PDB-5uao: Crystal structure of MibH, a lathipeptide tryptophan 5-halogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uao

タイトル

Crystal structure of MibH, a lathipeptide tryptophan 5-halogenase

要素

Tryptophane-5-halogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / halogenase / lanthipeptide / tryptophan / NAI-107

機能・相同性

機能・相同性情報

monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Microbispora sp. ATCC PTA-5024 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Cogan, D.P. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Two Flavoenzymes Catalyze the Post-Translational Generation of 5-Chlorotryptophan and 2-Aminovinyl-Cysteine during NAI-107 Biosynthesis.
著者: Ortega, M.A. / Cogan, D.P. / Mukherjee, S. / Garg, N. / Li, B. / Thibodeaux, G.N. / Maffioli, S.I. / Donadio, S. / Sosio, M. / Escano, J. / Smith, L. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A.

履歴

登録	2016年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uao.cif.gz	434.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uao.ent.gz	349.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uao_validation.pdf.gz	965.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uao_full_validation.pdf.gz	1004.6 KB	表示
XML形式データ	5uao_validation.xml.gz	89.1 KB	表示
CIF形式データ	5uao_validation.cif.gz	129.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wetS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4z0l-1 4rut-1 3pgh-1 3qh0-d 5ikt-d 1ddx-1 3olu-d 6bl3-1 4rrz-1 4rrw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophane-5-halogenase

B: Tryptophane-5-halogenase

C: Tryptophane-5-halogenase

D: Tryptophane-5-halogenase

ヘテロ分子

239 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophane-5-halogenase

C: Tryptophane-5-halogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tryptophane-5-halogenase

D: Tryptophane-5-halogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.436, 87.887, 100.632
Angle α, β, γ (deg.)	64.58, 69.90, 76.26
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Tryptophane-5-halogenase 分子量: 59237.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microbispora sp. ATCC PTA-5024 (バクテリア) 遺伝子: mlbH, MPTA5024_21495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W2EQU4
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12.5% MPD, 12.5% PEG 3.35K, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, and 0.09 M NPS (1:1:1 NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→87.38 Å / Num. obs: 170761 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 16.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WET

2wet

解像度: 1.88→87.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.767 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20362	8242	5 %	RANDOM
R_work	0.15618	-	-	-
obs	0.15855	155653	97.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.207 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	1.63 Å²	-1.95 Å²
2-	-	-2.4 Å²	-0.4 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.88→87.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15908	0	108	1347	17363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	16430
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	15385
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.942	1.962	22404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.947	3	35180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.925	5	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.054	21.644	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.442	15	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.071	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	18710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.176	3.308	8244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.177	3.307	8243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.321	4.943	10298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.322	4.943	10299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.336	3.783	8186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.335	3.783	8187
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.463	5.486	12107
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.389	28.897	20224
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.266	28.476	19623
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.881→1.93 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	617	-
R_work	0.304	11268	-
obs	-	-	96.2 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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