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万見
- PDB-5u5s: Solution structures of Brd2 second bromodomain in complex with st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5s
タイトルSolution structures of Brd2 second bromodomain in complex with stat3 peptide
要素
  • Bromodomain-containing protein 2BRD2
  • Stat3 peptide
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Brd2 / Brd4 (BRD4) / bromodomain (ブロモドメイン) / stat3 (シグナル伝達兼転写活性化因子3) / th17 / p300
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / retinal rod cell differentiation / radial glial cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron migration ...RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / retinal rod cell differentiation / radial glial cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron migration / T-helper 17 type immune response / Signalling to STAT3 / negative regulation of inflammatory response to wounding / primary miRNA binding / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / response to leptin / regulation of feeding behavior / 有性生殖 / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to interleukin-17 / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / MET activates STAT3 / interleukin-2-mediated signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / intracellular receptor signaling pathway / chromatin looping / negative regulation of stem cell differentiation / acetylation-dependent protein binding / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to leptin stimulus / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / astrocyte differentiation / Interleukin-23 signaling / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-37 signaling / Interleukin-15 signaling / Signaling by Leptin / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / growth hormone receptor signaling pathway / temperature homeostasis / eating behavior / Signaling by ALK / Interleukin-20 family signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / positive regulation of Notch signaling pathway / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Interleukin-10 signaling / somatic stem cell population maintenance / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of interleukin-10 production / RUNX3 regulates p14-ARF / regulation of multicellular organism growth / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / signaling adaptor activity / energy homeostasis / Growth hormone receptor signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / cellular response to hormone stimulus / protein localization to chromatin / Interleukin-7 signaling / Downstream signal transduction / negative regulation of autophagy / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of interleukin-1 beta production / neural tube closure / positive regulation of interleukin-8 production / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / PKR-mediated signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Signaling by SCF-KIT / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / response to peptide hormone / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of miRNA transcription / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein import into nucleus / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of angiogenesis
類似検索 - 分子機能
STAT3, SH2 domain / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain ...STAT3, SH2 domain / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 2 / Signal transducer and activator of transcription 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Zeng, L. / Zhou, M.-M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Distinct Roles of Brd2 and Brd4 in Potentiating the Transcriptional Program for Th17 Cell Differentiation.
著者: Cheung, K.L. / Zhang, F. / Jaganathan, A. / Sharma, R. / Zhang, Q. / Konuma, T. / Shen, T. / Lee, J.Y. / Ren, C. / Chen, C.H. / Lu, G. / Olson, M.R. / Zhang, W. / Kaplan, M.H. / Littman, D.R. ...著者: Cheung, K.L. / Zhang, F. / Jaganathan, A. / Sharma, R. / Zhang, Q. / Konuma, T. / Shen, T. / Lee, J.Y. / Ren, C. / Chen, C.H. / Lu, G. / Olson, M.R. / Zhang, W. / Kaplan, M.H. / Littman, D.R. / Walsh, M.J. / Xiong, H. / Zeng, L. / Zhou, M.M.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_exptl ...pdbx_audit_support / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_exptl.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
B: Stat3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6982
ポリマ－14,6982
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / BRD2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13157.136 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 344-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: タンパク質・ペプチド Stat3 peptide


分子量: 1540.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40763*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic13D HN(CA)CB
122isotropic13D HN(COCA)CB
132isotropic23D 1H-15N NOESY
141isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
151isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
161isotropic23D 1H-13C filtered NOESY aliphatic
171isotropic23D 1H-13C filtered NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution110 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-2H] DTT, 100% D2Osample_1100% D2O
solution210 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMEDTAnatural abundance1
2 mMDTT[U-2H]1
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMEDTAnatural abundance2
2 mMDTT[U-2H]2
試料状態イオン強度: null Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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