PDB-5u91: Crystal structure of Tre/loxLTR complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u91

タイトル

Crystal structure of Tre/loxLTR complex

要素

(DNA (37-MER)) x 2
Tre recombinase protein

キーワード

ISOMERASE/DNA / Cre mutant Tre recombinase / ISOMERASE-DNA complex

機能・相同性

Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A /

DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha /

デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.104 Å

データ登録者

Meinke, G. / Karpinski, J. / Buchholz, F. / Bohm, A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of an engineered, HIV-specific recombinase for removal of integrated proviral DNA.
著者: Meinke, G. / Karpinski, J. / Buchholz, F. / Bohm, A.

履歴

登録	2016年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u91.cif.gz	677 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u91.ent.gz	555 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u91	HTTPS FTP

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登録構造単位

A: Tre recombinase protein

B: Tre recombinase protein

E: Tre recombinase protein

F: Tre recombinase protein

C: DNA (37-MER)

D: DNA (37-MER)

G: DNA (37-MER)

H: DNA (37-MER)

201 kDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.260, 193.390, 89.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.250, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tre recombinase protein 分子量: 38792.402 Da / 分子数: 4 / 変異: Y324F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: molecularly evolved from Cre recombinase / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
#2: DNA鎖	DNA (37-MER) 分子量: 11223.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#3: DNA鎖	DNA (37-MER) 分子量: 11547.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 10 mM sodium citrate, 25-32.5 % Peg 6000 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→96.69 Å / Num. obs: 71563 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.951 / Net I/σ(I): 3.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_1839	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q3U

1q3u

解像度: 3.104→82.967 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 26.95

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	3598	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2091	-	-	-
obs	0.2112	71563	90.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.51 Å² / B_iso mean: 56.978 Å² / B_iso min: 21.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.104→82.967 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10202	3022	0	35	13259
B_iso mean	-	-	-	29.55	-
残基数	-	-	-	-	1451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.639	19268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	2166
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1972
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.182	5302

