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- PDB-5u99: Transition state analysis of adenosine triphosphate phosphoribosy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u99
タイトルTransition state analysis of adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase
要素ATP phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ATP-PRT / HisG / Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / AMP binding / amino acid biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP phosphoribosyltransferase HisG, long form / Histidine biosynthesis HisG, C-terminal / HisG, C-terminal domain / ATP phosphoribosyltransferase HisG / ATP phosphoribosyltransferase, catalytic domain / ATP phosphoribosyltransferase, conserved site / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase signature. / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta ...ATP phosphoribosyltransferase HisG, long form / Histidine biosynthesis HisG, C-terminal / HisG, C-terminal domain / ATP phosphoribosyltransferase HisG / ATP phosphoribosyltransferase, catalytic domain / ATP phosphoribosyltransferase, conserved site / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase signature. / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Moggre, G.-J. / Poulin, M.B. / Tyler, P.C. / Schramm, V.L. / Parker, E.J.
資金援助 ニュージーランド, 3件
組織認可番号国
Maurice Wilkins centre Fund ニュージーランド
UoC Doctoral Scholarship ニュージーランド
IRL Sir Roy McKenzie Trust ニュージーランド
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Transition State Analysis of Adenosine Triphosphate Phosphoribosyltransferase.
著者: Moggre, G.J. / Poulin, M.B. / Tyler, P.C. / Schramm, V.L. / Parker, E.J.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4857
ポリマ－30,6411
非ポリマー8446
水50428
1
A: ATP phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,90942
ポリマ－183,8456
非ポリマー5,06436
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-11
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-11
Buried area24810 Å2
ΔGint-504 kcal/mol
Surface area64760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.758, 134.758, 111.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

MG

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要素

#1: タンパク質 ATP phosphoribosyltransferase / ATP-PRTase


分子量: 30640.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hisG, Rv2121c, MTCY261.17c / 細胞株 (発現宿主): BL21 star / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P9WMN1, ATP phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.09 % / 解説: Crystals grew as medium sizes prisms overnight
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M magnesium sulphate and 0.1 M, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→80.43 Å / Num. obs: 15289 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.773 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.492 / Net I/σ(I): 20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB:1NH7

1nh7


解像度: 2.4→80.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 16.133 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25051 747 4.9 %RANDOM
Rwork0.21571 ---
obs0.21749 14540 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20.82 Å2-0 Å2
2--1.64 Å2-0 Å2
3----5.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→80.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1981 0 48 28 2057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5192.0032873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95834400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9295279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.63723.37874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.88115288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0341515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1413.5861122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1413.5851121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.985.3731399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9795.3751400
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3033.761973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3023.761974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0635.6151475
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.40142.8112153
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.38942.7852151
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 61 -
Rwork0.317 1069 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.69 Å / Origin y: 4.5235 Å / Origin z: -36.1812 Å
111213212223313233
T0.0876 Å20.0031 Å20.0901 Å2-0.1263 Å2-0.0047 Å2--0.1406 Å2
L1.4725 °20.0761 °20.7157 °2-1.1684 °20.1385 °2--1.6532 °2
S0.1187 Å °-0.2718 Å °-0.0119 Å °0.1218 Å °0.007 Å °0.1194 Å °-0.1513 Å °-0.2673 Å °-0.1257 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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