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- PDB-5uem: Crystal structure of 354NC37 Fab in complex with HIV-1 clade AE s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uem
タイトルCrystal structure of 354NC37 Fab in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057 gp120
要素
  • 354NC37 Fab Heavy Chain
  • 354NC37 Fab Light Chain
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / Envelope Protein / Antibody / Immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sievers, S.A. / Gristick, H.B. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2017
タイトル: Coexistence of potent HIV-1 broadly neutralizing antibodies and antibody-sensitive viruses in a viremic controller.
著者: Freund, N.T. / Wang, H. / Scharf, L. / Nogueira, L. / Horwitz, J.A. / Bar-On, Y. / Golijanin, J. / Sievers, S.A. / Sok, D. / Cai, H. / Cesar Lorenzi, J.C. / Halper-Stromberg, A. / Toth, I. / ...著者: Freund, N.T. / Wang, H. / Scharf, L. / Nogueira, L. / Horwitz, J.A. / Bar-On, Y. / Golijanin, J. / Sievers, S.A. / Sok, D. / Cai, H. / Cesar Lorenzi, J.C. / Halper-Stromberg, A. / Toth, I. / Piechocka-Trocha, A. / Gristick, H.B. / van Gils, M.J. / Sanders, R.W. / Wang, L.X. / Seaman, M.S. / Burton, D.R. / Gazumyan, A. / Walker, B.D. / West, A.P. / Bjorkman, P.J. / Nussenzweig, M.C.
履歴
登録2017年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: 354NC37 Fab Heavy Chain
L: 354NC37 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,20913
ポリマ－88,0733
非ポリマー4,13610
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10630 Å2
ΔGint44 kcal/mol
Surface area34740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)63.635, 67.507, 210.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 G

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 40204.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 354NC37 Fab Heavy Chain


分子量: 24704.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 354NC37 Fab Light Chain


分子量: 23163.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 9分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 71分子

#8: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% (w/v) PEG 10,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→35.743 Å / Num. obs: 27104 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / CC1/2: 0.83 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U7Y

3u7y


解像度: 2.7→35.743 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 1431 5.57 %
Rwork0.2198 --
obs0.2223 25671 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→35.743 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5955 0 271 70 6296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.618754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2073792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041096
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.79650.34421360.29142363X-RAY DIFFRACTION100
2.7965-2.90840.30841340.29032398X-RAY DIFFRACTION100
2.9084-3.04070.30461380.27292391X-RAY DIFFRACTION100
3.0407-3.20090.25791520.26192401X-RAY DIFFRACTION100
3.2009-3.40130.29641350.23242383X-RAY DIFFRACTION100
3.4013-3.66370.28611500.22132378X-RAY DIFFRACTION100
3.6637-4.03190.2761480.20052445X-RAY DIFFRACTION100
4.0319-4.61430.22381400.17532431X-RAY DIFFRACTION100
4.6143-5.80950.22071440.18692478X-RAY DIFFRACTION100
5.8095-35.74570.26391540.2222572X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0736-0.3578-0.15051.62540.271.6638-0.1829-0.1517-0.24530.04530.08490.37860.4039-0.3810.14970.3652-0.0650.02470.33290.00180.327916.7178-31.3977-43.2393
20.66220.5268-0.51112.1411-0.3591.4305-0.149-0.0066-0.0755-0.1530.06550.07530.198-0.05540.00310.20540.0225-0.00980.2626-0.02460.198519.591-19.8237-42.184
32.5831-0.69640.83950.68070.82552.4086-0.10450.24960.2741-0.16310.03920.2825-0.4557-0.73260.12920.35020.0707-0.06680.2808-0.03250.378211.3505-1.4853-48.0844
40.94530.5101-0.48311.4574-0.5831.1717-0.09920.040.0984-0.1041-0.00250.1585-0.0682-0.19110.12220.2650.0639-0.05490.269-0.05870.244619.9552-5.7486-43.1139
53.02670.9334-0.15452.8920.36563.55630.07930.10710.2310.0346-0.2229-0.0622-0.3477-0.07520.1570.23090.0224-0.0150.19160.01910.164241.1146-1.0672-28.9899
62.68971.63131.86141.58771.80942.5240.14930.0160.09330.1395-0.083-0.0750.24090.07560.00860.28430.02120.02280.24010.03970.286149.1918-1.3351-15.1442
73.16511.3042-1.42813.7244-0.93013.95870.1668-0.0232-0.0167-0.13620.1549-0.0106-0.06330.3121-0.25920.2801-0.0384-0.06770.19940.01270.479666.34048.0321-4.1062
83.7088-0.12722.81142.62750.00443.8191-0.3138-0.5799-0.08370.47820.07920.4453-0.2164-0.81070.11150.3164-0.06220.06390.5005-0.00010.238234.0706-12.6561-4.8497
91.4130.5969-1.5083.0426-1.02252.8335-0.111-0.3744-0.1817-0.1564-0.2578-0.248-0.01840.21640.20920.3025-0.045-0.01080.24980.01220.140741.5748-13.4887-15.1101
107.41110.4320.28071.3941-1.33243.4768-0.039-0.0111-0.8746-0.3796-0.1514-0.11050.92860.28660.29390.412-0.02560.04970.1392-0.00230.265940.9014-23.4062-14.2102
111.6901-0.07581.45881.95990.39732.05950.099-0.1423-0.25870.2870.10550.05150.4447-0.4313-0.22780.3091-0.09430.05470.310.00620.212738.8714-16.7659-7.8904
120.55861.0878-0.14032.18620.05670.6501-0.1045-0.59850.03770.3933-0.1203-0.1234-0.1637-0.69760.33960.16660.05930.0560.2656-0.0140.23242.9255-6.8247-2.2983
131.9454-0.3854-0.7621.68141.23762.26220.327-0.10810.4917-0.0187-0.0378-0.302-0.3742-0.027-0.2870.27740.0199-0.03570.2929-0.00530.528554.814911.85666.5429
141.2677-1.2424-0.06932.2462-0.59250.69050.2802-0.4085-0.0695-0.5772-0.09680.5042-0.15970.2461-0.13530.2946-0.0379-0.01720.43070.12530.518448.684410.55851.8571
152.40450.63620.9958.4928-0.32325.99120.3087-0.2701-0.30550.2305-0.1243-0.86131.14370.4587-0.45770.3197-0.0202-0.22440.2546-0.00940.184855.8997-5.61723.1908
163.75220.77340.08597.00441.48961.76470.1976-0.01580.75460.4227-0.1291-0.1606-0.3194-0.1207-0.12520.28190.03790.00210.3007-0.03570.450152.480315.695110.8753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 44 through 98 )
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12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 92 through 115 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 116 through 152 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 153 through 165 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 166 through 176 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 177 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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