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万見
- PDB-5u87: NMR structure of the precursor protein PawS1 comprising SFTI-1 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u87
タイトルNMR structure of the precursor protein PawS1 comprising SFTI-1 and a seed storage albumin
要素Preproalbumin PawS1
キーワードPLANT PROTEIN / trypsin inhibitor / SFTI-1 / seed storage albumin / Structure from MOLMOL
機能・相同性Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / nutrient reservoir activity / Preproalbumin PawS1
機能・相同性情報
生物種Helianthus annuus (ヒグルマ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Franke, B. / James, A.M. / Mobli, M. / Colgrave, M.L. / Mylne, J.S. / Rosengren, K.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP120103369 オーストラリア
引用ジャーナル: to be published
タイトル: NMR structure of the precursor protein PawS1 comprising SFTI-1 and a seed storage albumin
著者: Franke, B. / James, A.M. / Mobli, M. / Colgrave, M.L. / Mylne, J.S. / Rosengren, K.J.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support / Item: _entity.pdbx_number_of_molecules
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preproalbumin PawS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2801
ポリマ－13,2801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1molprobity

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要素

#1: タンパク質 Preproalbumin PawS1


分子量: 13280.334 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helianthus annuus (ヒグルマ) / 遺伝子: PawS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2L0T2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HBHA(CO)NH
171isotropic13D H(CC)(CO)NH-TOCSY
181isotropic13D (H)CC(CO)NH-TOCSY
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 3.9 mg/mL [U-13C; U-15N] Proalbumin PawS1, 90% H2O/10% D2O
Label: Proalbumin PawS1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 3.9 mg/mL / 構成要素: Proalbumin PawS1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: Proalbumin PawS1 / pH: 4.62 / 圧: ambient bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: equipped with cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CcpNMRCCPNpeak picking
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: Final structures were calculated and waterminimised using cartesian dynamics in CNS.
代表構造選択基準: molprobity
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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