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- PDB-5udd: Crystal Structure of RSV F B9320 Bound to MEDI8897 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5udd
タイトルCrystal Structure of RSV F B9320 Bound to MEDI8897
要素
  • Fusion glycoprotein F0
  • MEDI8897 Fab Heavy Chain
  • MEDI8897 Fab Light Chain
キーワードViral Protein/Immune System / immune system / antibody / fusion glycoprotein / virus / Viral Protein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human Respiratory syncytial virus 9320 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者McLellan, J.S.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2017
タイトル: A highly potent extended half-life antibody as a potential RSV vaccine surrogate for all infants.
著者: Zhu, Q. / McLellan, J.S. / Kallewaard, N.L. / Ulbrandt, N.D. / Palaszynski, S. / Zhang, J. / Moldt, B. / Khan, A. / Svabek, C. / McAuliffe, J.M. / Wrapp, D. / Patel, N.K. / Cook, K.E. / ...著者: Zhu, Q. / McLellan, J.S. / Kallewaard, N.L. / Ulbrandt, N.D. / Palaszynski, S. / Zhang, J. / Moldt, B. / Khan, A. / Svabek, C. / McAuliffe, J.M. / Wrapp, D. / Patel, N.K. / Cook, K.E. / Richter, B.W.M. / Ryan, P.C. / Yuan, A.Q. / Suzich, J.A.
履歴
登録2016年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
D: Fusion glycoprotein F0
E: Fusion glycoprotein F0
F: Fusion glycoprotein F0
G: Fusion glycoprotein F0
H: Fusion glycoprotein F0
I: Fusion glycoprotein F0
J: MEDI8897 Fab Heavy Chain
K: MEDI8897 Fab Heavy Chain
L: MEDI8897 Fab Heavy Chain
M: MEDI8897 Fab Heavy Chain
N: MEDI8897 Fab Heavy Chain
O: MEDI8897 Fab Heavy Chain
P: MEDI8897 Fab Light Chain
Q: MEDI8897 Fab Light Chain
R: MEDI8897 Fab Light Chain
S: MEDI8897 Fab Light Chain
T: MEDI8897 Fab Light Chain
U: MEDI8897 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)856,99536
ポリマ－855,55421
非ポリマー1,44115
水00
1
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
J: MEDI8897 Fab Heavy Chain
K: MEDI8897 Fab Heavy Chain
P: MEDI8897 Fab Light Chain
Q: MEDI8897 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,95315
ポリマ－285,1857
非ポリマー7698
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Fusion glycoprotein F0
E: Fusion glycoprotein F0
F: Fusion glycoprotein F0
L: MEDI8897 Fab Heavy Chain
M: MEDI8897 Fab Heavy Chain
R: MEDI8897 Fab Light Chain
S: MEDI8897 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,47310
ポリマ－285,1857
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Fusion glycoprotein F0
H: Fusion glycoprotein F0
I: Fusion glycoprotein F0
N: MEDI8897 Fab Heavy Chain
O: MEDI8897 Fab Heavy Chain
T: MEDI8897 Fab Light Chain
U: MEDI8897 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,56911
ポリマ－285,1857
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)229.020, 229.020, 343.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain P and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))
21(chain Q and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))
31(chain R and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))
41(chain S and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))
51(chain T and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))
61chain U
12(chain J and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))
22(chain K and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))
32(chain L and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))
42(chain M and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))
52(chain N and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))
62chain O
13(chain A and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))
23(chain B and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))
33(chain C and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))
43(chain D and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))
53(chain E and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))
63(chain F and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))
73(chain G and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))
83(chain H and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))
93(chain I and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPLYSLYS(chain P and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))PP1 - 1071 - 107
121ALAALAARGARG(chain P and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))PP111 - 211111 - 211
