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万見
- PDB-5uba: Human RNA Pseudouridylate Synthase Domain Containing 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uba
タイトルHuman RNA Pseudouridylate Synthase Domain Containing 4
要素RNA pseudouridylate synthase domain-containing protein 4
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CARM1 / methyltransferase / TP-064 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / positive regulation of mitochondrial translation / tRNA processing / mitochondrial matrix / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者DONG, A. / ZENG, H. / TEMPEL, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The Crystal Structure of Human Pseudouridylate Synthase Domain Containing 4. To be published
著者: ZENG, H. / DONG, A. / TEMPEL, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA pseudouridylate synthase domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6207
ポリマ－33,4731
非ポリマー1466
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.189, 54.189, 105.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 RNA pseudouridylate synthase domain-containing protein 4


分子量: 33473.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 89-365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPUSD4 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q96CM3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 44925 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.54-1.5711.20.8422210.8231100
1.57-1.611.20.6550.8721100
1.6-1.6311.10.5830.9041100
1.63-1.6610.90.5160.9261100
1.66-1.6910.40.4390.9361100
1.69-1.7310.30.3590.9541100
1.73-1.7811.50.2850.9751100
1.78-1.8311.40.2390.9821100
1.83-1.8811.30.2080.9871100
1.88-1.9410.70.2460.97199.9
1.94-2.0110.70.1340.994199.9
2.01-2.0910.20.110.9951100
2.09-2.1911.70.0860.9981100
2.19-2.3110.10.9891100
2.3-2.4411.40.0620.9981100
2.44-2.6310.40.0540.9991100
2.63-2.911.70.0450.999199.9
2.9-3.3211.70.0390.9991100
3.32-4.1810.40.0330.999199.9
4.18-5011.40.0281199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.82 Å25.87 Å
Translation1.82 Å25.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XPI

1xpi


解像度: 1.54→38.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.497 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.076
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2116 1213 2.7 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.1979 43599 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.66 Å2 / Biso mean: 23.3 Å2 / Biso min: 11.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 6 215 2264
Biso mean--28.93 31.83 -
残基数----262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.9692986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88734944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6835283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.52323.37580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.75115394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1261511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02415
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 110 -
Rwork0.244 3199 -
all-3309 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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