[日本語] English
万見
- PDB-5u3e: Crystal Structure of Native Lectin from Canavalia bonariensis See... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u3e
タイトルCrystal Structure of Native Lectin from Canavalia bonariensis Seeds (CaBo) complexed with alpha-methyl-D-mannoside
要素Canavalia bonariensis seed lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Canavalia bonariensis / lectin / alpha-methyl-D-mannoside.
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / : / Lectin CaBo
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia bonariensis (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Silva, M.T.L. / Osterne, V.J.S. / Pinto-Junior, V.R. / Santiago, M.Q. / Araripe, D.A. / Neco, A.H.B. / Silva-Filho, J.C. / Martins, J.L. / Rocha, C.R.C. / Leal, R.B. ...Silva, M.T.L. / Osterne, V.J.S. / Pinto-Junior, V.R. / Santiago, M.Q. / Araripe, D.A. / Neco, A.H.B. / Silva-Filho, J.C. / Martins, J.L. / Rocha, C.R.C. / Leal, R.B. / Nascimento, K.S. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2018
タイトル: Canavalia bonariensis lectin: Molecular bases of glycoconjugates interaction and antiglioma potential.
著者: Cavada, B.S. / Silva, M.T.L. / Osterne, V.J.S. / Pinto-Junior, V.R. / Nascimento, A.P.M. / Wolin, I.A.V. / Heinrich, I.A. / Nobre, C.A.S. / Moreira, C.G. / Lossio, C.F. / Rocha, C.R.C. / ...著者: Cavada, B.S. / Silva, M.T.L. / Osterne, V.J.S. / Pinto-Junior, V.R. / Nascimento, A.P.M. / Wolin, I.A.V. / Heinrich, I.A. / Nobre, C.A.S. / Moreira, C.G. / Lossio, C.F. / Rocha, C.R.C. / Martins, J.L. / Nascimento, K.S. / Leal, R.B.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Canavalia bonariensis seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8404
ポリマ－25,5511
非ポリマー2893
水2,126118
1
A: Canavalia bonariensis seed lectin
ヘテロ分子

A: Canavalia bonariensis seed lectin
ヘテロ分子

A: Canavalia bonariensis seed lectin
ヘテロ分子

A: Canavalia bonariensis seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,36216
ポリマ－102,2054
非ポリマー1,15712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9960 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area33800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.169, 70.030, 111.649
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-459-

HOH

21A-510-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Canavalia bonariensis seed lectin


分子量: 25551.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia bonariensis (マメ科) / 参照: UniProt: P58906*PLUS
#2: 糖 ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 100 mM Sodium Acetate, pH 4.8 10% PEG 3000 400 mM Zync Acetate
PH範囲: 4.2-5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.42 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.42 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.093 Å / Num. obs: 11449 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 22.93 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.425.90.250.949199.1
7.27-47.315.50.0690.994199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OVU

2ovu


解像度: 2.3→36.093 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 602 5.3 %
Rwork0.228 --
obs0.231 11360 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.74 Å2 / Biso mean: 24.5989 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→36.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1792 0 15 118 1925
Biso mean--26.75 29.1 -
残基数----235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091844
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0682514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.876644
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.53140.33681580.25122625278399
2.5314-2.89760.36821350.26162637277298
2.8976-3.65010.261460.21772692283898
3.6501-36.09710.25081630.21392804296799

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る