PDB-5ucn: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase E142A variant of Heli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ucn

タイトル

Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase E142A variant of Helicobacter pylori with DHAP

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE / Glycolysis / Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

tagatose-bisphosphate aldolase activity / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Jacques, B. / Sygusch, J.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases.
著者: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J.

履歴

登録	2016年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ucn.cif.gz	338.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ucn.ent.gz	281.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ucn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ucn_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ucn_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
XML形式データ	5ucn_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	5ucn_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uckC 5ucpC 5ucsC 5uczC 5ud0C 5ud1C 5ud2C 5ud3C 5ud4C 5vjdC 5vjeC 5vjfC 3c4uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ud4-d 5ucz-d 3n9r-4 5ud2-d 5uck-d 5ud1-d 5ucp-d 1x7d-d 5vjf-d 4blu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.308, 62.612, 64.507
Angle α, β, γ (deg.)	82.17, 75.88, 74.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase 分子量: 33742.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56109, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, PEG 1000, Calcium acetate, Tris-Acetic acid buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→45 Å / Num. obs: 58107 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 14 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.67→1.73 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / % possible all: 39.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3C4U

3c4u

解像度: 1.67→44.98 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 25.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	2678	5.13 %
R_work	0.1714	-	-
obs	0.1733	52189	77.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→44.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4520	0	26	351	4897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4698
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	6326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4	2844
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	694
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	822

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.666-1.6963	0.4793	34	0.3435	727	X-RAY DIFFRACTION	22
1.6963-1.7289	0.4103	63	0.3494	1196	X-RAY DIFFRACTION	36
1.7289-1.7642	0.3169	76	0.3206	1497	X-RAY DIFFRACTION	45
1.7642-1.8026	0.364	112	0.2978	1792	X-RAY DIFFRACTION	54
1.8026-1.8445	0.3273	118	0.2792	2124	X-RAY DIFFRACTION	64
1.8445-1.8906	0.2804	119	0.2655	2335	X-RAY DIFFRACTION	70
1.8906-1.9417	0.3204	137	0.2436	2545	X-RAY DIFFRACTION	76
1.9417-1.9989	0.2369	133	0.2303	2744	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9989-2.0634	0.2497	161	0.213	2908	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0634-2.1371	0.2312	170	0.1919	2924	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1371-2.2227	0.2424	157	0.1681	3047	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2227-2.3239	0.2309	161	0.163	3065	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3239-2.4464	0.1868	178	0.1636	3116	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4464-2.5996	0.1908	167	0.1642	3182	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5996-2.8003	0.1808	172	0.1677	3212	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8003-3.0821	0.2471	182	0.18	3219	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0821-3.5279	0.2009	180	0.1553	3275	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5279-4.4442	0.1541	172	0.1217	3296	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4442-44.996	0.1376	186	0.1261	3307	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0534	0.0446	0.0054	0.0584	-0.0174	0.0567	-0.0342	-0.1064	0.0494	-0.0335	0.0073	0.0009	0.0124	0.0035	-0.0173	0.0814	0.0139	0.0028	0.1432	-0.0105	0.1035	-10.0261	19.3518	-22.6616
2	0.0036	0.0009	-0.0001	0.0029	0.0003	-0	0.0005	-0.0412	0.0351	-0.0014	-0.0004	-0.0076	-0.0231	-0.0345	-0	0.1165	0.0294	-0.0019	0.1854	-0.0471	0.1362	-12.463	33.8149	-15.1287
3	0.004	0.003	-0.0006	0.0023	-0.0009	0.0008	0.0095	-0.0288	0.0225	-0.0286	0.036	0.0054	-0.0217	-0.0046	-0	0.1626	-0.0066	0.0077	0.1895	-0.0387	0.1589	-4.8691	38.8807	-19.9739
4	0.0626	-0.0171	-0.0348	0.0311	0.0078	0.0197	-0.0079	-0.0035	0.0215	-0.1357	0.0434	-0.0092	-0.0257	0.0292	0.0425	0.2131	-0.082	0.0256	0.1057	0.0041	0.0938	-1.9141	28.2749	-38.7774
5	0.0545	-0.0027	0.0454	0.0398	-0.0297	0.071	-0.016	0.0488	-0.0848	0.013	0.0095	0.0066	-0.0424	0.0174	-0.0142	0.0714	0.0049	0.0087	0.0748	0.0095	0.1198	-11.6015	-4.3253	-45.3035
6	0.0034	0.001	0.0029	0.0002	0.0009	0.0034	0.022	0.0251	-0.0511	-0.0332	-0.0117	-0.017	-0.0069	0.0035	-0	0.1288	0.0179	0.0256	0.1123	-0.0208	0.1668	-9.2271	-12.4706	-59.4279
7	0.0009	0.0001	0.0012	0.0004	0	0.0013	-0.0229	0.0498	-0.007	-0.0152	-0.038	-0.0028	-0.0073	0.0102	-0	0.147	0.0213	-0.0002	0.1388	-0.0227	0.1512	-16.7767	-8.0468	-64.7114
8	0.0662	-0.0266	0.0041	0.0187	0.0004	0.0459	-0.0049	0.0259	0.0033	-0.0191	-0.0284	0.0095	-0.1243	0.0043	-0.0546	0.1967	0.0216	-0.0598	0.0838	0.0259	0.0912	-19.8797	11.322	-54.9075

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 127 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 128 through 184 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 185 through 216 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 217 through 307 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 127 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 128 through 184 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 185 through 216 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 217 through 307 )

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