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- PDB-5u7n: CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC CUA DOMAIN (SUBUNIT II) OF CYTOCH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u7n
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC CUA DOMAIN (SUBUNIT II) OF CYTOCHROME BA3 FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH THE AMICYANIN LOOP
要素Cytochrome c oxidase subunit 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / cytochrome-c oxidase activity / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. ...Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Otero, L.H. / Klinke, S. / Espinoza-Cara, A. / Vila, A.J.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2018
タイトル: Engineering a bifunctional copper site in the cupredoxin fold by loop-directed mutagenesis.
著者: Espinoza-Cara, A. / Zitare, U. / Alvarez-Paggi, D. / Klinke, S. / Otero, L.H. / Murgida, D.H. / Vila, A.J.
履歴
登録2016年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 2
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 2
D: Cytochrome c oxidase subunit 2
E: Cytochrome c oxidase subunit 2
F: Cytochrome c oxidase subunit 2
G: Cytochrome c oxidase subunit 2
H: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,39718
ポリマ－109,6538
非ポリマー74510
水9,746541
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7702
ポリマ－13,7071
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7702
ポリマ－13,7071
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8883
ポリマ－13,7071
非ポリマー1822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7702
ポリマ－13,7071
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7702
ポリマ－13,7071
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8883
ポリマ－13,7071
非ポリマー1822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7702
ポリマ－13,7071
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7702
ポリマ－13,7071
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.352, 100.701, 101.103
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c ba(3) subunit II / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome cba3 subunit 2


分子量: 13706.594 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 11-116,127-135 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS IS A CHIMERIC PROTEIN OF CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2 (FRAGMENT). UNIPROT P98052. THE REGION COMPRISING THE RESIDUES 150-159 WAS MODIFIED.
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: cbaB, ctaC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P98052, UniProt: Q5SJ80*PLUS, cytochrome-c oxidase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 60 % (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2014年5月30日
放射モノクロメーター: Helios MX multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.18 Å / Num. obs: 42870 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 35.45 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured obs: 4083 / CC1/2: 0.783 / % possible all: 97.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CUA

2cua


解像度: 2.3→45.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9207 / SU R Cruickshank DPI: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.36 / SU Rfree Blow DPI: 0.224 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.222
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 2088 4.88 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
obs0.1783 42817 98.57 %-
原子変位パラメータBiso max: 117.67 Å2 / Biso mean: 34.11 Å2 / Biso min: 9.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.525 Å20 Å20 Å2
2--0.4777 Å20 Å2
3---0.0473 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7164 0 24 547 7735
Biso mean--41.82 40.01 -
残基数----908
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3181SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes181HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1066HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7402HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion980SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8367SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7402HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10156HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.03
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 126 4.15 %
Rwork0.2072 2909 -
all0.2081 3035 -
obs--98.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5844-0.57060.4382.5249-0.56553.31810.03560.09310.33010.0178-0.04450.00730.01580.02010.0089-0.1239-0.00740.0137-0.07440.0344-0.0745116.22221.616630.2563
22.6387-1.3120.52373.16930.4752.5825-0.0719-0.0449-0.13570.32890.1136-0.0840.09880.0302-0.0417-0.06450.04-0.0458-0.07820.0015-0.068578.179317.596620.2353
31.9258-0.15640.83482.1510.1583.60150.04670.2221-0.02730.0896-0.0181-0.3354-0.070.3335-0.0285-0.11890.0214-0.0328-0.0196-0.0344-0.0377100.95943.21034.9429
42.30940.1928-0.52984.96910.57874.5979-0.0190.1240.2304-0.20620.1105-0.0144-0.0822-0.0819-0.0914-0.0992-0.00270.0122-0.06190.0221-0.1226123.48428.247110.709
52.5495-0.6275-0.86523.90790.37882.6728-0.11180.1164-0.061-0.21180.03070.2701-0.03330.00030.0811-0.05920.00440.0205-0.09350.0078-0.061598.64171.8886-5.3486
62.6703-1.3359-0.25552.25250.14691.59610.16760.3658-0.0744-0.0877-0.14510.0119-0.01580.019-0.0225-0.04730.06910.01990.018-0.0086-0.112885.4556.0654-3.0285
71.9653-1.1403-0.0282.37310.33872.3905-0.1054-0.08670.08930.27340.1379-0.02440.01090.0671-0.03240.01050.08510.0163-0.0510.0175-0.120965.610633.328.6551
84.1530.63210.06413.76450.47073.1640.14310.07140.04230.07560.0132-0.02960.08390.113-0.1563-0.109-0.0008-0.0107-0.086-0.0006-0.079696.430744.810235.9181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A49 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B48 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C48 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D50 - 163
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E51 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F55 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G53 - 163
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H50 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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