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- PDB-5u5s: Solution structures of Brd2 second bromodomain in complex with st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5s
タイトルSolution structures of Brd2 second bromodomain in complex with stat3 peptide
要素
  • Bromodomain-containing protein 2
  • Stat3 peptide
キーワードTRANSCRIPTION / Brd2 / Brd4 / bromodomain / stat3 / th17 / p300
機能・相同性
機能・相同性情報


PTK6 Activates STAT3 / RNA sequestering activity / eye photoreceptor cell differentiation / radial glial cell differentiation / negative regulation of primary miRNA processing / retinal rod cell differentiation / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / T-helper 17 type immune response / Signalling to STAT3 ...PTK6 Activates STAT3 / RNA sequestering activity / eye photoreceptor cell differentiation / radial glial cell differentiation / negative regulation of primary miRNA processing / retinal rod cell differentiation / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / T-helper 17 type immune response / Signalling to STAT3 / negative regulation of neuron migration / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / positive regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of inflammatory response to wounding / primary miRNA binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / cellular response to interleukin-17 / T-helper 17 cell lineage commitment / response to leptin / regulation of feeding behavior / sexual reproduction / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / interleukin-9-mediated signaling pathway / MET activates STAT3 / nuclear glucocorticoid receptor binding / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to hypoxia / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / interleukin-2-mediated signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / acetylation-dependent protein binding / cellular response to leptin stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / interleukin-23-mediated signaling pathway / postsynapse to nucleus signaling pathway / Interleukin-23 signaling / negative regulation of stem cell differentiation / astrocyte differentiation / chromatin looping / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / Interleukin-37 signaling / Signaling by Leptin / regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / phosphorylation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / eating behavior / growth hormone receptor signaling pathway / Signaling by ALK / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / temperature homeostasis / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / lncRNA binding / Interleukin-10 signaling / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / RUNX3 regulates p14-ARF / somatic stem cell population maintenance / regulation of multicellular organism growth / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Growth hormone receptor signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / cellular response to hormone stimulus / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / intracellular receptor signaling pathway / energy homeostasis / Signaling by CSF3 (G-CSF) / protein localization to chromatin / positive regulation of phagocytosis / signaling adaptor activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Interleukin-7 signaling / Downstream signal transduction / : / negative regulation of autophagy / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein sequestering activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of erythrocyte differentiation / histone reader activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / acute-phase response
類似検索 - 分子機能
STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain ...STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / SH2 domain / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 2 / Signal transducer and activator of transcription 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Zeng, L. / Zhou, M.-M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Distinct Roles of Brd2 and Brd4 in Potentiating the Transcriptional Program for Th17 Cell Differentiation.
著者: Cheung, K.L. / Zhang, F. / Jaganathan, A. / Sharma, R. / Zhang, Q. / Konuma, T. / Shen, T. / Lee, J.Y. / Ren, C. / Chen, C.H. / Lu, G. / Olson, M.R. / Zhang, W. / Kaplan, M.H. / Littman, D.R. ...著者: Cheung, K.L. / Zhang, F. / Jaganathan, A. / Sharma, R. / Zhang, Q. / Konuma, T. / Shen, T. / Lee, J.Y. / Ren, C. / Chen, C.H. / Lu, G. / Olson, M.R. / Zhang, W. / Kaplan, M.H. / Littman, D.R. / Walsh, M.J. / Xiong, H. / Zeng, L. / Zhou, M.M.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_exptl ...pdbx_audit_support / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_exptl.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年11月20日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
B: Stat3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6982
ポリマ－14,6982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13157.136 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 344-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: タンパク質・ペプチド Stat3 peptide


分子量: 1540.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40763*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic13D HN(CA)CB
122isotropic13D HN(COCA)CB
132isotropic23D 1H-15N NOESY
141isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
151isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
161isotropic23D 1H-13C filtered NOESY aliphatic
171isotropic23D 1H-13C filtered NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution110 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-2H] DTT, 100% D2Osample_1100% D2O
solution210 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMEDTAnatural abundance1
2 mMDTT[U-2H]1
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMEDTAnatural abundance2
2 mMDTT[U-2H]2
試料状態イオン強度: null Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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