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- PDB-5u5l: X-ray Crystal Structure of the PPARgamma Ligand Binding Domain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5l
タイトルX-ray Crystal Structure of the PPARgamma Ligand Binding Domain in Complex with Rivoglitazone
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / Nuclear Receptor / Peroxisome Proliferator Activated Receptor / rivoglitazone / TZD / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription coregulator binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / fatty acid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7VA / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Bruning, J.B. / Rajapaksha, H. / Wegener, K. / Bhatia, H.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: X-ray crystal structure of rivoglitazone bound to PPAR gamma and PPAR subtype selectivity of TZDs.
著者: Rajapaksha, H. / Bhatia, H. / Wegener, K. / Petrovsky, N. / Bruning, J.B.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8143
ポリマ－62,4162
非ポリマー3971
水2,036113
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8143
ポリマ－62,4162
非ポリマー3971
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.394, 62.097, 118.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31208.236 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 233-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-7VA / (5S)-5-({4-[(6-methoxy-1-methyl-1H-benzimidazol-2-yl)methoxy]phenyl}methyl)-1,3-thiazolidine-2,4-dione / リボグリタゾン


分子量: 397.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1M Na Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月7日 / 詳細: mirrors - Si ans Rh coatings
放射モノクロメーター: Double Si with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→45.9 Å / Num. obs: 21961 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 48.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 109787 / Scaling rejects: 0
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.55-2.6650.8570.769198.4
8.82-45.94.40.0181198.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.45 Å115.78 Å
Translation7.45 Å115.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R06

4r06


解像度: 2.55→45.639 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1092 4.97 %
Rwork0.1883 --
obs0.1909 21961 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.37 Å2 / Biso mean: 62.5979 Å2 / Biso min: 26.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→45.639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4043 0 28 113 4184
Biso mean--77.71 52.53 -
残基数----513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4775629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7412552
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.545-2.66080.33171350.27425762711
2.6608-2.80110.27941470.242325882735
2.8011-2.97660.25271340.224225862720
2.9766-3.20630.27091250.227925912716
3.2063-3.52890.28951370.195926132750
3.5289-4.03930.21651310.162926102741
4.0393-5.0880.19791360.152726362772
5.088-45.64590.22111470.182426692816
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.70452.59841.96597.16962.46011.30880.435-0.5571-0.26090.2972-0.77770.4565-0.1443-0.24960.18610.25090.0590.02280.63830.06850.4846-29.212113.2089135.8629
23.18030.21860.22973.4343-2.0965.37850.130.87830.0488-0.08660.42130.4342-0.1961-0.2057-0.57120.31490.04730.0180.41270.0440.3852-18.412922.0108121.5494
33.2454-3.13460.12484.3065-2.32597.2024-0.54390.9488-0.5229-0.78230.1960.6441-0.7476-0.2282-0.29490.4649-0.04730.04390.7115-0.12960.399-12.996128.3462111.6529
47.2664-1.10193.8768.27713.06033.7101-0.03890.73930.8264-1.153-0.16470.5558-1.51131.06530.34860.9606-0.37870.00110.80820.12780.8582-5.307840.2171115.5357
54.785.364-5.72797.4136-5.75917.08090.08270.62750.40550.0440.30820.1868-1.0383-0.2625-0.45960.66690.0054-0.03270.52340.03610.4146-12.948932.5736133.1306
61.83690.8958-2.38491.4711-1.17634.802-0.1105-0.3502-0.27510.0584-0.0978-0.3445-0.32031.01170.16350.37730.0065-0.03730.6250.00640.4312-8.3124.2346131.2478
72.6563-0.13911.27463.22281.16526.144-0.0863-0.3058-0.45130.2490.297-0.30410.4370.3535-0.14410.34610.1370.08180.42160.10680.4336-18.330110.9729139.8405
86.7675.27650.85924.62530.14181.61010.0646-0.5114-0.19550.5704-0.3425-0.9389-0.07950.821-0.05240.52430.0893-0.10980.72310.04010.5872-2.258719.8279137.3556
92.50120.9153-0.0960.3481-0.04630.04250.9678-0.82940.7341.3084-0.6575-0.3776-0.46710.395-0.40450.7212-0.07440.01310.898-0.14160.5829-4.120336.0674141.4585
106.75072.31292.94243.79261.76446.83230.38060.2616-1.16460.3705-0.0326-0.40980.95830.0236-0.26710.5780.0620.06020.28050.04220.4994-4.4448-14.343143.0566
115.38641.8474.46752.30493.12815.23560.5889-1.5277-0.86460.5911-0.41550.1644-0.1822-0.3266-0.04540.87780.0014-0.01040.72490.15680.45655.3956-4.1715164.2995
122.8440.22260.63451.28481.00046.33140.1634-0.821-0.05480.3867-0.0089-0.0268-0.17141.0275-0.23630.61050.06380.05920.76310.00620.435417.1882-0.3608156.3968
132.57330.6277-0.98670.6603-0.40815.032-0.00510.0184-0.29080.1320.0896-0.1999-0.14110.0567-0.10470.41090.13230.02520.2729-0.00140.39957.064-1.8599139.1681
145.10012.5540.21831.8321-0.07154.90580.2991-1.05040.4703-0.0467-0.2780.4239-1.07480.3926-0.03780.95590.0380.11260.6377-0.03170.38889.83637.5263162.3474
158.82523.55283.78726.69431.79618.06250.30350.00920.8310.3465-0.32140.6486-1.3489-0.14270.1790.70030.15380.17560.42560.04960.5322-1.21527.9916155.3873
162.0054-0.08920.79391.8041-2.00313.55420.1497-0.0437-0.2120.13170.12970.4367-0.2507-0.5125-0.27470.44310.1728-0.00360.38890.02580.5328-5.8891-3.1624139.6734
179.38654.23431.31834.769-0.0113.51470.12970.31531.07870.4480.02340.3002-1.15050.2427-0.12290.64070.07750.05120.51520.08570.5592.621110.6106145.5541
188.2583-2.0256-0.64781.9212-1.39692.0316-0.8814-0.07690.8388-1.092-0.0603-0.4753-0.54050.02680.23160.98090.07040.04460.6899-0.10260.686924.91956.2564146.7849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 205 through 225 )A205 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 226 through 237 )A226 - 237
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 238 through 251 )A238 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 252 through 276 )A252 - 276
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 277 through 302 )A277 - 302
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 303 through 377 )A303 - 377
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 378 through 430 )A378 - 430
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 431 through 459 )A431 - 459
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 460 through 476 )A460 - 476
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 207 through 225 )B207 - 225
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 226 through 251 )B226 - 251
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 252 through 302 )B252 - 302
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 303 through 333 )B303 - 333
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 334 through 364 )B334 - 364
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 365 through 377 )B365 - 377
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 378 through 430 )B378 - 430
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 431 through 458 )B431 - 458
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 459 through 476 )B459 - 476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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