PDB-5ubm: Crystal structure of human C1s in complex with inhibitor gigastasin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ubm

タイトル

Crystal structure of human C1s in complex with inhibitor gigastasin

要素

(Complement C1s subcomponent) x 2
Gigastasin

キーワード

IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / Complement system C1s protease inhibitor complex / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

complement subcomponent C_overbar_1s_ / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / blood microparticle / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / calcium ion binding / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Haementeria ghilianii (無脊椎動物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Pang, S.S. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2017
タイトル: The Structural Basis for Complement Inhibition by Gigastasin, a Protease Inhibitor from the Giant Amazon Leech.
著者: Pang, S.S. / Wijeyewickrema, L.C. / Hor, L. / Tan, S. / Lameignere, E. / Conway, E.M. / Blom, A.M. / Mohlin, F.C. / Liu, X. / Payne, R.J. / Whisstock, J.C. / Pike, R.N.

履歴

登録	2016年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ubm.cif.gz	215.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ubm.ent.gz	169.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ubm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ubm_validation.pdf.gz	770.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ubm_full_validation.pdf.gz	775.2 KB	表示
XML形式データ	5ubm_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	5ubm_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/5ubm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/5ubm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1elvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4djz-1 4plm-d 4djz-2 4kkd-2 4kkd-1 3gza-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (7) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (7)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (5)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (5)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (2)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Complement C1s subcomponent

B: Complement C1s subcomponent

I: Gigastasin

ヘテロ分子

61.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.350, 89.350, 146.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-739- HOH
2	1	B-2120- HOH

#1: タンパク質

Complement C1s subcomponent / C1 esterase / Complement component 1 subcomponent s

分子量: 27841.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood plasma
参照: UniProt: P09871, complement subcomponent C_overbar_1s_

#2: タンパク質

Complement C1s subcomponent / C1 esterase / Complement component 1 subcomponent s

分子量: 16882.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood plasma
参照: UniProt: P09871, complement subcomponent C_overbar_1s_

#3: タンパク質

Gigastasin

分子量: 16104.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Haementeria ghilianii (無脊椎動物)
発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-TN-5B1-4

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→53.3 Å / Num. obs: 24136 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ELV

