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- PDB-5uc7: Crystal structure of BioA / 7,8-diaminopelargonic acid aminotrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uc7
タイトルCrystal structure of BioA / 7,8-diaminopelargonic acid aminotransferase / DAPA synthase from Citrobacter rodentium, PLP complex
要素Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PLP-DEPENDENT FOLD TYPE I SUB CLASS II AMINOTRANSFERASE / BIOTIN BIOSYNTHESIS / 7 / 8-diaminopelargonic acid / DAPA / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter rodentium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.835 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of BioA / 7,8-diaminopelargonic acid aminotransferase / DAPA synthase from Citrobacter rodentium, PLP complex
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0143
ポリマ－47,7141
非ポリマー3002
水8,107450
1
A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
ヘテロ分子

A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0286
ポリマ－95,4272
非ポリマー6004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area11740 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.369, 88.306, 63.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-651-

HOH

21A-684-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / 7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / 8-diaminononanoate synthase / Diaminopelargonic acid synthase


分子量: 47713.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter rodentium (バクテリア)
株: ICC168 / 遺伝子: bioA, ROD_07751 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold
参照: UniProt: D2TPI3, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M ammonium tartrate pH 7, 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.835→51.43 Å / Num. obs: 36804 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.835→1.841 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 1718 / CC1/2: 0.661 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2481精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QJ5

1qj5


解像度: 1.835→44.153 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1984 1999 5.44 %RANDOM
Rwork0.1517 ---
obs0.1542 36737 97.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.835→44.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3342 0 20 450 3812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0183504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.414770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2761296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8353-1.88120.3171340.24692320X-RAY DIFFRACTION93
1.8812-1.93210.28411110.23451943X-RAY DIFFRACTION78
1.9321-1.98890.28151420.21442463X-RAY DIFFRACTION100
1.9889-2.05310.22821460.18282524X-RAY DIFFRACTION100
2.0531-2.12650.23341440.16452505X-RAY DIFFRACTION100
2.1265-2.21160.21681440.15032513X-RAY DIFFRACTION100
2.2116-2.31230.17211440.15242494X-RAY DIFFRACTION100
2.3123-2.43420.21451460.14932542X-RAY DIFFRACTION100
2.4342-2.58670.21041460.15492533X-RAY DIFFRACTION100
2.5867-2.78640.21931450.14562525X-RAY DIFFRACTION100
2.7864-3.06670.18841480.14682548X-RAY DIFFRACTION100
3.0667-3.51030.17181470.13792570X-RAY DIFFRACTION100
3.5103-4.4220.15791480.11842581X-RAY DIFFRACTION100
4.422-44.16580.17951540.1472677X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5556-0.4447-0.04271.0520.13590.3241-0.0045-0.0763-0.12210.05930.0081-0.04950.03880.0186-0.00210.0764-0.0036-0.00030.0970.01840.095138.453136.34774.4929
23.0791.708-2.2073.95451.36684.2093-0.1026-0.7379-0.55791.0988-0.0479-0.66440.43240.59420.14330.49830.0656-0.0580.44710.07140.286731.256638.2530.0618
31.459-0.1604-0.10580.61590.29932.62630.0292-0.5424-0.43770.5972-0.00990.22470.4554-0.1529-0.0190.4232-0.04550.10370.34770.08480.277720.568329.847625.4943
41.9323-0.2012-0.12741.286-0.77040.68660.0171-0.28240.17630.26970.0340.1635-0.1694-0.0346-0.00620.11460.00740.03760.1482-0.01540.129124.517343.070410.9545
52.6559-1.03110.19092.3849-0.48842.2294-0.0239-0.3134-0.35920.40720.0211-0.31430.25890.1162-0.00540.2176-0.008-0.05970.13610.04460.283237.42113.799211.1938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -1:109)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 110:179)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 180:276)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 277:338)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 339:429)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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