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- PDB-5uco: Benzophenone synthase from Hypericum androsaemum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uco
タイトルBenzophenone synthase from Hypericum androsaemum
要素2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase
キーワードTRANSFERASE / thiolase / polyketide / benzoyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3',4,6-tetrahydroxybenzophenone synthase / 2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase / tetrahydroxybenzophenone synthase activity / trihydroxybenzophenone synthase activity / benzoyl-CoA metabolic process / malonyl-CoA metabolic process / biosynthetic process / acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Hypericum androsaemum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Stewart Jr, C.E. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Molecular architectures of benzoic acid-specific type III polyketide synthases.
著者: Stewart, C. / Woods, K. / Macias, G. / Allan, A.C. / Hellens, R.P. / Noel, J.P.
履歴
登録2016年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase
B: 2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0362
ポリマ－86,0362
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.890, 121.780, 184.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 2,4,6-trihydroxybenzophenone synthase / 2 / 3' / 4 / 6-tetrahydroxybenzophenone synthase / Benzophenone synthase / HaBPS


分子量: 43017.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: codon optimized for E.coli expression, His-tag removed after purification
由来: (組換発現) Hypericum androsaemum (植物) / 遺伝子: BPS / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8SAS8, 2,3',4,6-tetrahydroxybenzophenone synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Reservoir: PIPES (pH 6.5) 100mM, PEG8000 18%; ratio of protein to reservoir = 1:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→184.97 Å / Num. all: 18840 / Num. obs: 18840 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.294 / Rsym value: 0.253 / Net I/av σ(I): 2.2 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 65535
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.85-32.40.4981.4185.5
3-3.192.40.3731.9184.1
3.19-3.412.40.2942.3184.2
3.41-3.682.40.2113.2183
3.68-4.032.40.1684183.4
4.03-4.514.30.3051.8182.2
4.51-5.24.50.232.6181.6
5.2-6.374.90.2482.4182.5
6.37-9.017.30.2622.41100
9.01-46.2426.90.1753.2199.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BI5

1bi5


解像度: 2.85→46.242 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 1881 10 %
Rwork0.2011 --
obs0.207 18809 84.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.38 Å2 / Biso mean: 15.6359 Å2 / Biso min: 2.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→46.242 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5748 0 0 45 5793
Biso mean---10.34 -
残基数----754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6517926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0152130
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.85-2.9270.32971440.24591290143485
2.927-3.01320.36231400.25141270141085
3.0132-3.11040.28941430.24821279142284
3.1104-3.22150.29591410.23271274141583
3.2215-3.35050.3081400.22121258139883
3.3505-3.50290.28381420.21331280142283
3.5029-3.68750.24051400.20391265140583
3.6875-3.91850.25511410.19011258139983
3.9185-4.22080.23841400.17971261140182
4.2208-4.64520.21191390.15931261140081
4.6452-5.31650.21651400.16381250139081
5.3165-6.6950.26621480.20951344149285
6.695-46.24860.21051830.18316381821100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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