132355
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2334X-RAY DIFFRACTION5.898TORSIONAL
12B2334X-RAY DIFFRACTION5.898TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.03-2.08490.2993650.26661019108438
2.0849-2.14620.2834810.24631385146651
2.1462-2.21550.25761080.23661739184765
2.2155-2.29470.28881270.21772063219076
2.2947-2.38660.24641350.21672299243485
2.3866-2.49520.24831390.20912558269794
2.4952-2.62670.22941300.20852751288199
2.6267-2.79130.23131220.217527702892100
2.7913-3.00670.27621810.206227342915100
3.0067-3.30930.24261610.201327432904100
3.3093-3.7880.20581320.167428222954100
3.788-4.77170.14481670.138327852952100
4.7717-47.91540.17052650.1628543119100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9934-0.2391-0.72082.4904-1.02112.53110.08010.2158-0.0025-0.6272-0.2998-0.23550.86020.23070.03790.36140.1231-0.02980.4375-0.12370.3179-15.0062-16.0373-41.9303
21.2421-0.5304-0.44941.37940.17262.05160.07480.1714-0.3209-0.1023-0.00310.03810.36950.1223-0.06510.22530.0104-0.02530.2032-0.04890.2391-25.3742-13.0364-36.7224
31.8951-0.0951-0.41841.42430.3111.5889-0.03620.0223-0.06020.047-0.0149-0.08270.10490.07820.01170.15-0.023-0.00070.1588-0.01180.1497-29.3077-5.4499-25.4256
41.4654-0.6010.05331.49380.51741.2621-0.02360.0104-0.0193-0.01450.0786-0.03240.00520.0075-0.0490.1493-0.0401-0.00480.15390.01120.1456-31.77029.2253-20.4952
52.5126-0.4573-0.51331.25650.31471.28950.01530.19930.118-0.08080.0071-0.0739-0.2152-0.0582-0.01060.1924-0.02530.01690.14810.00920.1624-31.392620.4199-19.5411
62.6267-1.9143-2.15383.14032.06323.9312-0.19570.3503-0.2683-0.1355-0.48980.373-0.5554-0.11540.41830.24260.032-0.06330.34370.10230.2974-32.507135.7689-26.1494
71.64620.23840.66880.68160.29712.1521-0.0730.02030.1702-0.0155-0.02280.0897-0.1078-0.07570.09360.1704-0.0212-0.00850.12160.00890.2001-18.733137.5568-15.3988
82.5536-0.5350.11260.8229-0.58191.43450.0507-0.11910.06920.04250.01850.00190.08190.0564-0.1110.1749-0.0389-0.02030.1691-0.01550.1631-4.165425.1961-4.7406
92.0661-0.08721.18840.761-0.15592.0060.05970.1326-0.2729-0.14980.0748-0.0470.17220.1526-0.13550.21810.0082-0.0190.1539-0.01860.21681.982915.8302-3.7436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 22 through 34 )B22 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 35 through 94 )B35 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 95 through 151 )B95 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 152 through 208 )B152 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 209 through 262 )B209 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 22 through 34 )A22 - 34
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 35 through 151 )A35 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 152 through 208 )A152 - 208
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 209 through 262 )A209 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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