PDB-5u5i: The dimeric crystal structure of the selenomethionine derivative ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u5i

タイトル

The dimeric crystal structure of the selenomethionine derivative of HTPA Reductase from Sellaginella moellendorffii

要素

HTPA Reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DHDPR / Dihydrodipicolinate reductase / HTPA reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / chloroplast stroma / NADPH binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Keown, J.R. / Goldstone, D.C. / Pearce, F.G.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Plant DHDPR forms a dimer with unique secondary structure features that preclude higher-order assembly.
著者: Watkin, S.A.J. / Keown, J.R. / Richards, E. / Goldstone, D.C. / Devenish, S.R.A. / Grant Pearce, F.

履歴

登録	2016年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u5i.cif.gz	223.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u5i.ent.gz	191.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5u5i_validation.pdf.gz	991 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u5i_full_validation.pdf.gz	992.7 KB	表示
XML形式データ	5u5i_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	5u5i_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u5nC 5ua0C 5ugjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6toe-1 6p4a-d 6a0n-2 5t57-1 5vjq-2 6p4b-2 2cy0-d 5lp4-2 3g6d-d 1xkp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTPA Reductase

B: HTPA Reductase

ヘテロ分子

62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.922, 64.676, 151.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HTPA Reductase 分子量: 30613.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ) 遺伝子: SELMODRAFT_168311 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8R6G2
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 20 % w/v PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9724 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9724 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→48.91 Å / Num. obs: 32763 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 480765 / Scaling rejects: 54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.2-2.27	14.9	1.426	41665	2791	0.77	0.378	1.476	2.5	99.6
9.07-48.91	12.6	0.05	6900	548	0.999	0.014	0.052	41.1	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
SHELXDE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→48.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.2194 / WR_factor R_work: 0.1789 / FOM work R set: 0.8064 / SU B: 12.794 / SU ML: 0.174 / SU R Cruickshank DPI: 0.2592 / SU R_free: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2446	1658	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2004	-	-	-
obs	0.2027	31055	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.37 Å² / B_iso mean: 41.426 Å² / B_iso min: 10.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→48.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4138	0	89	195	4422
B_iso mean	-	-	25.7	36.19	-
残基数	-	-	-	-	550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4317
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.383	2.005	5867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.894	3	9314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.665	5	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.515	24.407	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.269	15	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.557	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	4815
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	853

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	120	-
R_work	0.27	2243	-
all	-	2363	-
obs	-	-	99.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3009	2.2098	0.318	5.6608	3.2027	9.3175	-0.1787	0.16	0.29	-0.1521	0.0853	0.0051	-0.3484	-0.1742	0.0934	0.2688	-0.0292	-0.0903	0.1933	0.0179	0.0452	38.079	42.926	11.224
2	2.7383	3.3094	-0.2212	11.9201	-0.3847	7.1045	-0.6405	0.7238	0.5388	-1.4062	0.1078	0.396	-0.748	-0.0956	0.5326	0.4192	-0.0324	-0.1988	0.3787	0.121	0.1763	36.215	46.79	3.349
3	4.0317	0.3149	2.5358	3.7549	2.8588	3.9232	-0.5121	0.9667	0.2018	-0.3231	0.364	-0.1801	-0.9721	1.0652	0.1481	0.6038	-0.3258	-0.1725	0.53	0.1257	0.0839	50.609	51.749	13.012
4	3.9891	-0.3991	3.3882	1.1	-1.0587	3.4003	0.2291	0.5513	-0.0684	-0.5325	-0.3026	-0.1549	0.478	0.7426	0.0734	0.4811	0.0572	0.0145	0.4553	0.0421	0.0426	57.915	39.843	39.366
5	10.7718	7.1802	7.8514	10.4552	3.7398	8.3013	1.0302	0.786	-0.9644	-1.2027	-0.4835	-0.1321	1.5363	1.0029	-0.5467	1.0003	0.5002	-0.1962	0.6033	-0.1641	0.1767	59.701	29.203	32.688
6	2.1689	-0.6233	3.2993	1.0038	-2.4045	7.6195	0.02	0.2133	0.0863	-0.15	0.0442	0.095	0.2117	0.1697	-0.0642	0.342	-0.0157	-0.0964	0.2191	-0.0239	0.0537	48.124	43.103	31.089
7	13.3934	4.2461	-1.5338	11.195	2.0444	6.8709	-0.0582	0.1897	0.2261	-0.3362	0.0097	-0.222	0.2386	0.4801	0.0485	0.1533	0.0429	0.0045	0.1927	0.0249	0.0179	63.087	38.86	72.217
8	3.4612	-0.7321	0.348	2.4481	-0.833	3.3447	-0.0651	-0.318	0.263	0.3182	0.0414	-0.0644	-0.428	-0.0788	0.0237	0.1555	-0.0179	0.0092	0.2028	-0.0367	0.0231	59.06	46.44	75.75
9	2.335	-1.9955	2.4366	2.9997	-2.5425	2.713	0.1953	-0.2863	-0.1039	0.0278	0.055	0.4823	0.1054	-0.2572	-0.2503	0.3603	-0.1094	0.016	0.3334	-0.0172	0.1298	47.188	41.046	47.613
10	6.394	-0.3812	4.2948	6.1484	-1.912	9.2778	0.0376	-0.7705	-0.2358	0.3816	0.3146	1.0436	0.0569	-1.5131	-0.3522	0.2304	-0.0452	0.0709	0.4687	0.0559	0.2012	39.549	41.265	50.949
11	1.116	-0.3542	2.5491	1.902	-0.6829	6.5591	0.3828	-0.3262	-0.2883	-0.25	0.156	0.4966	1.2335	-0.7077	-0.5388	0.3833	-0.1182	-0.076	0.2465	0.084	0.1794	49.659	31.263	53.342
12	3.1221	0.4984	1.7525	4.9621	1.2249	13.0935	-0.0679	0.2123	0.107	-0.4077	0.1934	-0.4503	-0.5179	1.0123	-0.1255	0.3502	-0.1261	0.0295	0.2989	0.0256	0.0935	65.352	53.26	59.947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	81 - 137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	138 - 171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	172 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	220 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	11 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	32 - 137
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	138 - 174
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	175 - 202
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	203 - 262
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	263 - 288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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