211ASPASPLYSLYS(chain Q and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))QQ1 - 1071 - 107
221ALAALAARGARG(chain Q and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))QQ111 - 211111 - 211
311ASPASPLYSLYS(chain R and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))RR1 - 1071 - 107
321ALAALAARGARG(chain R and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))RR111 - 211111 - 211
411ASPASPLYSLYS(chain S and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))SS1 - 1071 - 107
421ALAALAARGARG(chain S and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))SS111 - 211111 - 211
511ASPASPLYSLYS(chain T and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))TT1 - 1071 - 107
521ALAALAARGARG(chain T and (resid 1 through 107 or resid 111 through 211))TT111 - 211111 - 211
611ASPASPARGARGchain UUU1 - 2111 - 211
112GLNGLNSERSER(chain J and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))JJ1 - 1131 - 126
122THRTHRPROPRO(chain J and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))JJ116 - 126129 - 139
132THRTHRPROPRO(chain J and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))JJ135 - 213148 - 226
212GLNGLNSERSER(chain K and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))KK1 - 1131 - 126
222THRTHRPROPRO(chain K and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))KK116 - 126129 - 139
232THRTHRPROPRO(chain K and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))KK135 - 213148 - 226
312GLNGLNSERSER(chain L and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))LL1 - 1131 - 126
322THRTHRPROPRO(chain L and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))LL116 - 126129 - 139
332THRTHRPROPRO(chain L and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))LL135 - 213148 - 226
412GLNGLNSERSER(chain M and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))MM1 - 1131 - 126
422THRTHRPROPRO(chain M and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))MM116 - 126129 - 139
432THRTHRPROPRO(chain M and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))MM135 - 213148 - 226
512GLNGLNSERSER(chain N and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))NN1 - 1131 - 126
522THRTHRPROPRO(chain N and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))NN116 - 126129 - 139
532THRTHRPROPRO(chain N and (resid 1 through 113 or resid 116 through 126 or resid 135 through 213))NN135 - 213148 - 226
612GLNGLNPROPROchain OOO1 - 2131 - 226
113ASNASNTHRTHR(chain A and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))AA27 - 9727 - 97
123LEULEULEULEU(chain A and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))AA138 - 512138 - 512
213ASNASNTHRTHR(chain B and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))BB27 - 9727 - 97
223LEULEULEULEU(chain B and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))BB138 - 512138 - 512
313ASNASNTHRTHR(chain C and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))CC27 - 9727 - 97
323LEULEULEULEU(chain C and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))CC138 - 512138 - 512
413ASNASNTHRTHR(chain D and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))DD27 - 9727 - 97
423LEULEULEULEU(chain D and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))DD138 - 512138 - 512
513ASNASNTHRTHR(chain E and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))EE27 - 9727 - 97
523LEULEULEULEU(chain E and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))EE138 - 512138 - 512
613ASNASNTHRTHR(chain F and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))FF27 - 9727 - 97
623LEULEULEULEU(chain F and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))FF138 - 512138 - 512
713ASNASNTHRTHR(chain G and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))GG27 - 9727 - 97
723LEULEULEULEU(chain G and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))GG138 - 512138 - 512
813ASNASNTHRTHR(chain H and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))HH27 - 9727 - 97
823LEULEULEULEU(chain H and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))HH138 - 512138 - 512
913ASNASNTHRTHR(chain I and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))II27 - 9727 - 97
923LEULEULEULEU(chain I and (resid 27 through 97 or resid 138 through 512))II138 - 512138 - 512

