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- PDB-5u7z: Human acid ceramidase (ASAH1, aCDase) self-activated -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u7z
タイトルHuman acid ceramidase (ASAH1, aCDase) self-activated
要素(Acid ceramidase) x 2
キーワードHYDROLASE / ceramidase / ceramide / ntn-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin deacylase / regulation of programmed necrotic cell death / : / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / ceramide catabolic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / fatty acid amide hydrolase activity / regulation of steroid biosynthetic process / sphingosine biosynthetic process ...sphingomyelin deacylase / regulation of programmed necrotic cell death / : / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / ceramide catabolic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / fatty acid amide hydrolase activity / regulation of steroid biosynthetic process / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid metabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / Glycosphingolipid catabolism / ceramide biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / keratinocyte differentiation / lysosomal lumen / nuclear receptor binding / fatty acid metabolic process / transcription corepressor activity / tertiary granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Acid ceramidase-like / Acid ceramidase, N-terminal / beta subunit of N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Acid ceramidase / Acid ceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gebai, A. / Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the activation of acid ceramidase.
著者: Gebai, A. / Gorelik, A. / Li, Z. / Illes, K. / Nagar, B.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid ceramidase
B: Acid ceramidase
C: Acid ceramidase
D: Acid ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,67324
ポリマ－88,1454
非ポリマー3,52820
水59433
1
A: Acid ceramidase
B: Acid ceramidase
ヘテロ分子

C: Acid ceramidase
D: Acid ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,67324
ポリマ－88,1454
非ポリマー3,52820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
Buried area18920 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
2
A: Acid ceramidase
B: Acid ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,77412
ポリマ－44,0732
非ポリマー1,70110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
3
C: Acid ceramidase
D: Acid ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,89912
ポリマ－44,0732
非ポリマー1,82710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.667, 68.312, 97.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Acid ceramidase


分子量: 14865.188 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A8K0B6, UniProt: Q13510*PLUS
#2: タンパク質 Acid ceramidase


分子量: 29207.396 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A8K0B6, UniProt: Q13510*PLUS

-
糖 , 2種, 7分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 46分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 1000 sodium phosphate-citrate lithium sulfate / PH範囲: 4.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.389 Å / Num. obs: 26671 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 10.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.389 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 1335 5.01 %
Rwork0.2335 --
obs0.2354 26667 87.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5882 0 213 33 6128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6758504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6973658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042955
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.58950.3112710.3141333X-RAY DIFFRACTION47
2.5895-2.69310.3457950.29281817X-RAY DIFFRACTION63
2.6931-2.81570.3261170.29422214X-RAY DIFFRACTION77
2.8157-2.96410.32351380.28342614X-RAY DIFFRACTION91
2.9641-3.14980.31081490.27562844X-RAY DIFFRACTION99
3.1498-3.3930.25581520.23822882X-RAY DIFFRACTION100
3.393-3.73430.25351510.22272861X-RAY DIFFRACTION100
3.7343-4.27440.23791520.20022909X-RAY DIFFRACTION100
4.2744-5.38410.22311530.19262890X-RAY DIFFRACTION100
5.3841-48.39770.30131570.2372968X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62530.00450.3559-0.001-0.00810.2504-0.03450.3812-0.0932-0.2645-0.38640.47680.1818-0.35090.20510.39980.0879-0.05920.4888-0.1570.410369.8126-38.6069191.4086
20.50820.12410.06210.76830.2421.7559-0.23990.10750.165-0.1977-0.48230.3115-0.0442-0.45520.1854-0.1830.7326-0.3590.33380.19780.201174.1162-18.01190.7428
31.99211.1768-0.88742.33610.28572.94710.3025-0.11040.6294-0.1674-0.6392-0.1194-0.1625-0.39220.15970.26320.10780.00060.2420.06340.527684.1992-10.3514201.2975
45.60210.04790.11912.00751.99985.18460.2099-0.66810.31440.1997-0.2471-0.0865-0.0796-0.27540.11770.3325-0.05980.07610.24250.0280.391996.9664-10.3446212.7705
52.05850.1917-0.47591.15971.20682.89280.28390.08930.5594-0.3306-0.1043-0.1397-0.2264-0.0301-0.11510.2650.03370.0460.22040.05610.310593.1171-11.1978199.4529
61.27460.0596-0.4651.4169-0.19421.03750.08980.40770.1333-0.3113-0.1090.0387-0.1405-0.21970.00430.29250.0951-0.0960.32790.04430.221682.4957-24.0897191.447
71.58921.42110.0522.18930.69710.37570.1764-0.08030.09510.0145-0.1087-0.2838-0.11150.04580.02140.24970.1037-0.03220.34630.09930.3056101.7396-23.1757196.4953
82.68210.73690.21932.68360.2862.17660.05660.329-0.1876-0.5554-0.2862-0.24320.22020.04050.10080.38250.1477-0.02210.3088-0.00930.152295.6387-32.2248185.8951
91.7101-0.1056-0.43550.3007-0.03971.5342-0.06060.3595-0.4147-0.2182-0.07910.30310.216-0.4786-0.03260.32860.1029-0.15060.3733-0.1150.288777.8216-35.7535189.6931
101.23120.40890.01621.9505-0.07531.21140.22670.6762-0.2028-0.281-0.6241-0.71560.03680.97010.1050.24690.35040.17460.2797-0.16360.295758.1454-19.452190.6244
112.91590.42050.12562.5951-0.82471.76220.1999-0.1224-0.35880.1941-0.2347-0.02510.22640.10770.040.2824-0.0119-0.02250.16970.00950.340244.007-29.5796205.2401
120.84110.35370.43691.22970.16810.96510.07710.3154-0.1841-0.2169-0.1022-0.06130.18580.21310.01980.25330.12740.0690.3261-0.02230.24852.2505-17.1182191.9884
131.15891.752-0.38562.7899-0.60560.09610.538-0.13940.28970.2342-0.23170.5273-0.2338-0.1095-0.08350.37520.1160.0870.3449-0.02330.219332.8945-18.1059196.5799
141.99740.8568-0.38882.6474-0.24381.67020.06760.25040.095-0.3072-0.11530.0787-0.11560.05260.03930.31050.089-0.01250.28920.01750.169639.1474-9.011186.17
151.5307-0.26250.24690.96160.23461.3730.00310.38720.0924-0.2613-0.1104-0.3332-0.1960.3636-0.04320.28840.10230.10880.36330.0170.255856.8994-5.4252190.3622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 52 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 105 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 106 through 140 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 143 through 218 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 219 through 248 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 249 through 332 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 333 through 395 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 28 through 62 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 63 through 140 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 143 through 218 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 219 through 248 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 249 through 332 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 333 through 395 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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