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- PDB-5uen: Crystal structure of the human adenosine A1 receptor A1AR-bRIL in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uen
タイトルCrystal structure of the human adenosine A1 receptor A1AR-bRIL in complex with the covalent antagonist DU172 at 3.2A resolution
要素Adenosine receptor A1,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / transmembrane / receptor / adenosine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nucleoside transport / negative regulation of neurotrophin production / regulation of glomerular filtration / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / positive regulation of peptide secretion / negative regulation of mucus secretion / purine nucleoside binding / negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of hormone secretion ...positive regulation of nucleoside transport / negative regulation of neurotrophin production / regulation of glomerular filtration / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / positive regulation of peptide secretion / negative regulation of mucus secretion / purine nucleoside binding / negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of hormone secretion / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / heterotrimeric G-protein binding / Adenosine P1 receptors / mucus secretion / G protein-coupled adenosine receptor activity / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / negative regulation of leukocyte migration / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / regulation of sensory perception of pain / response to purine-containing compound / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of potassium ion transport / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of cardiac muscle cell contraction / triglyceride homeostasis / protein targeting to membrane / long-term synaptic depression / temperature homeostasis / leukocyte migration / presynaptic active zone / calyx of Held / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of long-term synaptic potentiation / asymmetric synapse / axolemma / : / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / phagocytosis / lipid catabolic process / positive regulation of protein dephosphorylation / heat shock protein binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / G protein-coupled receptor binding / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / terminal bouton / cognition / vasodilation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / nervous system development / G alpha (i) signalling events / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / periplasmic space / electron transfer activity / response to hypoxia / inflammatory response / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / synapse / dendrite / heme binding / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A1 receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DU1 / OLEIC ACID / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Glukhova, A. / Thal, D.M. / Nguyen, A.T. / Vecchio, E.A. / Jorg, M. / Scammells, P.J. / May, L.T. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP10552134 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1084246 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of the Adenosine A1 Receptor Reveals the Basis for Subtype Selectivity.
著者: Glukhova, A. / Thal, D.M. / Nguyen, A.T. / Vecchio, E.A. / Jorg, M. / Scammells, P.J. / May, L.T. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A.
履歴
登録2017年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A1,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A1
B: Adenosine receptor A1,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,13611
ポリマ－93,1202
非ポリマー3,0169
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.492, 112.960, 124.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Adenosine receptor A1,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A1 / Cytochrome b-562


分子量: 46560.031 Da / 分子数: 2
断片: UNP P30542 reisues 2-210, UNP P0ABE7 residues 23-127, UNP P30542 residues 228-31,UNP P30542 reisues 2-210, UNP P0ABE7 residues 23-127, UNP P30542 residues 228-31,UNP P30542 reisues 2-210, UNP ...断片: UNP P30542 reisues 2-210, UNP P0ABE7 residues 23-127, UNP P30542 residues 228-31,UNP P30542 reisues 2-210, UNP P0ABE7 residues 23-127, UNP P30542 residues 228-31,UNP P30542 reisues 2-210, UNP P0ABE7 residues 23-127, UNP P30542 residues 228-31
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA1, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30542, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-DU1 / 4-{[3-(8-cyclohexyl-2,6-dioxo-1-propyl-1,2,6,7-tetrahydro-3H-purin-3-yl)propyl]carbamoyl}benzene-1-sulfonyl fluoride / 8-シクロヘキシル-3-[3-[[4-(フルオロスルホニル)ベンゾイル]アミノ]プロピル]-1-プロピルキサンチン


分子量: 519.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30FN5O5S
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Hepes pH 7.0-8.0, 28-38% PEG 300 and 500-700 mM NH4F
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月24日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 23000 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 2.767 / Num. unique obs: 4121 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.51 Å29.52 Å
Translation6.51 Å29.52 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
Coot0.8.6モデル構築
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EIY

4eiy


解像度: 3.2→30 Å / SU B: 59.391 / SU ML: 0.482 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.553
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 1105 4.8 %RANDOM
Rwork0.286 ---
obs0.288 21759 99.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 235.06 Å2 / Biso mean: 92.83 Å2 / Biso min: 50.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.32 Å20 Å20 Å2
2--6.09 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6061 0 189 0 6250
Biso mean--74.41 --
残基数----767
拘束条件
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONBOND LENGTH (A)
X-RAY DIFFRACTIONANGLE DISTANCE (A)
X-RAY DIFFRACTIONINTRAPLANAR 1-4 DISTANCE (A)
X-RAY DIFFRACTIONH-BOND OR METAL COORDINATION (A)
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN BOND (A**2)
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN ANGLE (A**2)
X-RAY DIFFRACTIONSIDE-CHAIN BOND (A**2)
X-RAY DIFFRACTIONSIDE-CHAIN ANGLE (A**2)
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 69 -
Rwork0.366 1598 -
obs--99.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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