PDB-5ucw: Cytochrome P411 P-4 A82L A78V F263L amination catalyst

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ucw

タイトル

Cytochrome P411 P-4 A82L A78V F263L amination catalyst

要素

NADPH-cytochrome P450 reductase 102A1V3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / engineered / C-H functionalization / nitrene transfer / P411CHA

機能・相同性

機能・相同性情報

aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus megaterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, R.K. / Buller, A.R. / Arnold, F.H.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1513007	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	S10RR027203	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DGE-1144469	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F32G110851	米国

引用

ジャーナル: Nat Chem / 年: 2017
タイトル: Enantioselective, intermolecular benzylic C-H amination catalysed by an engineered iron-haem enzyme.
著者: Prier, C.K. / Zhang, R.K. / Buller, A.R. / Brinkmann-Chen, S. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2016年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ucw.cif.gz	380.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ucw.ent.gz	311.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ucw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4wg2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yqo-2 2ij3-2 3cbd-1 4h24-3 4o4p-2 4h23-1 1smi-2 2x7y-1 4kew-1 2uwh-3 2nnb-2 1fag-4 2uwh-5 4h23-2 3ekb-1 3dgi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (16) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADPH-cytochrome P450 reductase 102A1V3

B: NADPH-cytochrome P450 reductase 102A1V3

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
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1

A: NADPH-cytochrome P450 reductase 102A1V3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: NADPH-cytochrome P450 reductase 102A1V3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.864, 126.956, 62.567
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	NADPH-cytochrome P450 reductase 102A1V3 分子量: 54006.609 Da / 分子数: 2 変異: A82L,F87A,P142S,T175I,A184V,S226R,H236Q,E252G,I263L,T268G,A290V,A328V,L353V,I366V,C400S,T438S,E442K 由来タイプ: 組換発現詳細: Due to the extensive engineering performed to obtain this catalyst, We created a simplified name for the catalyst. The mutation details are explained in the publication 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2Q7T0, UniProt: P14779*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M Bis-tris pH 5.0, 13% PEG 3350, 0.2 M NaHCOO, 22 mg/ml protein PH範囲: 4.0-5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 108841 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC_1/2: 0.593 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WG2