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Fusion glycoprotein F0


分子量: 63406.281 Da / 分子数: 9 / 変異: S155C, S290C, S190F, V207L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human Respiratory syncytial virus 9320 (ウイルス)
プラスミド: paH / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6V2E7
#2: 抗体
MEDI8897 Fab Heavy Chain


分子量: 24157.061 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
MEDI8897 Fab Light Chain


分子量: 23325.865 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 1.4 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→46.311 Å / Num. obs: 71246 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 91.02 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.567 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Diffraction-ID% possible all
4.3-4.47.51.3766620.6271100
20.62-46.315.30.0790.997190

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UDE

5ude


解像度: 4.3→46.311 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.49
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2945 3459 4.86 %Random
Rwork0.2365 ---
obs0.2393 71119 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 248.06 Å2 / Biso mean: 101.7324 Å2 / Biso min: 56.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.3→46.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数51126 0 75 0 51201
Biso mean--128.88 --
残基数----6648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00952169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79870938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0498399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.44431484
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11P5970X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
12Q5970X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
13R5970X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
14S5970X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
15T5970X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
16U5970X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
21J5986X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
22K5986X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
23L5986X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
24M5986X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
25N5986X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
26O5986X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
31A19372X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
32B19372X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
33C19372X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
34D19372X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
35E19372X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
36F19372X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
37G19372X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
38H19372X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
39I19372X-RAY DIFFRACTION10.213TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.3001-4.35890.34871500.283226372787100
4.3589-4.42120.3271140.280726612775100
4.4212-4.48710.32041550.271627062861100
4.4871-4.55720.28161280.253926662794100
4.5572-4.63180.31211630.252226412804100
4.6318-4.71160.29151560.250626532809100
4.7116-4.79720.29031170.244327322849100
4.7972-4.88940.31111500.248526632813100
4.8894-4.98910.31321440.251726792823100
4.9891-5.09740.28221280.256927262854100
5.0974-5.21580.28861200.253826952815100
5.2158-5.34610.3051360.255826752811100
5.3461-5.49040.32211490.265926782827100
5.4904-5.65170.30321090.268127352844100
5.6517-5.83380.39531660.269327042870100
5.8338-6.04190.32191210.280126882809100
6.0419-6.28320.32121350.265227082843100
6.2832-6.56840.34441260.247627392865100
6.5684-6.91360.32311300.241427132843100
6.9136-7.34520.31011630.247127012864100
7.3452-7.90980.30811390.218227232862100
7.9098-8.7010.24471630.185527072870100
8.701-9.94920.19961180.160528072925100
9.9492-12.4940.18921350.15512778291399
12.494-46.31320.3241440.24212845298998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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142.81180.0372-0.42441.5488-1.30533.2806-0.36950.4340.27941.2239-0.7682-0.4281-1.75313.88140.59290.7038-0.3019-0.19382.56190.31440.796434.48-71.94115.217
152.095-1.59460.77654.50890.29570.33980.40750.59530.52021.3387-1.1344-1.2056-0.69161.65180.67281.6177-0.9983-0.22072.69560.23971.591559.18-48.80311.954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 26:513 ) OR ( CHAIN C AND RESID 27:514 ) OR ( CHAIN B AND RESID 26:515 )A26 - 513
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 26:513 ) OR ( CHAIN C AND RESID 27:514 ) OR ( CHAIN B AND RESID 26:515 )C27 - 514
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 26:513 ) OR ( CHAIN C AND RESID 27:514 ) OR ( CHAIN B AND RESID 26:515 )B26 - 515
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN E AND RESID 26:514 ) OR ( CHAIN D AND RESID 26:513 ) OR ( CHAIN F AND RESID 26:513 )E26 - 514
5X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN E AND RESID 26:514 ) OR ( CHAIN D AND RESID 26:513 ) OR ( CHAIN F AND RESID 26:513 )D26 - 513
6X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN E AND RESID 26:514 ) OR ( CHAIN D AND RESID 26:513 ) OR ( CHAIN F AND RESID 26:513 )F26 - 513
7X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN I AND RESID 26:512 ) OR ( CHAIN H AND RESID 27:515 ) OR ( CHAIN G AND RESID 27:513 )I26 - 512
8X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN I AND RESID 26:512 ) OR ( CHAIN H AND RESID 27:515 ) OR ( CHAIN G AND RESID 27:513 )H27 - 515
9X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN I AND RESID 26:512 ) OR ( CHAIN H AND RESID 27:515 ) OR ( CHAIN G AND RESID 27:513 )G27 - 513
10X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN P AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN J AND RESID 1:114 )P1 - 109
11X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN P AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN J AND RESID 1:114 )J1 - 114
12X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN P AND RESID 110:212 ) OR ( CHAIN J AND RESID 115:215 )P110 - 212
13X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN P AND RESID 110:212 ) OR ( CHAIN J AND RESID 115:215 )J115 - 215
14X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN Q AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN K AND RESID 1:114 )Q1 - 109
15X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN Q AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN K AND RESID 1:114 )K1 - 114
16X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN Q AND RESID 110:211 ) OR ( CHAIN K AND RESID 115:213 )Q110 - 211
17X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN Q AND RESID 110:211 ) OR ( CHAIN K AND RESID 115:213 )K115 - 213
18X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN R AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:114 )R1 - 109
19X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN R AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:114 )L1 - 114
20X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN R AND RESID 110:211 ) OR ( CHAIN L AND RESID 115:213 )R110 - 211
21X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN R AND RESID 110:211 ) OR ( CHAIN L AND RESID 115:213 )L115 - 213
22X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN S AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN M AND RESID 1:114 )S1 - 109
23X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN S AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN M AND RESID 1:114 )M1 - 114
24X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN S AND RESID 110:211 ) OR ( CHAIN M AND RESID 115:213 )S110 - 211
25X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN S AND RESID 110:211 ) OR ( CHAIN M AND RESID 115:213 )M115 - 213
26X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN T AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN N AND RESID 1:114 )T1 - 109
27X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN T AND RESID 1:109 ) OR ( CHAIN N AND RESID 1:114 )N1 - 114
28X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN T AND RESID 110:211 ) OR ( CHAIN N AND RESID 115:213 )T110 - 211
29X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN T AND RESID 110:211 ) OR ( CHAIN N AND RESID 115:213 )N115 - 213
30X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN U AND RESID 1:107 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:113 )U1 - 107
31X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN U AND RESID 1:107 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:113 )O1 - 113
32X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN U AND RESID 111:211 ) OR ( CHAIN O AND RESID 116:213 )U111 - 211
33X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN U AND RESID 111:211 ) OR ( CHAIN O AND RESID 116:213 )O116 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る