PDB-5ude: Crystal Structure of RSV F B9320 DS-Cav1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ude

タイトル

Crystal Structure of RSV F B9320 DS-Cav1

要素

Fusion glycoprotein F0

キーワード

VIRAL PROTEIN / fusion glycoprotein / virus

機能・相同性

Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0

機能・相同性情報

生物種

Human Respiratory syncytial virus 9320 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.001 Å

データ登録者

McLellan, J.S.

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2017
タイトル: A highly potent extended half-life antibody as a potential RSV vaccine surrogate for all infants.
著者: Zhu, Q. / McLellan, J.S. / Kallewaard, N.L. / Ulbrandt, N.D. / Palaszynski, S. / Zhang, J. / Moldt, B. / Khan, A. / Svabek, C. / McAuliffe, J.M. / Wrapp, D. / Patel, N.K. / Cook, K.E. / ...

履歴

登録	2016年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ude.cif.gz	190.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ude.ent.gz	150.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ude.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ude_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ude_full_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示
XML形式データ	5ude_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	5ude_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ude ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ude	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5udcC 5uddC 4mmsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k6b-1 4mms-d 5k6h-1 6ead-1 5k6c-1 5k6g-1 20583 5k6f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

F: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

63.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
191 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.430, 170.430, 170.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	Fusion glycoprotein F0 分子量: 63406.281 Da / 分子数: 1 / 変異: S155C, S190F, V207L, S290C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human Respiratory syncytial virus 9320 (ウイルス) プラスミド: paH / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6V2E7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% w/v PEG1500, 0.1 M Tris pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→42.61 Å / Num. obs: 17606 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 56.962 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.209 / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 99952 / Scaling rejects: 4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
3-3.21	5.6	0.972	3118	0.659	1	100
8.49-42.61	5.1	0.05		0.997	1	95.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.3.6	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MMS

4mms

解像度: 3.001→42.608 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.71

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2338	844	4.86 %	Random
R_work	0.1926	-	-	-
obs	0.1946	17376	99.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 172.54 Å² / B_iso mean: 55.3035 Å² / B_iso min: 20.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.001→42.608 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3447	0	5	0	3452
B_iso mean	-	-	82.43	-	-
残基数	-	-	-	-	444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3509
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.781	4762
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	595
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.836	2131

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0006-3.1886	0.3047	157	0.2995	2694	2851	100
3.1886-3.4347	0.2771	141	0.2328	2704	2845	100
3.4347-3.7801	0.2513	134	0.2101	2743	2877	100
3.7801-4.3267	0.1948	139	0.1646	2732	2871	100
4.3267-5.4494	0.201	126	0.1517	2787	2913	99
5.4494-42.6118	0.2303	147	0.1891	2872	3019	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9997	-0.6314	-0.7226	5.3379	3.6489	4.1338	-0.0719	-0.0635	-0.2094	0.6169	0.0067	0.3384	0.6767	-0.2162	0.1504	0.3017	-0.0097	-0.0095	0.2183	0.0624	0.3382	3.4281	-0.8006	26.0729
2	5.0078	3.3804	-2.651	3.5625	-0.9502	2.0668	-0.1867	1.1838	0.7315	0.0742	0.0483	-0.1206	-0.2264	-0.0496	0.0579	0.8785	0.3184	-0.0317	0.9132	-0.1971	1.2485	8.1655	-24.239	-17.921
3	7.4394	-1.8575	-2.9225	0.4719	0.7453	1.175	-0.1007	-0.4478	-0.4192	0.1949	0.1551	-0.1475	0.2631	-0.0371	-0.0422	1.2705	-0.0233	0.156	1.8445	0.4016	1.2335	-1.5784	-21.7978	-28.2936
4	6.5833	-3.479	1.2975	5.7253	-2.5203	6.4325	0.3131	0.6457	-0.2113	-0.178	-0.1815	0.0074	-0.0939	0.4372	-0.1978	0.5605	-0.1363	0.0732	0.4172	-0.1561	0.4143	4.8744	-14.9246	-13.3841
5	4.3869	2.3051	1.4043	1.2485	1.1408	4.958	0.0397	0.4651	-0.8628	-0.431	0.333	-0.4682	0.4386	0.4686	-0.3297	0.4689	0.1185	-0.0629	0.3542	0.0475	0.5807	16.9012	-16.4736	9.6425
6	3.5904	-2.1526	-1.0057	2.6252	0.0063	3.8345	-0.0719	-0.205	-1.4789	-0.0252	-0.0163	0.2337	1.131	0.0261	0.1503	0.8611	-0.0754	-0.1309	0.3217	0.0688	0.7906	6.888	-26.6291	9.3695
7	1.5749	0.3479	0.9473	1.799	-0.74	1.3331	0.1087	0.7092	-0.7879	-0.6114	-0.1486	0.1053	0.6163	-0.2007	-0.4054	1.0744	-0.1369	-0.3849	0.6843	-0.458	0.8428	-5.228	-24.9005	-15.5942
8	1.1328	0.2784	0.3326	2.6303	2.5164	3.2202	-0.0824	0.0618	-0.3143	-0.1445	0.1544	0.2645	0.2765	-0.1365	-0.0334	0.3607	-0.0413	-0.077	0.2452	0.0151	0.393	3.707	-10.118	13.8125
9	2.772	0.9394	-0.1444	3.8174	2.6609	2.7332	0.1089	0.0159	0.0982	-0.7429	0.011	0.1455	-0.0896	-0.2377	-0.1218	0.2443	0.0014	-0.0129	0.3041	0.1104	0.2255	9.1283	10.7059	28.8199
10	2.8225	-1.0764	0.9631	2.0794	-0.6063	2.0783	-0.0626	-0.1403	0.2178	0.3146	0.049	-0.1767	-0.1187	0.0921	0.0127	0.3079	0.021	0.0125	0.2536	-0.0567	0.2633	5.812	23.1255	33.4757

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 26 through 62 )	F	26 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 63 through 67 )	F	63 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 68 through 73 )	F	68 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 74 through 99 )	F	74 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'F' and (resid 138 through 171 )	F	138 - 171
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 172 through 194 )	F	172 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'F' and (resid 195 through 227 )	F	195 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'F' and (resid 228 through 321 )	F	228 - 321
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'F' and (resid 322 through 376 )	F	322 - 376
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'F' and (resid 377 through 506 )	F	377 - 506

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