4wg2

解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 5.835 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22324	5400	5 %	RANDOM
R_work	0.18919	-	-	-
obs	0.19094	103324	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7152	0	86	377	7615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	7521
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.983	10227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.778	3	16402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.617	5	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.919	24.814	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.8	15	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.734	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	8586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.515	2.52	3675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.515	2.52	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.279	3.762	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.279	3.763	4607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.167	2.755	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.166	2.755	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.494	4.028	5621
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.3	20.746	8961
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.276	20.495	8841
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	405	-
R_work	0.344	7555	-
obs	-	-	99.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7793	0.4198	-0.377	0.6968	-0.0477	0.3802	-0.051	0.0031	-0.1225	0.1522	0.0497	0.0006	0.0561	0.0627	0.0013	0.2261	-0.0542	-0.0192	0.0622	0.0075	0.0963	12.8834	9.0009	-14.2566
2	1.1282	-1.3304	-1.7565	2.1144	1.749	4.1545	-0.0365	-0.1478	0.0316	-0.0763	0.0798	-0.1609	0.0039	0.1313	-0.0433	0.2068	-0.0431	-0.0184	0.1086	0.0142	0.0843	12.9807	13.0703	-12.674
3	1.5083	0.0987	0.3222	0.0876	0.0987	0.4611	-0.0781	0.1542	0.2555	0.0351	-0.0008	-0.0112	-0.0153	0.1896	0.0789	0.2355	-0.0808	-0.0459	0.1119	0.0586	0.075	7.8874	27.6339	-27.5986
4	1.0466	0.6487	0.3775	0.6744	-0.0043	0.3537	-0.0467	-0.0022	0.0409	0.0268	-0.0348	-0.0277	-0.0529	0.0122	0.0815	0.2053	-0.0164	0.0031	0.0471	-0.0157	0.0784	-18.3832	17.5131	-36.0663
5	3.2159	-2.0448	3.6343	3.9215	-1.8419	4.1939	0.3651	-0.0167	-0.3689	-0.1255	0.0477	0.3031	0.4295	-0.0021	-0.4128	0.1715	0.0079	-0.0305	0.0671	0.0317	0.1219	7.5107	6.0662	-34.6755
6	7.9982	-7.3886	6.5506	9.5481	-7.2875	6.6428	0.2108	0.6508	-0.41	-0.2361	-0.0068	0.1621	0.0666	0.2093	-0.2041	0.184	-0.0257	-0.0232	0.2303	-0.0456	0.0768	-1.3712	14.9958	-47.2418
7	1.1759	-0.48	1.0587	1.7792	-0.2269	1.8428	-0.1564	0.3034	0.1047	-0.1258	0.0495	0.1308	-0.1747	0.1022	0.107	0.2119	-0.0547	-0.0502	0.1572	0.0772	0.0817	-1.5007	29.3991	-43.5712
8	0.9662	0.1235	0.2906	0.3776	0.2608	0.2375	0.0293	-0.1193	0.0914	0.0398	-0.1001	0.0629	-0.0249	-0.0694	0.0708	0.3002	-0.0877	-0.0226	0.0915	-0.0098	0.0322	-7.1389	24.0025	-16.4534
9	0.8877	-0.5599	0.1086	0.6259	0.0866	0.1015	-0.2507	-0.2347	0.5429	0.1178	0.082	-0.2284	-0.0724	-0.0873	0.1687	0.3758	-0.0056	-0.2038	0.1433	-0.1865	0.3797	-5.2069	28.4317	-15.5812
10	1.3096	0.2832	0.5764	0.3999	-0.3078	0.8201	-0.0069	-0.162	0.0217	0.1467	-0.0493	-0.0052	-0.1613	-0.0625	0.0561	0.2105	-0.021	0.0435	0.0475	-0.0423	0.07	-18.8826	15.409	-23.3196
11	5.419	-1.7059	0.8011	2.4508	-1.0014	0.4472	0.1272	-0.3348	-0.1043	0.2317	0.1518	0.4007	-0.0148	-0.1656	-0.279	0.2835	-0.164	-0.1127	0.2389	0.2497	0.3176	-26.4065	42.7864	7.8511
12	0.396	-0.2638	0.4486	1.6176	-0.7546	1.035	0.234	-0.1328	-0.395	0.0948	-0.1252	-0.1119	0.2071	0.0553	-0.1088	0.2	-0.0661	-0.2189	0.1421	0.272	0.5983	-16.4317	47.5055	-0.933
13	1.7885	-2.0417	0.2486	4.522	0.1363	0.7474	0.0332	-0.0423	0.0081	0.0656	-0.0635	-0.3599	-0.0716	0.3374	0.0303	0.1027	-0.0247	0.039	0.2374	0.0954	0.1497	-10.6901	63.5073	-19.0974
14	0.8985	-0.7255	0.6413	0.6962	-0.3121	0.8886	-0.0114	-0.063	-0.0888	-0.0237	0.0209	0.083	-0.0972	-0.0396	-0.0094	0.1707	-0.0173	0.0356	0.0923	0.0387	0.0801	-33.5113	72.5188	-16.9793
15	1.3988	0.1707	0.1075	1.0259	-0.7962	0.9177	0.1732	0.0385	-0.2283	-0.1574	-0.0726	0.0936	0.1935	0.1438	-0.1006	0.1693	0.0218	-0.0091	0.0742	0.0414	0.1376	-25.3925	52.4762	-20.4524
16	1.3225	-0.0477	-0.0138	1.4348	-0.3282	0.5179	-0.0494	-0.2043	0.0262	0.2132	-0.0087	-0.1829	-0.0945	0.0365	0.058	0.2321	-0.0629	-0.0149	0.1061	0.0212	0.0396	-22.6931	79.3766	-3.4825
17	1.2074	-1.0157	0.9549	1.7051	-0.3465	1.0887	0.1287	-0.2427	-0.1144	0.0595	-0.0436	-0.1494	0.009	-0.2111	-0.0851	0.3239	-0.2129	-0.1633	0.3932	0.2975	0.2303	-15.6631	58.5351	5.2273
18	0.4546	-0.5028	0.4021	1.5224	-0.5606	0.571	0.0353	-0.0831	0.0329	0.2145	-0.1504	-0.1901	-0.1398	0.1248	0.1151	0.2306	-0.1327	-0.0228	0.2516	0.1186	0.0835	-17.7854	70.6165	-4.7208
19	3.0655	-3.5796	-1.2877	6.2704	2.3385	1.5413	0.2618	-0.0587	-0.239	0.0886	-0.2759	0.2232	-0.0948	-0.1932	0.0142	0.1987	-0.0227	0.0397	0.1777	0.0824	0.0851	-35.1856	64.3032	0.0781
20	2.2051	-0.5669	0.4999	4.2074	-2.3884	1.3709	-0.1141	-0.2242	0.3487	0.0528	0.119	0.0677	-0.034	-0.0863	-0.0049	0.2418	-0.0031	0.0489	0.0617	-0.0373	0.0799	-34.7261	83.4325	-8.6094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 110
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	111 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	174 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	204 - 224
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	225 - 267
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	268 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	373 - 403
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	404 - 455
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 29
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	30 - 91
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	92 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	121 - 172
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	173 - 266
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	267 - 312
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	313 - 379
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	380 - 424
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	425 - 442
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	443 - 458

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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