PDB-5u4h: 1.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u4h

タイトル

1.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Acinetobacter baumannii in Covalently Bound Complex with (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic Acid.

要素

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Lipid-Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Acinetobacter baumannii in Covalently Bound Complex with (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic Acid.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_keywords.pdbx_keywords

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u4h.cif.gz	431.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u4h.ent.gz	353.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5u4h_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u4h_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	5u4h_validation.xml.gz	46.2 KB	表示
CIF形式データ	5u4h_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5bq2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3h5l-d 3nec-d 4zzj-2 1s70-d 4nz6-d 6s6a-1 6s6a-2 4l6w-d 6n9a-d 2y1x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95623

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

90.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.289, 70.085, 78.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase 分子量: 44957.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: murA, A7934_11825, AA954_10900, AB895_2172, AB988_1977, ABUW_3250, ACX60_14965, APD06_13410, APD31_13720, AQ480_13100, AQ482_08180, AZE33_03430, IOMTU433_3164, IX87_17660, LV38_01284 プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic 参照: UniProt: A0A0R0VXX6, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-0V5 / (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid / (+)-2-O-ホスホノ-D-乳酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 17.2 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3); Screen: JCSG+ (F8), 2.1M DL-Malic acid (pH 7.0); Cryo: 4M Sodium formate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月30日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→20 Å / Num. obs: 357259 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 7.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / CC_1/2: 0.919 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BQ2

5bq2

解像度: 1.05→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.963 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17561	17929	5 %	RANDOM
R_work	0.16156	-	-	-
obs	0.16226	338746	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.965 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.05→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6286	0	41	1197	7524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	7751
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.978	10625
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.84	3	17269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.47	5	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.895	24.419	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.025	15	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.16	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.021	0.02	9114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.398	0.478	4064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.398	0.509	4065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.568	0.722	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.568	2.589	5228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.649	0.633	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.649		3686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.835	0.897	5396
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.862		8867
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.862		8868
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.159	3	7751
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	17.23	5	671
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.943	5	8021

LS精密化シェル

解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	1240	-
R_work	0.299	25062	-
obs	-	-	99.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7052	-2.282	-1.7574	2.4862	1.0442	3.8991	-0.0043	0.1126	-0.0039	-0.0022	-0.0226	-0.0083	0.2818	-0.1646	0.0269	0.0899	-0.0506	0.015	0.0362	-0.0122	0.0181	-7.5832	18.3324	24.9332
2	0.8939	-0.354	0.3325	0.264	-0.0262	0.7564	0.0092	-0.038	-0.0887	0.061	-0.0092	0.0379	0.1876	0.0062	0	0.0943	-0.0003	0.0135	0.0249	0.007	0.0117	12.2686	19.731	45.1273
3	0.3918	-0.0652	-0.1257	0.4059	0.0866	1.0187	-0.0082	-0.0123	0.015	0.0097	0.0222	-0.0666	0.0279	0.1706	-0.014	0.062	0.0082	0.0055	0.0742	0.001	0.0122	26.8577	28.7546	37.4834
4	0.5501	0.122	-0.0257	0.8686	-0.0314	1.3151	-0.0265	-0.0609	0.0417	0.0509	0.0088	-0.0243	-0.069	0.0756	0.0177	0.0571	-0.0036	0.0034	0.038	-0.0046	0.0063	18.03	37.3745	49.2347
5	0.8064	-0.0376	0.0914	0.2852	-0.177	1.4101	0.0119	-0.0276	0.0021	0.048	-0.0076	0.039	-0.0985	-0.18	-0.0043	0.065	-0.0005	0.0216	0.0613	-0.0077	0.0105	-7.5384	33.3863	39.3441
6	0.2331	-0.066	-0.1012	0.2117	0.1252	1.469	-0.0048	0.055	0.007	-0.005	-0.0117	0.0268	-0.1424	-0.1628	0.0165	0.0653	0.0084	0.0096	0.0479	0.0004	0.007	-3.9156	37.3022	26.6369
7	0.3693	-0.0071	-0.0852	0.8696	-0.3547	1.4903	0.0128	0.0802	-0.0172	-0.0382	-0.0241	0.0514	0.0579	-0.1614	0.0113	0.0544	-0.0083	0.0121	0.0667	-0.0125	0.0084	-3.6269	28.2519	20.2757
8	1.2615	0.0003	0.0693	0.395	-0.0569	1.5257	0.0278	-0.0118	-0.1474	0.0454	-0.0212	0.0547	0.1761	-0.1171	-0.0066	0.1058	-0.038	0.0207	0.0408	-0.0086	0.0285	-3.9521	17.7613	30.8493
9	4.9309	2.2073	-1.659	2.7088	-1.0901	4.1883	-0.0018	-0.1311	-0.0265	0.0119	-0.0193	0.0093	0.2777	0.1592	0.0211	0.0951	0.0539	0.0134	0.0377	0.0085	0.0112	32.4594	18.5711	11.8323
10	0.8254	0.3784	0.3029	0.289	0.042	0.675	0.0037	0.033	-0.0943	-0.0583	-0.0102	-0.041	0.1682	-0.0013	0.0065	0.0954	-0.0035	0.0161	0.0264	-0.0093	0.0162	12.2925	19.6314	-8.4688
11	0.5013	0.1079	-0.0349	0.4112	-0.0577	0.8937	-0.0211	-0.0024	0.0094	-0.0083	0.0191	0.0662	0.0329	-0.1354	0.002	0.0633	-0.0111	0.0065	0.0686	-0.0044	0.0123	-2.0516	28.7454	-0.6056
12	0.5579	-0.1391	-0.0548	0.8542	0.069	1.1621	-0.0291	0.0625	0.0391	-0.0514	0.0047	0.0228	-0.0514	-0.0604	0.0244	0.0561	-0.0028	0.0034	0.0364	0.0031	0.0063	6.7069	37.2448	-12.5519
13	0.7604	0.0298	0.0825	0.2713	0.198	1.4417	0.0074	0.017	-0.0018	-0.0462	-0.0039	-0.0366	-0.0988	0.1803	-0.0035	0.0646	-0.0028	0.0215	0.0582	0.0064	0.0104	32.3071	33.5426	-2.6515
14	0.2702	0.0712	-0.11	0.175	-0.1089	1.4767	-0.0039	-0.0573	0.0076	0.0036	-0.0074	-0.0281	-0.1483	0.1551	0.0113	0.0697	-0.0093	0.0108	0.0466	-0.0017	0.0086	28.6517	37.4728	10.0348
15	0.3262	-0.0415	-0.0855	0.8382	0.2881	1.4092	0.0136	-0.0764	-0.0113	0.0428	-0.0253	-0.0508	0.0712	0.1635	0.0116	0.0576	0.0068	0.0128	0.0697	0.0118	0.0087	28.4323	28.4496	16.4339
16	1.4253	-0.1158	0.0576	0.44	0.0902	1.415	0.0303	0.0072	-0.1347	-0.053	-0.0223	-0.0554	0.195	0.1181	-0.0079	0.1126	0.0382	0.0242	0.0433	0.0111	0.0275	28.8372	17.9236	5.8895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	153 - 227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	228 - 279
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	280 - 346
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	347 - 394
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	395 - 418
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	-1 - 13
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	14 - 78
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	79 - 152
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	153 - 227
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	228 - 279
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	280 - 346
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	347 - 394
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	395 - 418

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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