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.104-3.1449	0.3465	96	0.2682	1487	1583	52
3.1449-3.188	0.3281	100	0.2695	1681	1781	58
3.188-3.2335	0.3363	110	0.2658	1906	2016	68
3.2335-3.2818	0.304	111	0.2546	2221	2332	75
3.2818-3.3331	0.241	129	0.2444	2234	2363	78
3.3331-3.3877	0.281	127	0.2214	2431	2558	85
3.3877-3.4461	0.2978	123	0.2461	2466	2589	85
3.4461-3.5088	0.2981	148	0.242	2501	2649	85
3.5088-3.5763	0.2735	155	0.2373	2623	2778	94
3.5763-3.6493	0.2773	162	0.2546	2726	2888	94
3.6493-3.7286	0.3492	113	0.2642	2803	2916	96
3.7286-3.8154	0.2979	132	0.2594	2871	3003	98
3.8154-3.9108	0.3591	132	0.2882	2805	2937	97
3.9108-4.0165	0.3146	122	0.2386	2868	2990	99
4.0165-4.1347	0.2613	154	0.2076	2865	3019	98
4.1347-4.2681	0.2485	157	0.1963	2829	2986	99
4.2681-4.4207	0.2535	130	0.1869	2859	2989	98
4.4207-4.5977	0.2033	168	0.1965	2819	2987	99
4.5977-4.8069	0.2456	129	0.1899	2859	2988	99
4.8069-5.0603	0.2078	143	0.1897	2915	3058	99
5.0603-5.3773	0.2347	158	0.1891	2864	3022	100
5.3773-5.7924	0.2752	161	0.1987	2863	3024	100
5.7924-6.3751	0.2326	182	0.1903	2874	3056	100
6.3751-7.2971	0.2372	174	0.1869	2836	3010	100
7.2971-9.1917	0.1669	156	0.1531	2886	3042	100
9.1917-82.9968	0.1827	126	0.1553	2873	2999	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3083	-0.1322	0.5533	0.7229	0.2009	2.0107	-0.1051	-0.0076	-0.1202	-0.0106	0.1723	0.0566	-0.2793	-0.4622	0	0.2727	0.1272	0.0316	0.3779	0.0391	0.4734	81.5689	-12.6749	344.0257
2	0.4505	0.1692	-1.0176	0.5815	0.6523	1.3871	-0.1105	-0.1495	0.1915	-0.0236	0.0009	-0.1965	-0.3585	0.0046	-0.002	0.5305	0.0121	-0.0153	0.3552	-0.0431	0.4557	103.8383	-9.624	349.922
3	2.5075	-0.4063	-0.625	1.3849	-0.3357	0.9594	-0.0682	0.0067	0.0469	0.013	-0.0109	0.1622	0.1489	-0.2146	-0.0072	0.1717	0.0392	0.0261	0.3925	0.0241	0.2997	86.8323	-42.4919	359.9434
4	0.9893	0.121	-0.1695	2.1808	0.4834	1.2309	0.0632	0.0002	0.0692	-0.1647	-0.0559	-0.1178	0.1766	0.1517	0.0001	0.1545	-0.0064	-0.0146	0.3492	0.067	0.3292	111.2918	-46.2808	351.7649
5	1.6016	0.0397	0.24	1.5302	0.8316	0.3746	0.2576	-0.2012	-0.4102	0.2825	-0.1153	0.5054	0.0486	-0.0029	0.0128	0.4429	0.0184	0.057	0.4233	0.0698	0.2547	96.1143	-40.6846	358.8359
6	3.5242	3.0784	2.8872	3.5283	4.3112	6.5936	0.237	-1.1001	0.6052	0.3234	-0.9195	0.3127	-1.1448	-1.3216	0.1802	1.2609	0.0997	-0.1866	0.4254	-0.0715	1.0426	87.3295	10.0978	358.216
7	0.6686	-0.0733	0.4343	0.0249	0.2607	0.9993	0.2558	-0.504	0.1589	0.4282	-0.5751	0.0784	-0.5745	-0.7032	-0.0084	0.984	0.1399	-0.0648	0.6068	-0.1637	0.5883	87.4081	2.0325	351.913
8	1.8167	0.6902	-0.4241	0.9573	0.326	0.9457	0.0475	-0.0508	-0.1071	0.8831	-0.0822	0.3793	-0.0533	0.127	0.0026	0.569	0.1001	0.0066	0.459	-0.0107	0.2833	97.7651	-49.247	362.1077
9	-0.0013	-0.0232	0.0022	0.0581	0.083	0.0658	-0.6903	0.3799	-0.0445	-0.1403	0.9894	0.4107	0.6049	-0.625	-0	0.7922	-0.0087	0.0577	0.7127	0.0459	0.9332	69.6079	-62.0055	316.5945
10	1.0735	0.7165	-0.586	1.8532	0.8737	1.861	-0.1274	-0.0018	0.1563	0.0615	0.024	0.1869	0.431	-0.4431	-0.0053	0.3786	-0.1273	0.0425	0.4362	0.0041	0.353	82.2728	-62.811	331.8002
11	1.2684	0.5766	0.533	1.2515	0.1386	2.1771	-0.1229	0.1271	-0.2731	-0.2817	0.1408	-0.1614	0.3111	0.1098	0.0001	0.3507	0.0146	0.1009	0.3588	-0.0422	0.3812	110.2342	-57.525	311.9523
12	2.5851	0.6915	0.6193	1.8963	0.4338	0.822	-0.118	-0.0532	0.0564	-0.0353	0.1237	0.3462	-0.1047	-0.2234	0.0005	0.4107	-0.0259	-0.0173	0.4418	0.0641	0.4076	78.532	-34.2759	308.7914
13	1.6051	-0.1113	0.1653	2.5558	0.0051	1.4643	-0.159	0.1257	0.0845	-0.1591	0.1261	-0.0581	-0.5077	0.0837	-0.0021	0.515	-0.0817	0.0327	0.3244	0.0905	0.2896	99.8408	-20.1258	310.4079
14	0.5249	0.0568	-0.1387	0.0249	0.0164	0.2565	-0.0153	-0.3034	0.7334	-0.9421	-0.0166	1.2655	-0.6066	0.1771	-0.1413	1.0116	-0.1954	-0.1776	0.5508	0.2303	0.7131	83.6596	-12.7826	294.2114
15	0.3832	-0.0271	-0.0136	0.2216	0.2278	0.1116	0.1946	0.1168	-0.4537	0.5364	-0.1115	0.4464	0.2935	-0.1347	0.0134	0.6265	-0.1096	0.042	0.4108	0.0489	0.3726	86.8935	-39.7827	318.9487
16	0.6256	-0.1595	0.5044	0.0503	-0.0873	0.3205	-0.1073	0.4163	-0.448	-0.1323	0.0252	-0.5231	0.8559	-0.2147	0.0213	1.0425	-0.1244	0.1501	0.4279	-0.1142	0.5591	98.9248	-74.5868	311.4619
17	2.1317	0.0474	0.0545	0.2776	-0.7666	2.1843	-0.0966	0.5871	-1.3326	-0.0879	-0.3343	0.2656	1.6791	-1.1565	1.4813	1.25	-0.146	0.1521	0.556	-0.2437	0.6983	103.8032	-82.9419	305.9066
18	0.1822	-0.1475	0.37	0.9172	0.0155	2.8002	-0.0594	0.6183	0.7915	0.5743	-0.387	0.2185	0.1283	0.3868	0.1098	0.5254	-0.1292	-0.0121	0.4589	0.1375	0.7127	92.5416	-60.4931	321.5009
19	0.9388	-0.3003	0.573	0.6129	0.7853	1.8807	-0.0579	0.3125	0.1955	-0.8135	0.2874	0.8538	-0.1938	-0.1821	-0.0057	0.7629	0.0292	-0.1015	0.5587	0.0768	0.5636	83.4818	-20.7527	302.9569

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 12:178)	A	12 - 178
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 179:340)	A	179 - 340
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 15:157)	B	15 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 158:341)	B	158 - 341
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 100:127)	C	100 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 128:136)	C	128 - 136
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 100:116)	D	100 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 117:136)	D	117 - 136
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain E and resid 13:34)	E	13 - 34
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain E and resid 35:133)	E	35 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain E and resid 134:341)	E	134 - 341
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain F and resid 10:156)	F	22 - 156
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain F and resid 157:341)	F	157 - 341
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain G and resid 100:112)	G	100 - 112
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain G and resid 113:122)	G	113 - 122
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain G and resid 123:136)	G	123 - 136
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain H and resid 100:108)	H	100 - 108
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain H and resid 109:118)	H	109 - 118
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain H and resid 119:136)	H	119 - 136

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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