1elv

解像度: 2.5→41.372 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2223	1231	5.11 %
R_work	0.1767	-	-
obs	0.179	24091	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.372 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3810	0	0	126	3936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3920
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872	5300
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.253	1406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	560
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.6001	0.3423	131	0.2673	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6001-2.7184	0.2997	137	0.2464	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7184-2.8617	0.2522	138	0.2169	2479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8617-3.0409	0.2673	143	0.2115	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0409-3.2756	0.2514	126	0.2034	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2756-3.6051	0.2223	119	0.1771	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6051-4.1264	0.2015	155	0.1553	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1264-5.1972	0.171	158	0.1362	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1972-41.3775	0.2151	124	0.1616	2710	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1483	0.6327	-1.2699	1.5696	0.7215	5.5032	0.154	0.0215	0.2884	-0.0106	-0.0915	0.0697	-0.2311	0.2103	-0.0401	0.2442	0.049	-0.011	0.1866	0.0162	0.2901	22.529	34.7317	20.2774
2	5.0418	-0.2573	0.0255	6.2968	-2.7308	8.1721	0.1343	0.3615	0.4732	-0.1221	-0.0836	0.054	-0.226	-0.5211	-0.0836	0.3017	0.1122	0.0324	0.1984	-0.0181	0.2668	18.0164	37.082	24.794
3	3.2356	-1.153	0.6116	3.7225	-0.4908	4.5878	0.0343	-0.2129	-0.3745	0.4907	0.0889	0.1356	0.2949	0.1692	-0.1271	0.2955	0.0057	-0.0161	0.2299	0.0012	0.2718	21.1179	24.4331	24.3991
4	4.619	-3.9472	-1.7263	8.8773	1.2386	4.3675	0.3481	-0.0829	0.5778	0.0108	-0.1694	0.0374	-0.4019	0.6399	-0.2365	0.2007	-0.0213	-0.0135	0.4216	-0.0204	0.2769	34.4295	33.4204	15.4406
5	2.1048	-1.067	-1.1801	2.2991	-1.6708	3.9798	0.346	-0.1887	-0.2259	0.3791	0.0992	-0.3737	0.5347	1.6206	-0.1594	0.5584	0.2714	-0.2613	0.6622	-0.1087	0.4966	39.5809	20.7907	25.582
6	7.2491	4.782	-5.2845	9.0309	-8.0516	8.6846	0.3728	0.6355	-1.0134	-1.4047	-0.3881	-1.6506	1.8005	1.9554	0.393	0.5071	0.1927	-0.0028	0.7303	-0.2092	0.5891	41.9021	24.8575	15.3818
7	2.6452	-0.6429	-0.7175	3.3125	0.2848	4.7407	0.0881	0.0365	-0.3166	0.0674	0.0498	-0.2202	0.2755	0.5	-0.1814	0.2917	0.0942	-0.0611	0.3086	-0.022	0.3111	30.4179	23.2766	20.1923
8	5.3886	-5.4307	-4.7139	5.576	4.8174	4.1602	-0.0079	0.0664	-1.0621	0.51	-0.123	1.461	0.9762	-0.7188	0.2559	0.4912	-0.0803	0.0422	0.3612	0.0626	0.529	11.6458	20.5887	29.1769
9	3.5095	-2.0986	0.7651	3.2503	2.0356	3.2837	0.0177	0.4566	0.5092	-1.3286	-0.8742	0.4086	-0.6392	-0.5559	0.9762	0.857	0.091	-0.1836	1.0883	0.0342	0.534	-48.6545	8.7272	1.3445
10	7.525	-2.0505	-1.7575	4.8104	-1.0351	6.7123	-0.0896	0.8146	0.4669	-0.282	-0.2419	-0.207	-0.4977	0.4234	0.2855	0.3034	0.0141	-0.0365	0.3938	0.0218	0.2753	-40.4334	10.6858	7.6207
11	7.8002	4.407	5.2399	5.5925	3.1687	4.4594	-0.3083	0.2819	0.9684	-0.2787	0.413	0.6126	-0.2868	-0.3823	-0.2306	0.314	0.0107	0.0115	0.6629	0.1704	0.4689	-10.3378	23.1419	4.3259
12	7.1518	2.2605	1.0586	1.8308	-0.1071	1.5505	0.0524	0.2799	-0.7421	0.0688	0.2674	-0.1614	0.3277	-0.0824	-0.271	0.2924	0.0594	-0.0025	0.3949	-0.0163	0.3467	4.2299	20.0001	7.7336
13	5.3376	0.436	0.7667	0.0441	0.0732	0.1066	0.1361	0.5962	-0.3739	-0.1842	0.0417	-0.2319	-0.0912	2.3345	-0.0153	0.5643	0.0168	0.0275	1.4529	-0.3462	0.8625	53.9841	33.6047	12.2904
14	6.3368	-4.7822	-5.7762	3.7165	4.4622	5.3693	1.1682	0.2412	0.2677	-0.93	0.3623	-1.208	-1.2726	0.5421	-1.3837	0.8082	-0.3786	0.3167	1.54	-0.4737	1.1644	56.3614	39.3706	9.6284
15	9.2633	-0.3445	-1.2774	8.1195	-2.3339	8.4438	-0.6587	0.7443	1.0041	-0.2365	0.45	-1.1706	-0.3694	1.5625	0.3547	0.6246	-0.2505	0.127	0.8614	-0.2406	0.9575	49.7984	45.4824	28.0264
16	7.539	1.8268	1.6069	3.278	0.2859	3.5221	0.1674	-0.1932	0.5176	-0.1777	0.2384	-1.0938	0.1427	1.837	-0.316	0.4409	-0.0065	-0.0843	1.0992	-0.22	0.7972	50.5002	36.4748	27.3835
17	8.5969	4.5718	6.0291	7.1246	-0.5845	9.5001	-0.2086	-0.2292	0.8518	0.3413	0.3932	-0.0612	-0.6037	0.6937	-0.2683	0.5404	-0.0772	0.0003	0.4851	-0.1844	0.4627	36.9744	43.5212	34.6722
18	5.3484	1.1236	3.4261	3.719	1.7245	2.8177	-0.1185	1.1764	0.9572	-0.869	0.0503	-0.0521	-1.1371	0.6387	0.0751	0.7151	-0.1356	0.1742	0.6638	0.0002	0.7106	39.854	52.5895	22.8112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 438:492)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 493:514)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 515:559)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 560:583)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 584:617)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 618:625)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 626:672)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 673:684)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 290:299)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 300:354)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 355:388)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 389:436)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain I and resid 3:20)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain I and resid 21:31)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain I and resid 32:43)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain I and resid 44:65)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain I and resid 66:92)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain I and resid 93:119)

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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