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- PDB-5ubv: ATPase domain of i-AAA protease from Myceliophthora thermophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ubv
タイトルATPase domain of i-AAA protease from Myceliophthora thermophila
要素ATPase domain of i-AAA protease
キーワードHYDROLASE / AAA+ / protease / ATPase / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent peptidase activity / metalloendopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / proteolysis / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Yme1-like, N-terminal / Peptidase, FtsH / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site ...: / Yme1-like, N-terminal / Peptidase, FtsH / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CITRIC ACID / AAA+ ATPase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Shi, H. / Glynn, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115898 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the ATPase domain of i-AAA protease from Myceliophthora thermophila
著者: Shi, H. / Glynn, S.E.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase domain of i-AAA protease
B: ATPase domain of i-AAA protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3946
ポリマ－53,2552
非ポリマー1,1394
水1,04558
1
A: ATPase domain of i-AAA protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2473
ポリマ－26,6271
非ポリマー6192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATPase domain of i-AAA protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1473
ポリマ－26,6271
非ポリマー5192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.916, 86.624, 155.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...
21(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNALAALA(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA2 - 32 - 3
12PHEPHEGLYGLY(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA5 - 105 - 10
13ASPASPVALVAL(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA12 - 2212 - 22
14PHEPHEPHEPHE(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA2424
15SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA1 - 2461 - 246
16SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA1 - 2461 - 246
17SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA1 - 2461 - 246
18SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA1 - 2461 - 246
19SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA1 - 2461 - 246
110SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA1 - 2461 - 246
111SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA1 - 2461 - 246
112SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...AA1 - 2461 - 246
21ASNASNALAALA(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2 - 32 - 3
22PHEPHEGLYGLY(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB5 - 105 - 10
23ASPASPVALVAL(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB12 - 2212 - 22
24PHEPHEPHEPHE(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2424
25ASNASNMETMET(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2 - 2452 - 245
26ASNASNMETMET(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2 - 2452 - 245
27ASNASNMETMET(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2 - 2452 - 245
28ASNASNMETMET(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2 - 2452 - 245
29ASNASNMETMET(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2 - 2452 - 245
210ASNASNMETMET(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2 - 2452 - 245
211ASNASNMETMET(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2 - 2452 - 245
212ASNASNMETMET(chain B and (resseq 2:3 or resseq 5:10 or resseq...BB2 - 2452 - 245

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要素

#1: タンパク質 ATPase domain of i-AAA protease


分子量: 26627.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2311706 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2QPI5
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.2 M Ammonium Citrate, 14% PEG 3350, 5 mM ADP, 5 mM Magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Si (111) double crystal
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 23565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 47.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 216406
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.45-2.4981.0250.7691100
2.49-2.548.60.9590.831100
2.54-2.599.10.7780.8661100
2.59-2.649.40.7140.8971100
2.64-2.79.30.5590.9191100
2.7-2.769.50.50.9421100
2.76-2.839.40.380.9611100
2.83-2.99.50.3530.971100
2.9-2.999.50.270.9821100
2.99-3.099.40.240.9861100
3.09-3.29.40.1830.9921100
3.2-3.329.40.1490.9931100
3.32-3.489.40.1170.9961100
3.48-3.669.40.0830.9981100
3.66-3.899.30.0660.9981100
3.89-4.199.30.0580.9981100
4.19-4.619.30.0540.9981100
4.61-5.289.20.0450.9991100
5.28-6.659.10.0450.9991100
6.65-508.40.02711100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155位相決定
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LV7

1lv7


解像度: 2.45→44.378 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1211 5.15 %
Rwork0.1964 --
obs0.1986 23503 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.54 Å2 / Biso mean: 60.7417 Å2 / Biso min: 25.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→44.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3646 0 73 58 3777
Biso mean--64.03 59.41 -
残基数----482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4365118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003691
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9022304
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1807X-RAY DIFFRACTION5.745TORSIONAL
12B1807X-RAY DIFFRACTION5.745TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4497-2.54770.31341280.28772423255199
2.5477-2.66370.32951360.259324062542100
2.6637-2.80410.25081390.24124432582100
2.8041-2.97970.27491340.234224262560100
2.9797-3.20970.28541220.236424662588100
3.2097-3.53260.25951460.212424772623100
3.5326-4.04350.21491280.186424652593100
4.0435-5.09320.21891390.157625482687100
5.0932-44.38570.19871390.170926382777100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.109-0.1053-2.24845.2363-1.22455.6545-0.17260.2161-0.39760.27720.0873-0.23310.5195-0.15080.08290.4288-0.0007-0.07040.32680.04070.283527.510.876100.0612
23.9347-1.5804-2.44393.09711.89994.3653-0.0289-0.26920.51070.48970.0615-0.1388-0.1367-0.1638-0.00910.48020.0459-0.090.34670.01440.315521.782526.3194105.4147
31.32821.08580.58812.4719-1.11475.5014-0.0240.2163-0.0529-0.09070.1411-0.3210.13890.1963-0.11240.1703-0.0140.01360.4561-0.03720.361840.881918.857876.3462
46.3291-1.4698-0.17352.7318-0.071.9493-0.2436-0.70710.73390.37630.08890.3771-0.6042-0.34390.19360.73570.1149-0.10560.4224-0.17670.567339.976350.9819108.0395
53.3891-1.65020.0586.07942.69317.05460.12410.43060.1024-0.1855-0.19140.0986-0.08010.21520.02260.40180.0225-0.0470.3136-0.02380.298344.578938.499293.6586
63.70891.18693.33813.67511.13917.6305-0.62940.55970.6053-0.40090.22420.1797-1.25450.37190.36860.6983-0.0509-0.08540.41620.04380.409947.916349.543395.5001
75.37820.13410.41634.6627-3.2854.2687-0.2147-0.3168-0.36180.65760.1990.13750.0334-0.2710.03760.75240.0613-0.10120.3224-0.04620.321655.139936.0432127.065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 63 )A1 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 174 )A64 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 175 through 246 )A175 - 246
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 63 )B2 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 64 through 123 )B64 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 124 through 174 )B124 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 175 through 245 )B175 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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