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- PDB-5ua2: Mycobacterium tuberculosis KstR in complex with a 26-bp DNA operator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ua2
タイトルMycobacterium tuberculosis KstR in complex with a 26-bp DNA operator
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
  • HTH-type transcriptional repressor KstR
キーワードTranscription/DNA / KstR / DNA / complex / transcriptional regulator / TetR family transcriptional repressor / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional repressor KstR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9002 Å
データ登録者Ho, N.A.T. / Dawes, S.S. / Baker, E.N. / Lott, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)12/1111 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of KstR in complex with cognate DNA operator
著者: Ho, N.A.T. / Dawes, S.S. / Baker, E.N. / Lott, J.S.
履歴
登録2016年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor KstR
M: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5944
ポリマ－40,4443
非ポリマー1501
水362
1
A: HTH-type transcriptional repressor KstR
M: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional repressor KstR
M: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1898
ポリマ－80,8886
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.365, 79.545, 77.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor KstR


分子量: 24469.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: kstR, Rv3574 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96856
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 7987.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量: 7987.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 600, 0.2 M imidazole malate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.76 Å / Num. obs: 15213 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.744 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2219: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CXG

5cxg


解像度: 2.9002→46.751 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2556 766 5.04 %Random selection
Rwork0.2299 ---
obs0.2312 15185 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9002→46.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1296 984 5 2 2287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6993486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.3181265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9002-3.12410.321510.30242891X-RAY DIFFRACTION100
3.1241-3.43840.32911450.27222835X-RAY DIFFRACTION99
3.4384-3.93570.25341520.24482903X-RAY DIFFRACTION100
3.9357-4.95770.21611530.20162917X-RAY DIFFRACTION100
4.9577-46.75740.23711650.1972873X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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