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- PDB-5u9j: Crystal structure of the FKBP domain of human aryl hydrocarbon re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u9j
タイトルCrystal structure of the FKBP domain of human aryl hydrocarbon receptor-interacting protein-like 1 (AIPL1) complexed with geranyl geranyl pyrophoshate
要素Aryl hydrocarbon receptor-interacting protein-like 1 (AIPL1)
キーワードSIGNALING PROTEIN / AIPL1 / FKBP / chaperone / PDE6 / photoreceptor / LCA / isoprenyl
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesylated protein binding / regulation of opsin-mediated signaling pathway / protein farnesylation / phototransduction, visible light / retina homeostasis / photoreceptor inner segment / visual perception / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / unfolded protein binding / nuclear speck ...farnesylated protein binding / regulation of opsin-mediated signaling pathway / protein farnesylation / phototransduction, visible light / retina homeostasis / photoreceptor inner segment / visual perception / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / unfolded protein binding / nuclear speck / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AIP/AIPL1 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GERAN-8-YL GERAN / ISOPROPYL ALCOHOL / Aryl-hydrocarbon-interacting protein-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yadav, R.P. / Gakhar, L. / Liping, Y. / Artemyev, N.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY-10843 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Unique structural features of the AIPL1-FKBP domain that support prenyl lipid binding and underlie protein malfunction in blindness.
著者: Yadav, R.P. / Gakhar, L. / Yu, L. / Artemyev, N.O.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02017年11月22日Group: Atomic model / Refinement description / カテゴリ: atom_site / software
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _software.classification
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor-interacting protein-like 1 (AIPL1)
B: Aryl hydrocarbon receptor-interacting protein-like 1 (AIPL1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2866
ポリマ－38,6542
非ポリマー6324
水2,540141
1
A: Aryl hydrocarbon receptor-interacting protein-like 1 (AIPL1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6854
ポリマ－19,3271
非ポリマー3583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aryl hydrocarbon receptor-interacting protein-like 1 (AIPL1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6022
ポリマ－19,3271
非ポリマー2741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.340, 51.170, 106.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-447-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor-interacting protein-like 1 (AIPL1)


分子量: 19327.109 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIPL1, AIPL2 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NZN9
#2: 化合物 ChemComp-GER / GERAN-8-YL GERAN / (6E,10E)-3,7,11,15-テトラメチル-2,6,10,14-ヘキサデカテトラエン


分子量: 274.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H34
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Na-Citrate 20%(W/V) PEG 4000 20% (V/V) 2-Propanol
PH範囲: 5-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.152 Å / Num. obs: 17642 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.37 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / CC1/2: 0.957 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U9A

5u9a


解像度: 2.1→41.152 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.82 / 位相誤差: 32.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 972 4.47 %
Rwork0.2376 --
obs0.24 20398 92.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2402 0 41 141 2584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.293385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8981467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15680.40241400.35142994X-RAY DIFFRACTION94
2.1568-2.22030.44431210.42742548X-RAY DIFFRACTION82
2.2203-2.29190.5375990.48182219X-RAY DIFFRACTION71
2.2919-2.37390.35411360.28853024X-RAY DIFFRACTION95
2.3739-2.46890.35881620.272943X-RAY DIFFRACTION95
2.4689-2.58120.30341460.24713006X-RAY DIFFRACTION96
2.5812-2.71730.32181680.23483066X-RAY DIFFRACTION97
2.7173-2.88750.28561310.23273114X-RAY DIFFRACTION98
2.8875-3.11040.28981310.24213100X-RAY DIFFRACTION99
3.1104-3.42330.29231500.22013036X-RAY DIFFRACTION97
3.4233-3.91830.26291580.20982814X-RAY DIFFRACTION89
3.9183-4.93530.19971190.17482931X-RAY DIFFRACTION93
4.9353-41.15940.24941080.19983001X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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