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万見
- PDB-5u9o: Cocrystal structure of the intermembrane space region of the plas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u9o
タイトルCocrystal structure of the intermembrane space region of the plastid division proteins PARC6 and PDV1
要素Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
キーワードCELL CYCLE / plastid / chloroplast / cell division / intermembrane space / cocrystal
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid inner membrane / plastid fission / response to gibberellin / chloroplast inner membrane / chloroplast outer membrane / chloroplast organization / chloroplast fission / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / chloroplast / :
類似検索 - 分子機能
Plastid division protein PDV1/PDV2 / ARC6, IMS domain / Protein ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 6-like / ARC6-like, IMS domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Plastid division protein CDP1, chloroplastic / Plastid division protein PDV1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Delmar, J.A. / Chou, T.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cocrystal structure of the intermembrane space region of the plastid division proteins PARC6 and PDV1
著者: Delmar, J.A. / Yu, E.W. / Osteryoung, K.W.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
B: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
C: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
D: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
E: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
F: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
G: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
H: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,3338
ポリマ－169,3338
非ポリマー00
水00
1
A: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
E: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
G: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
H: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6674
ポリマ－84,6674
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
C: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
D: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1
F: Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6674
ポリマ－84,6674
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.227, 80.192, 84.070
Angle α, β, γ (deg.)88.360, 80.990, 83.490
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Plastid division protein CDP1, chloroplastic,Plastid division protein PDV1 / ARC6-homolog protein / Protein CHLOROPLAST DIVISION SITE POSITIONING 1 / AtCDP1 / Protein PARALOG ...ARC6-homolog protein / Protein CHLOROPLAST DIVISION SITE POSITIONING 1 / AtCDP1 / Protein PARALOG OF ARC6 / Protein PLASTID DIVISION1


分子量: 21166.680 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CDP1, ARC6H, PARC6, At3g19180, MVI11.9, PDV1, At5g53280, K19E1.8
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VY16, UniProt: Q9FK13

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 12% polyethylene glycol (PEG) 8000, 160 mM ammonium sulfate and 0.8% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.37→40 Å / Num. obs: 22865 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 54.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.287 / Rpim(I) all: 0.194 / Rrim(I) all: 0.322 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 69814
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.37-3.52.50.9820.536187
3.5-3.662.80.740.677196.3
3.66-3.8630.5860.801198.3
3.86-4.13.10.4460.824199.2
4.1-4.413.10.2920.907198.4
4.41-4.863.10.240.914197.8
4.86-5.563.40.2290.935199.4
5.56-73.10.2410.939198.4
7-403.40.0960.985199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Coot精密化
MOLREP位相決定
精密化解像度: 3.37→38.234 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3181 1028 4.76 %
Rwork0.2502 --
obs0.2535 21616 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.33 Å2 / Biso mean: 56.269 Å2 / Biso min: 21.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.37→38.234 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9299 0 0 0 9299
残基数----1145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.912806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4775717
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.37-3.54760.35541510.29612769292093
3.5476-3.76970.37171450.28632944308998
3.7697-4.06040.32551730.26452969314299
4.0604-4.46850.33781300.23662949307997
4.4685-5.11380.28011300.22233024315499
5.1138-6.43790.36241320.2832974310699
6.4379-38.23650.25941670.21452959312698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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