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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uck | ||||||
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タイトル | Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase of Helicobacter pylori with cleavage products | ||||||
![]() | Fructose-bisphosphate aldolase | ||||||
![]() | LYASE / Glycolysis / Metalloenzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() tagatose-bisphosphate aldolase activity / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jacques, B. / Sygusch, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases. 著者: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 340.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 282.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5ucnC ![]() 5ucpC ![]() 5ucsC ![]() 5uczC ![]() 5ud0C ![]() 5ud1C ![]() 5ud2C ![]() 5ud3C ![]() 5ud4C ![]() 5vjdC ![]() 5vjeC ![]() 5vjfC ![]() 3c4uS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33800.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 391分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/13P.gif)
![](data/chem/img/G3H.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/13P.gif)
![](data/chem/img/G3H.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 1000, PEG 8000, Calcium acetate, Tris-Acetic acid buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.782→45.19 Å / Num. obs: 51940 / % possible obs: 85.29 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.0586 / Net I/σ(I): 9.02 |
反射 シェル | 解像度: 1.782→1.846 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4454 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / CC1/2: 0.783 / % possible all: 60.81 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3C4U 解像度: 1.782→45.19 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 29.79
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.782→45.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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