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- PDB-5ud3: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase H180Q variant of Heli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ud3
タイトルClass II fructose-1,6-bisphosphate aldolase H180Q variant of Helicobacter pylori with FBP
要素Fructose-bisphosphate aldolase
キーワードLYASE / Glycolysis / Metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphate aldolase, class 2 / : / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 1. / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 2. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-D-fructose / Fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Jacques, B. / Sygusch, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases.
著者: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J.
履歴
登録2016年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase
B: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,56910
ポリマ－67,5822
非ポリマー9888
水13,097727
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.480, 64.904, 62.706
Angle α, β, γ (deg.)82.10, 74.17, 75.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Fructose-bisphosphate aldolase / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase


分子量: 33790.797 Da / 分子数: 2 / 変異: H180Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56109, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-P6F / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / D-フルクト-ス1,6-ビスりん酸


分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, PEG 1000, Calcium acetate, Tris-Acetic acid buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→37.073 Å / Num. obs: 97445 / % possible obs: 88.71 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.05205 / Net I/σ(I): 8.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C4U

3c4u


解像度: 1.44→37.073 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 17.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1643 3820 4.11 %
Rwork0.1345 --
obs0.1357 93003 88.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→37.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4534 0 46 727 5307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8686499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0981815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067715
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.45820.2188840.20192326X-RAY DIFFRACTION62
1.4582-1.47740.24691360.1892452X-RAY DIFFRACTION68
1.4774-1.49770.19211050.17752743X-RAY DIFFRACTION73
1.4977-1.51910.2261270.16972858X-RAY DIFFRACTION77
1.5191-1.54170.19761140.16552992X-RAY DIFFRACTION81
1.5417-1.56580.20451360.15623170X-RAY DIFFRACTION83
1.5658-1.59150.21141330.15163138X-RAY DIFFRACTION85
1.5915-1.61890.21081420.143199X-RAY DIFFRACTION86
1.6189-1.64840.17991390.13593262X-RAY DIFFRACTION86
1.6484-1.68010.16421500.13533257X-RAY DIFFRACTION89
1.6801-1.71440.15341170.13713346X-RAY DIFFRACTION89
1.7144-1.75160.18641570.13373364X-RAY DIFFRACTION91
1.7516-1.79240.17171550.13073352X-RAY DIFFRACTION90
1.7924-1.83720.18151280.12763404X-RAY DIFFRACTION91
1.8372-1.88690.15821490.13193436X-RAY DIFFRACTION92
1.8869-1.94240.16111650.12913454X-RAY DIFFRACTION93
1.9424-2.00510.16791510.1333490X-RAY DIFFRACTION93
2.0051-2.07680.17261440.12813513X-RAY DIFFRACTION94
2.0768-2.15990.16071630.13063561X-RAY DIFFRACTION96
2.1599-2.25820.1471570.12133521X-RAY DIFFRACTION95
2.2582-2.37720.14821420.12213562X-RAY DIFFRACTION96
2.3772-2.52610.15861590.13273616X-RAY DIFFRACTION97
2.5261-2.72110.19171580.13853588X-RAY DIFFRACTION97
2.7211-2.99490.15671490.14083641X-RAY DIFFRACTION97
2.9949-3.4280.1671630.14293607X-RAY DIFFRACTION97
3.428-4.31780.15831520.11933650X-RAY DIFFRACTION98
4.3178-37.08570.12981450.13363681X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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