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- PDB-5u3f: Structure of Mycobacterium tuberculosis IlvE, a branched-chain am... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u3f
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis IlvE, a branched-chain amino acid transaminase, in complex with D-cycloserine derivative
要素Branched-chain-amino-acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / branched-chain amino acid transaminase / amino acid biosynthesis / Pyridoxal phosphate / inhibitor / D-cycloserine
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine salvage / protein-pyridoxal-5-phosphate linkage via peptidyl-N6-pyridoxal phosphate-L-lysine / branched-chain amino acid metabolic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / branched-chain amino acid biosynthetic process / L-leucine biosynthetic process ...L-methionine salvage / protein-pyridoxal-5-phosphate linkage via peptidyl-N6-pyridoxal phosphate-L-lysine / branched-chain amino acid metabolic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / branched-chain amino acid biosynthetic process / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase II / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes ...Branched-chain amino acid aminotransferase II / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7TS / Branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.695 Å
データ登録者Favrot, L. / Amorim Franco, T.M. / Blanchard, J.S.
資金援助 米国, ブラジル, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI060899 米国
Science Without Boarders fellowship CAPES Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior ブラジル
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Mechanism-Based Inhibition of the Mycobacterium tuberculosis Branched-Chain Aminotransferase by d- and l-Cycloserine.
著者: Amorim Franco, T.M. / Favrot, L. / Vergnolle, O. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0764
ポリマ－79,4142
非ポリマー6622
水11,133618
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.892, 80.464, 81.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Branched-chain-amino-acid aminotransferase / BCAT


分子量: 39706.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ilvE, Rv2210c, MTCY190.21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WQ75, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-7TS / (5-hydroxy-6-methyl-4-{[(3-oxo-2,3-dihydro-1,2-oxazol-4-yl)amino]methyl}pyridin-3-yl)methyl dihydrogen phosphate


分子量: 331.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N3O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5 and 25 % w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月11日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.695→50 Å / Num. obs: 117641 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 12.51
反射 シェル解像度: 1.695→1.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HT5

3ht5


解像度: 1.695→36.265 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 21.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 5880 5 %
Rwork0.1762 --
obs0.1779 117618 91.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.695→36.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4978 0 44 618 5640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2067029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3031839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6953-1.71450.29651960.27263765X-RAY DIFFRACTION91
1.7145-1.73470.25512140.2314095X-RAY DIFFRACTION100
1.7347-1.75590.24112150.21174049X-RAY DIFFRACTION100
1.7559-1.77810.25982080.19944066X-RAY DIFFRACTION100
1.7781-1.80150.22682140.19454122X-RAY DIFFRACTION100
1.8015-1.82620.30672180.20574070X-RAY DIFFRACTION100
1.8262-1.85230.30812180.22654108X-RAY DIFFRACTION100
1.8523-1.87990.32562110.29153996X-RAY DIFFRACTION98
1.8799-1.90930.25481580.2352991X-RAY DIFFRACTION94
1.9093-1.94060.921370.5221690X-RAY DIFFRACTION79
1.9406-1.9740.47711440.39492753X-RAY DIFFRACTION67
1.974-2.00990.25332100.19654085X-RAY DIFFRACTION100
2.0099-2.04860.23892140.18254061X-RAY DIFFRACTION100
2.0486-2.09040.24132130.18614071X-RAY DIFFRACTION100
2.0904-2.13580.21482160.1824080X-RAY DIFFRACTION100
2.1358-2.18550.21692200.1734102X-RAY DIFFRACTION100
2.1855-2.24020.20521570.2033036X-RAY DIFFRACTION96
2.2402-2.30070.31971000.24821869X-RAY DIFFRACTION83
2.3007-2.36840.22272130.17624068X-RAY DIFFRACTION99
2.3684-2.44480.19042140.16734085X-RAY DIFFRACTION100
2.4448-2.53220.21462130.17194076X-RAY DIFFRACTION100
2.5322-2.63360.20012150.17544082X-RAY DIFFRACTION100
2.6336-2.75340.20512180.17374036X-RAY DIFFRACTION100
2.7534-2.89850.21162210.17444113X-RAY DIFFRACTION100
2.8985-3.080.20322190.17544084X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.31770.20362140.17254071X-RAY DIFFRACTION100
3.3177-3.65120.19772000.15663865X-RAY DIFFRACTION99
3.6512-4.17890.15671720.15143306X-RAY DIFFRACTION92
4.1789-5.26240.15152120.12274066X-RAY DIFFRACTION100
5.2624-36.27330.15012060.14243877X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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