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- PDB-5u6v: X-ray crystal structure of 1,2,3-triazolobenzodiazepine in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u6v
タイトルX-ray crystal structure of 1,2,3-triazolobenzodiazepine in complex with BRD2(D2)
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードtranscription/transcription inhibitor / Bromodomain / benzodiazepine / epigenetics / transcription-transcription inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7WY / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.775 Å
データ登録者Hatfaludi, T. / Sharp, P.P. / Garnier, J.-M. / Burns, C.J. / Czabotar, P.E.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Activity of 1,2,3-Triazolobenzodiazepine BET Bromodomain Inhibitors.
著者: Sharp, P.P. / Garnier, J.M. / Hatfaludi, T. / Xu, Z. / Segal, D. / Jarman, K.E. / Jousset, H. / Garnham, A. / Feutrill, J.T. / Cuzzupe, A. / Hall, P. / Taylor, S. / Walkley, C.R. / Tyler, D. ...著者: Sharp, P.P. / Garnier, J.M. / Hatfaludi, T. / Xu, Z. / Segal, D. / Jarman, K.E. / Jousset, H. / Garnham, A. / Feutrill, J.T. / Cuzzupe, A. / Hall, P. / Taylor, S. / Walkley, C.R. / Tyler, D. / Dawson, M.A. / Czabotar, P. / Wilks, A.F. / Glaser, S. / Huang, D.C.S. / Burns, C.J.
履歴
登録2016年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6287
ポリマ－12,9151
非ポリマー7136
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.617, 71.743, 31.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-706-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 12914.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-7WY / 5-[7-(4-chlorophenyl)-1-methyl-6,7-dihydro-5H-[1,2,3]triazolo[1,5-d][1,4]benzodiazepin-9-yl]pyridin-2-amine


分子量: 402.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClN6
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20w/v PEG 4000, 0.1M sodium HEPES pH7.5, 10 v/v2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→42.43 Å / Num. obs: 12213 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 12.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.775→42.429 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 1224 10.02 %
Rwork0.1551 --
obs0.1589 12210 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.775→42.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数902 0 49 128 1079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7721307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.931590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006166
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7747-1.84580.23441290.20731165X-RAY DIFFRACTION98
1.8458-1.92980.2221340.17381206X-RAY DIFFRACTION100
1.9298-2.03150.21131330.16321194X-RAY DIFFRACTION100
2.0315-2.15880.20891350.13671203X-RAY DIFFRACTION100
2.1588-2.32550.1791330.14181201X-RAY DIFFRACTION100
2.3255-2.55950.19721370.14491222X-RAY DIFFRACTION100
2.5595-2.92970.18231370.15121232X-RAY DIFFRACTION100
2.9297-3.69080.18361370.14191232X-RAY DIFFRACTION100
3.6908-42.44120.18231490.16731331X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83630.66280.26442.23080.38550.52280.0031-0.0004-0.02060.01910.00750.07590.0104-0.0615-0.00570.06420.01030.01120.07670.01010.0765-13.95732.1138-1.6604
26.3703-0.09963.39292.53060.75787.3553-0.0335-0.32930.02110.3134-0.0170.1694-0.0424-0.09510.00830.13010.00050.03130.08310.02520.0804-12.75397.98149.4537
31.33110.0967-0.53584.25891.78722.2303-0.00490.0488-0.0794-0.04570.02250.01260.0053-0.0229-0.04780.05440.01560.00530.06690.02360.0861-7.587-3.4076-1.8406
43.91411.94941.11524.18881.59142.51660.07090.00590.0929-0.03350.0518-0.1312-0.03860.0109-0.16210.07570.01160.02560.08020.01530.0605-3.18995.6334-5.7651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 347 through 395 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 396 through 410 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 411 through 433 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 434 through 455 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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