PDB-5uac: Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, wild-type

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uac

タイトル

Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, wild-type

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
RNA polymerase sigma factor RpoD

キーワード

transferase/transferase inhibitor / inhibitor / antibiotic / tuberculosis / rifampin / rifamycin / RNA polymerase / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...
類似検索 - 分子機能

RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit ...RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Molodtsov, V. / Scharf, N.T. / Stefan, M.A. / Garcia, G.A. / Murakami, K.S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM087350	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI110780	米国

引用

ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for rifamycin resistance of bacterial RNA polymerase by the three most clinically important RpoB mutations found in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Molodtsov, V. / Scharf, N.T. / Stefan, M.A. / Garcia, G.A. / Murakami, K.S.

履歴

登録	2016年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5uac.ent.gz	2.3 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5uac_validation.pdf.gz	972.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uac_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	5uac_validation.cif.gz	342.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uac	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5uagC 5uahC 5uajC 5ualC 5uaqC 4yg2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kn4-1 5uaj-1 4xsx-1 4xsy-1 6cux-1 5uag-1 4yfk-2 6cux-2 4lk1-1 4kn7-2 4jk2-1 4kmu-2 5uag-2 4jk1-2 5uah-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (13) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (27) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

921 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
461 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
460 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	188.958, 204.430, 313.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABGHCIDJEK

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FL

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 3種, 7分子

#6: 化合物	ChemComp-RFP / RIFAMPICIN 分子量: 822.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₅₈N₄O₁₂ / コメント: 抗生剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6299 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6299 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→30 Å / Num. obs: 119630 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 9.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YG2

4yg2

解像度: 3.8→29.982 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2955	1991	1.67 %
R_work	0.2483	-	-
obs	0.2491	119413	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→29.982 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	54984	0	65	0	55049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	55850
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.564	75384
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.653	34553
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	8584
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	9878

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.8-3.8948	0.3619	128	0.3461	8125	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8948-3.9999	0.3722	153	0.3464	8296	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9999-4.1173	0.372	135	0.3248	8341	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1173-4.2499	0.3749	143	0.3062	8327	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2499-4.4013	0.337	145	0.2969	8332	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4013-4.577	0.3059	131	0.2841	8346	X-RAY DIFFRACTION	100
4.577-4.7845	0.339	144	0.2696	8336	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7845-5.0356	0.2868	152	0.2675	8354	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0356-5.3494	0.33	139	0.2674	8399	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3494-5.7598	0.3263	142	0.2695	8392	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7598-6.3345	0.3301	142	0.2714	8433	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3345-7.2398	0.3246	142	0.2544	8455	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2398-9.0792	0.2705	143	0.2155	8531	X-RAY DIFFRACTION	100
9.0792-29.9833	0.234	152	0.1935	8755	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4638	2.3551	-1.1738	3.5299	-1.4963	2.4018	0.4441	-0.7404	-0.0383	1.032	-0.2002	-0.4523	-0.4501	0.2253	-0.2415	1.7833	0.0409	-0.0759	1.6263	-0.1622	1.3904	103.007	33.3958	39.1829
2	2.9138	2.0152	-0.5339	4.1118	-1.2821	1.3116	-0.2472	-0.5867	0.9286	-0.478	0.064	0.3811	0.6263	-0.3592	0.3235	1.7972	-0.0045	0.0538	1.5318	-0.2897	1.127	95.9585	35.4741	29.3392
3	4.8029	2.0254	1.1333	3.9091	0.7603	2.1879	0.1234	-1.3868	0.0702	2.1116	-0.6535	0.416	1.0588	-0.0942	0.4937	2.3541	0.1098	0.2923	1.9075	-0.1298	1.2047	90.1022	12.8597	45.9658
4	7.5981	3.3754	-0.5495	7.4072	1.5511	4.0455	-0.2706	-0.5283	0.4153	-0.8778	-0.2066	0.6053	0.4188	-0.4647	0.3732	1.409	-0.1544	-0.0679	1.4277	0.0194	1.1429	77.0408	12.8849	30.0125
5	0.4147	-0.4468	0.3692	3.4924	1.0235	0.9178	-0.8327	0.6557	-0.3729	2.6386	0.2364	1.231	2.31	-0.2839	0.7576	3.4137	-0.1669	0.8604	1.6207	0.3246	2.3272	75.5558	-21.8967	39.9583
6	5.0601	3.1758	0.6428	8.5168	-0.3604	1.4848	-0.6098	2.2297	-0.2393	-2.5534	1.5657	-0.2913	-0.1098	1.3767	-0.8843	2.8985	-0.1669	0.608	2.142	0.3401	1.0189	72.5266	-27.7575	29.7595
7	2.6303	0.897	0.9808	6.7669	3.4096	5.9309	0.5585	-2.2497	-0.9396	2.4278	-0.8637	1.1841	2.9208	-3.2599	0.1427	2.964	-0.3957	0.7003	2.4428	0.4719	1.7391	64.4839	-17.6067	42.4868
8	3.7209	1.9914	0.7737	6.9926	3.4414	7.2974	-0.4159	-0.6768	-0.3352	0.182	-0.6806	-0.2783	0.3337	-1.318	1.1018	2.155	0.1718	0.3257	1.7932	0.1518	2.5637	59.619	-18.2688	36.5542
9	2.0622	3.5557	-0.3687	2.0015	-3.5673	2.0257	-1.2494	-0.3791	-3.2472	0.14	-0.5039	-0.8217	1.1467	-2.3759	1.5923	1.9527	-0.4092	0.3816	1.6011	0.3092	2.0484	62.8837	-26.7991	27.6133
10	8.5291	-1.6599	-4.7876	9.8376	2.3631	2.9118	-3.5933	0.2093	-2.1338	0.6283	1.4654	0.005	0.472	1.0103	1.8898	3.4609	-0.312	0.293	2.0378	0.6691	1.4248	65.6926	-28.0986	39.5187
11	3.782	-0.5939	0.8935	4.3014	1.9081	1.1807	-0.0981	0.7339	-1.0493	0.0223	-0.5777	0.533	-0.066	-0.1375	0.6144	1.7549	-0.1364	0.3607	1.7423	-0.1328	1.1544	79.2857	-6.2328	35.3385
12	3.171	-1.2077	1.6987	5.5024	1.4258	2.6076	-0.3239	-1.105	0.2374	-0.8696	-0.4818	0.9803	1.4204	-0.5272	0.6321	1.4153	-0.3848	0.3078	1.7028	0.0676	1.2456	76.2231	11.2141	34.1655
13	3.7567	-0.0616	-0.8313	4.2982	-1.4375	4.6339	0.4751	0.5166	0.4822	-0.0347	-0.8235	-0.9127	-1.0835	0.8881	0.312	1.1384	-0.127	-0.1546	1.2415	0.1399	1.4954	136.5454	43.7612	-8.0234
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精密化 TLSグループ

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22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 915 through 1376 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 2 through 16 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 17 through 60 )
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 94 through 135 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 136 through 291 )
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 355 through 612 )
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32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 151 through 200 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 201 through 231 )
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 187 through 232 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'I' and (resid 3 through 787 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'I' and (resid 788 through 1342 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'J' and (resid 16 through 307 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'J' and (resid 308 through 376 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'J' and (resid 377 through 703 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'J' and (resid 704 through 1375 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'K' and (resid 2 through 60 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'K' and (resid 61 through 80 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'L' and (resid 94 through 135 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resid 136 through 291 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'L' and (resid 292 through 354 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'L' and (resid 355 through 562 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'L' and (resid 563 through 613 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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